 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1656 | 回復: 0 | |||
z5476t4508新蟲 (正式寫手)
明天家
|
[交流]
【求助】在Gaussian中使用Amber 力場方法
|
|
G09中有一個例子，輸入文件如下： #p amber opt=tight freq test Gaussian Test 423: Butane AMBER 0,1 C-CT--0.25 .010720 -.000147 .019982 C-CT--0.25 -.003671 -.001108 1.552136 C-CT--0.25 1.429829 -.000496 2.094942 C-CT--0.25 1.415438 -.001458 3.627096 H-HC-0.1 -1.012976 -.000591 -.356686 H-HC-0.1 .523857 -.888970 -.350136 H-HC-0.1 .522678 .889814 -.349030 H-HC-0.1 -.531884 -.889107 1.907177 H-HC-0.1 -.533060 .885747 1.908280 H-HC-0.1 1.958042 .887502 1.739901 H-HC-0.1 1.959218 -.887352 1.738798 H-HC-0.1 2.439134 -.001013 4.003764 H-HC-0.1 .903480 -.891419 3.996108 H-HC-0.1 .902301 .887365 3.997213 ~ 是可以算的 我自己的輸入文件是： p amber opt=tight freq test Gau 13 Butane AMBER 0,1 C-CA--0.211 0.00000000 0.00000000 0.00000000 C-CA--0.152 1.38934867 0.00000000 0.00000000 C-CA--0.152 1.82651370 1.38040168 0.00000000 C-CA--0.211 0.69251527 2.18313448 0.00000000 N-N-0.036 -0.44665737 1.34266607 -0.00008754 H-H4-0.176 -0.72132980 -0.81864167 -0.00005438 H-HA-0.153 2.04098420 -0.86874066 -0.00000876 H-HA-0.153 2.85946674 1.71631483 -0.00000000 H-H4-0.176 0.58902791 3.26765815 -0.00013158 O-O--0.460 -2.74135254 1.04572221 0.00149418 C-C-0.5092 -1.77745443 1.76471613 0.00084721 H-H2--0.019 -1.84262515 2.84577214 0.00105460 ~ 沒法算，高斯提示錯誤： Generating MM parameters. Include all MM classes Bondstretch undefined between atoms 1 5 CA-N Bondstretch undefined between atoms 4 5 CA-N Bondstretch undefined between atoms 11 12 C-H2 Angle bend undefined between atoms 1 5 4 CA-N-CA Angle bend undefined between atoms 1 5 11 CA-N-C Angle bend undefined between atoms 2 1 5 CA-CA-N Angle bend undefined between atoms 3 4 5 CA-CA-N Angle bend undefined between atoms 4 5 11 CA-N-C Angle bend undefined between atoms 5 1 6 N-CA-H4 Angle bend undefined between atoms 5 4 9 N-CA-H4 Angle bend undefined between atoms 5 11 12 N-C-H2 Angle bend undefined between atoms 10 11 12 O-C-H2 MM function not complete 請大家指教以下是為什么，我快崩潰了都 |
回復此樓» 猜你喜歡
能源環(huán)境新材料研究團隊 導師介紹 研究生招生
已經(jīng)有0人回復
-
能源環(huán)境新材料研究團隊 導師介紹 研究生招生
已經(jīng)有0人回復
-
物理化學論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有93人回復
-
348 求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
招收 材料、新能源、冶金、化工、環(huán)境 等工科類考生
已經(jīng)有2人回復
-
招收 新能源、冶金、材料、化工、環(huán)境 等工科類考生
已經(jīng)有0人回復
-
393求調(diào)劑推薦
已經(jīng)有1人回復
-
能源環(huán)境新材料研究團隊 招收 新能源、冶金、材料、化工、環(huán)境 等工科類考生
已經(jīng)有0人回復
-
能源環(huán)境新材料研究團隊 招收 新能源、冶金、材料、化工、環(huán)境 等工科類研究生
已經(jīng)有0人回復
-
武漢紡織大學教育部重點實驗室調(diào)劑
已經(jīng)有0人回復
-
招生材料與化工、環(huán)境科學調(diào)劑研究生
已經(jīng)有2人回復
找到一些相關的精華帖子，希望有用哦~
請問在Gaussian中如何固定結構然后再算單點能
已經(jīng)有6人回復
- Amber tools 中的antechamber 必須要在安裝了amber11的前體下才能使用么?
已經(jīng)有4人回復
- DFT的CAM-b3LYP方法能在Gaussian 03中是否能運行？
已經(jīng)有7人回復
- 分子模擬時間越長越好嗎？
已經(jīng)有44人回復
- 【轉帖】GROMACS分析程序討論，在gromacs中添加Amber力場
已經(jīng)有8人回復
- 【轉帖】用Amber+Gaussian做小分子力場
已經(jīng)有16人回復
- 【求助】在NAMD運行中使用CHARMM格式的力場文件，但力場參數(shù)來自AMBER力場，會出問題?/a>
已經(jīng)有4人回復
- 【求助】量子化學方法求amber力場參數(shù)
已經(jīng)有10人回復
- 【專家會診】bay 討論namd,gmx處理水溶液,蛋白等MD 模擬;討論水及水通道
已經(jīng)有50人回復
- 【討論】含有配位鍵的金屬原子在gaussian中如何計算單點能
已經(jīng)有7人回復
- 【求助】請問哪種方法的模擬結果更加可信？
已經(jīng)有8人回復
點擊這里搜索更多相關資源科研從小木蟲開始，人人為我，我為人人
相關版塊跳轉
我要訂閱樓主 z5476t4508 的主題更新
| 1 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 調(diào)劑310 +7 | 溫柔的晚安 2026-03-25 | 8/400 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 071000生物學求調(diào)劑，初試成績343 +7 | 小小甜面團 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +15 | hhhhxn.. 2026-03-23 | 21/1050 |
|
|
|
[考研] 340求調(diào)劑 +5 | jhx777 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 086000調(diào)劑 +3 | 7901117076 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[有機交流]
高溫高壓反應求助
 10+4
|
chibby 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿211院校 344分 東北農(nóng)業(yè)大學生物學學碩，求調(diào)劑 +5 | 丶風雪夜歸人丶 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 085600，材料與化工321分調(diào)劑 +4 | 大饞小子 2026-03-27 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿211，335分，0856，求調(diào)劑院校和導師 +4 | 傾____蕭 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿鄭大085600，310分求調(diào)劑 +5 | 李瀟可 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +6 | 林之夕 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研]
材料學碩，求調(diào)劑
6+5
|
糖葫蘆888ll 2026-03-22 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 總分322求生物學/生化與分子/生物信息學相關調(diào)劑 +5 | 星沉uu 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 271求調(diào)劑 +6 | 生如夏花… 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085601求調(diào)劑總分293英一數(shù)二 +4 | 鋼鐵大炮 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 281求調(diào)劑 +6 | Koxui 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +4 | 錦衣衛(wèi)藤椒 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿國科過程所081700，274求調(diào)劑 +3 | 三水研0水立方 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +4 | LHHL66 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 求老師收我 +3 | zzh16938784 2026-03-23 | 3/150 |
|