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leiyinwill銀蟲 (小有名氣)
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[交流]
【求助/交流】淀粉酶吸附 已有4人參與
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| 看很多文獻(xiàn)上面說淀粉酶對(duì)淀粉的降解一般都與淀粉酶和淀粉的吸附呈正相關(guān)。然而我最近做的卻不是那么回事，現(xiàn)在就在查找這方面的文獻(xiàn)。 |
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2樓2010-09-23 19:11:49
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3樓2010-09-23 19:25:01
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4樓2010-09-23 22:05:01
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這個(gè)和吸附無關(guān)。應(yīng)該說是碰撞，也就是酶反應(yīng)中目前比較通用的collision theory。酶和底物之間的有效碰撞決定于反應(yīng)效率 Kcoff和你的steric factor, collision frequency, media viscosity,particle size 相關(guān)。而且通過stokes-einstein equation, 你還可以得出和particle mobility相關(guān) [ Last edited by lwiaanngg on 2010-9-25 at 00:12 ] |
5樓2010-09-25 00:10:52
冼亮淀粉酶
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6樓2010-09-25 01:51:33
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The starch-binding domain from glucoamylase disrupts the structure of starch Stacey M. Southall, Peter J. Simpson, Harry J. Gilbert, Gary Williamson, Michael P. Williamson 1999年的文章，不過影響因子較高。話說樓主過這么久了，對(duì)于這個(gè)問題有什么新的看法也一起分享下嘛！ 由于我暫時(shí)不做生淀粉酶，所以對(duì)生淀粉酶吸附和降解生淀粉的了解暫時(shí)限于這篇文章，文中說生淀粉酶降解生淀粉需要SBD去改變生淀粉晶體的結(jié)構(gòu)，看起來不僅僅是與steric factor, collision frequency, media viscosity,particle size 這些因素有關(guān)那么簡(jiǎn)單，我認(rèn)為這些因素更適合沒有SBD的淀粉酶。如果非要說有關(guān)系，那就是吸附使collision frequency增大，就像核糖體結(jié)合在mRNA上使得翻譯效率更高（不知道我這個(gè)舉例恰不恰當(dāng)）。 而且不是所有能夠降解生淀粉的淀粉酶都有SBD的，有的沒有SBD的淀粉酶降解非生淀粉更快，降解生淀粉就是蝸牛，并不是不能降解。至于吸附與降解是否為正相關(guān)，各人做法不一定完全相同，所得結(jié)果不同也正常，而且這個(gè)做法也只是習(xí)慣做法，里面還有些非人為可以控制的因素，就像是都是1克淀粉，你說馬鈴薯生淀粉和木薯生淀粉哪個(gè)的生淀粉分子數(shù)量多？這里面涉及品種（品種都可能有上百種了）、顆粒大小、預(yù)處理，甚至打粉的時(shí)候或者烘烤的時(shí)候一部分生淀粉已經(jīng)變性不是生淀粉晶體也有可能（這兩種生淀粉的變性溫度不一樣的），所以不必對(duì)自己的實(shí)驗(yàn)結(jié)果太糾結(jié)。而且人家也就是說一般規(guī)律，沒包括你自己的實(shí)驗(yàn)。 順便附上我找到的Collision theory資料，當(dāng)是學(xué)習(xí)一下。網(wǎng)頁上說該概念是1916年提出的，距今差不多百年。樓上朋友說該理論是目前比較通用的，我猜想可能是理論體系與時(shí)俱進(jìn)，不斷豐富，所以生命力持久至今，我也覺得是可取的，只是需要具體情況具體分析。 網(wǎng)址為http://en.wikivisual.com/index.php/Collision_theory Collision theory is a theory, proposed by Max Trautz and William Lewis in 1916 that qualitatively explains how chemical reactions occur and why reaction rates differ for different reactions.IUPAC Goldbook definition of Collision Theory It assumes that for a reaction to occur the reactant particles must collide, but only a certain fraction of the total collisions, the effective collisions, cause the transformation of reactant molecules into products. This is due to the fact that only a fraction of the molecules have sufficient energy and the right orientation at the moment of impact to break the existing bonds and form new bonds. The minimal amount of energy needed so that the molecule is transformed is called activation energy. Collision theory is closely related to chemical kinetics. |
7樓2010-10-03 19:47:06
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看到了你的回復(fù)，我不知道你是什么背景的。但是，不論你用的是什么，淀粉酶也罷，糖化酶也罷，如果你從反應(yīng)的機(jī)理來說，collision theory都更好的解釋，這個(gè)應(yīng)該才是目前反應(yīng)工程解釋酶反應(yīng)的基本把，那篇文章只能說研究了某一特定的酶的結(jié)構(gòu)，而并沒有提出和吸附的關(guān)系。畢竟這是兩個(gè)完全不同的角度看同一個(gè)酶，這篇文章是從結(jié)構(gòu)生物學(xué)來看，而吸附更應(yīng)該從反應(yīng)工程的角度來看。 “文中說生淀粉酶降解生淀粉需要SBD去改變生淀粉晶體的結(jié)構(gòu)” 這只是對(duì)于酶的機(jī)理的討論，但是，如果沒有collision，SBD 哪有機(jī)會(huì)去改變晶體的機(jī)構(gòu)？只能說，這篇文章從酶結(jié)構(gòu)來分析了淀粉酶的催化原理，而并沒有從吸附/反應(yīng)角度來看。 D.clark 的 biochemical engineering對(duì)這個(gè)反應(yīng)原理解釋的詳細(xì)。畢竟你做的是反應(yīng)，是反應(yīng)，你必然遵守reaction engineering 的基本原理。脫離了基本反應(yīng)的原理來討論酶的活性中心，在這里就是SBD，更多地應(yīng)該是結(jié)構(gòu)生物學(xué)的事，用于討論吸附是沒有意義的。 |
9樓2010-10-04 09:39:58
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能夠吸附就更加增加了碰撞幾率，這一點(diǎn)你是否同意？SBD也有解離常數(shù)，生淀粉酶降解生淀粉屬于化學(xué)反應(yīng)，容不容易吸附到生淀粉螺旋鏈上也是受steric factor, collision frequency, media viscosity,particle size 這些因素影響的，我沒有否認(rèn)這個(gè)理論，只是說這個(gè)理論會(huì)隨著時(shí)間的推移而豐富，并且具體到某些反應(yīng)上會(huì)有其特有的發(fā)展。就像社會(huì)主義理論體系在中國(guó)和別的國(guó)家的實(shí)現(xiàn)會(huì)有差別一樣。 |
10樓2010-10-04 13:25:59
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