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lct515新蟲 (著名寫手)
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[交流]
【求助/交流】有關(guān)NCBI數(shù)據(jù)庫！ 已有3人參與
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| 我想考察銅綠假單胞菌（Pseudomonas aeruginosa）是否能夠分泌脂肪酶（Triacylglycerol lipase E C3.1.1.3），也想知道它是否還能分泌其他種類的酶，有人告訴我可以在NCBI中查找銅綠假單胞菌（Pseudomonas aeruginosa）的基因片段，看其是否有編碼脂肪酶的基因，但我不知道該如何操作，請高手指點(diǎn)！ |
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lct515
新蟲 (著名寫手)
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2樓2010-09-13 11:28:30
cnlics
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方法有幾種，第一種：除支原體等特殊細(xì)菌外，細(xì)菌基因組一般3M bp左右，含有3000個左右的基因，數(shù)據(jù)量不大�？梢韵认螺d基因組，將數(shù)據(jù)導(dǎo)入excel中，然后按照關(guān)鍵詞enzyme找，可能會有hypothsized enzyme，需要自己進(jìn)一步判斷。這種方法可以找到全部想要的序列，還有超出需要的序列。 第二種，在NCBI中利用Entrez查詢系統(tǒng)利用關(guān)鍵詞lipase去找銅綠假單胞菌。這種方法會遺漏一些酶。 第三種，隨便找個lipse序列，通過blast分析，結(jié)果中會出現(xiàn)你要的結(jié)果。這種方法會發(fā)現(xiàn)第二種方法中遺漏的酶，但總體結(jié)果會比第二種方法少很多。 |
3樓2010-09-13 12:39:24
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4樓2010-09-26 17:03:03
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5樓2010-09-26 17:04:38
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