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vip_zzc銅蟲 (小有名氣)
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[交流]
【討論】（急�。。┤绾斡肁MBER模擬RNA/DNA，關(guān)鍵是怎么處理輸入文件！！
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本人在模擬核酸過程中遇到非常棘手的問題。 目前用的版本是 AMBER8，教程上說10（或者10）以前的版本會報錯，提示 有不能識別的原子。 Created a new atom named: H5'' within residue: .R Created a new atom named: H2' within residue: .R Created a new atom named: H2'' within residue: .R Added missing heavy atom: .R Added missing heavy atom: .R Created a new atom named: OP1 within residue: .R Created a new atom named: OP2 within residue: .R Created a new atom named: H5' within residue: .R Created a new atom named: H5'' within residue: .R Created a new atom named: H2' within residue: .R Created a new atom named: H2'' within residue: .R Added missing heavy atom: .R Added missing heavy atom: .R Created a new atom named: OP1 within residue: .R Created a new atom named: OP2 within residue: .R Created a new atom named: H5' within residue: .R Created a new atom named: H5'' within residue: .R Created a new atom named: H2' within residue: .R Created a new atom named: H2'' within residue: .R Added missing heavy atom: .R Added missing heavy atom: .R Created a new atom named: OP1 within residue: .R Created a new atom named: OP2 within residue: .R Created a new atom named: H5' within residue: .R Created a new atom named: H5'' within residue: .R Created a new atom named: H2' within residue: .R Created a new atom named: H2'' within residue: .R Created a new atom named: HO3' within residue: .R 但參看一些資料有人用AMBER6 都模擬出來了。。 AMBER是完全可以做出來的，關(guān)鍵是PDB輸入文件的該如何處理。。 現(xiàn)在很著急,摸索了好久一點進展都沒有.... 請教哪位有 用AMBER模擬過RNA/DNA的, 懇請能提供幫助,萬分感謝!!!!! QQ:350282689 E-mial:vip_zzc@emails.bjut.edu.cn |
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4樓2010-10-10 15:33:42
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