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zhang668木蟲 (正式寫手)
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[交流]
【求助】請問侯博士，
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計(jì)算E-V曲線時候遇到這個問題。我的EtVo.dat文件里每個V，E結(jié)果出現(xiàn)的次數(shù)和并行節(jié)點(diǎn)數(shù)一樣，不是只出現(xiàn)一次。不知道問題出現(xiàn)在哪里？下面是我的程序： #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 3.37 3.42 3.47 3.52 3.57 3.62 3.67 3.72 3.77 3.82 3.87 3.92 3.97 4.02 4.07 4.12 4.17 4.22 do cat > POSCAR < BiFeO3 $i 1 0 0 0 1 0 0 0 1 3 1 1 Direct 0.5 0.5 0 0.5 0 0.5 0 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0 0 0 ! ~/vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'` V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5}'` 還有得到E，V數(shù)值后，寫個inp.m，用murn.x apparent state: unit 5 (unnamed) last format: list io lately reading sequential formatted external IO Aborted 然后也沒生成fout.dat文件. 請問這個怎么回事？ |
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2樓2010-10-13 09:29:11
zhang668
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3樓2010-10-13 11:13:13
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zxzj05(金幣+1):謝謝回帖交流 2010-10-13 15:33:44
ym23(金幣+2):歡迎常來交流 2010-10-13 18:48:41
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很久就不此工具，發(fā)現(xiàn)不好用了了。錯誤的信息可能是輸入文件沒有準(zhǔn)備好。推薦用此貼提到的工具： http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2056902%A1%A3 |
4樓2010-10-13 14:55:38
guogencai
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5樓2013-11-24 13:15:23
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6樓2013-11-25 09:57:59
guogencai
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我指的是哪個狀態(tài)擬合方程的時候，murn.x 運(yùn)行之后會出現(xiàn) [guogencai3@guogencai3 522]$ murn.x <inp.m >out.m list in: end of file apparent state: unit 5 named in.m last format: list io lately reading sequential formatted external IO Aborted (core dumped) 不知道為什么，我查了好久也沒有找到答案..請教下，謝謝 |
7樓2013-11-25 15:53:34
liutaifeng
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請問您一下，我在做測試晶格常數(shù)時，將POSCAR循環(huán)和我提交作業(yè)的腳本寫在一起，為什么得的的EtVo.dat是空的，麻煩您幫我看看。 #!/bin/sh #PBS -l nodes=1:n08:ppn=08 #PBS -j oe #PBS -N pt cd $PBS_O_WORKDIR WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR source /share/apps/intel/ictce/4.0.0.020/ictvars.sh export PATH=/share/apps/vasp/intel11_impi:$PATH #mkdir -p /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID # I will copy all the files in $PBS_O_WORKDIR to tmp dir #\cp -rf $PBS_O_WORKDIR/* /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID #cd /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID NODES=`cat $PBS_NODEFILE | uniq` echo "--------------------------------------------------------" echo " JOBID: $PBS_JOBID" echo " The job was started at `date`" echo " The job was running at $NODES." # Start mpd uniq $PBS_NODEFILE > .mpd.hosts mpdboot -r ssh -f .mpd.hosts rm WAVECAR for i in 3.8 3.85 3.9 3.95 4.0 4.05 4.1 4.15 4.2 4.25 4.3 do cat >POSCAR <<! AL-fcc $i 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 1 D 0.0 0.0 0.0 ! echo "a=$i" # Run intelmpi Job in local tmp dir NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` mpirun -n $NP vasp # Exit mpd mpdallexit mpdcleanup echo " The job was finished at `date`" echo "--------------------------------------------------------" # Now copy the results to WORKDIR #\cp -rf /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID/* $WORKDIR E='grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1 |aw '{printf "%12.4f\n", $5}' ' V='grep "volum" OUTCAR |tail -1 |awk '{printf "%12.4f\n", $5}' ' echo $V $E >>EtVo.dat done # Delete the tmp File #rm -rf /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID # |
8樓2013-11-25 16:31:10
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