版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

登錄注冊

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號(hào)能夠正常使用，請盡快對帳號(hào)進(jìn)行手機(jī)號(hào)驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時(shí)熱門版塊排行榜

北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

返回列表

zhang668

木蟲 (正式寫手)

1ST強(qiáng)帖: 3
應(yīng)助: 11 (小學(xué)生)
貴賓: 0.061
金幣: 1735
散金: 1294
紅花: 11
帖子: 843
在線: 324.9小時(shí)
蟲號(hào): 733242
注冊: 2009-03-28
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

[交流] 【求助】請問侯博士，

計(jì)算E-V曲線時(shí)候遇到這個(gè)問題。我的EtVo.dat文件里每個(gè)V，E結(jié)果出現(xiàn)的次數(shù)和并行節(jié)點(diǎn)數(shù)一樣，不是只出現(xiàn)一次。不知道問題出現(xiàn)在哪里？下面是我的程序：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 3.37 3.42 3.47 3.52 3.57 3.62 3.67 3.72 3.77 3.82 3.87 3.92 3.97 4.02 4.07 4.12 4.17 4.22
do
cat > POSCAR < BiFeO3
$i
1 0 0
0 1 0
0 0 1
3 1 1
Direct
0.5 0.5 0
0.5 0 0.5
0 0.5 0.5
0.5 0.5 0.5
0 0 0
!
~/vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5}'`

還有得到E，V數(shù)值后，寫個(gè)inp.m，用murn.x out.m 命令時(shí)一直沒成功，提示：no star: incomprehensible list input
apparent state: unit 5 (unnamed)
last format: list io
lately reading sequential formatted external IO
Aborted
然后也沒生成fout.dat文件.
請問這個(gè)怎么回事？

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

070300化學(xué)354求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
286分調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
287求調(diào)劑已經(jīng)有11人回復(fù)
求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
一志愿鄭大材料工程290求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
材料科學(xué)與工程調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
化學(xué)308分調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)
300求調(diào)劑，材料科學(xué)英一數(shù)二已經(jīng)有16人回復(fù)
085701求調(diào)劑初試286分已經(jīng)有5人回復(fù)
289求調(diào)劑已經(jīng)有14人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:

高壓彈性常數(shù)計(jì)算已經(jīng)有39人回復(fù)
這個(gè)origin數(shù)據(jù)導(dǎo)入是什么問題？已經(jīng)有7人回復(fù)
vasp階段能測試求助，謝謝��！急求。已經(jīng)有15人回復(fù)
侯博士gk.f程序增加產(chǎn)生K點(diǎn)的數(shù)目，怎么修改與程序？已經(jīng)有8人回復(fù)
很有意思的問題：vasp里L(fēng)SDA+U時(shí)候LMAXMIX參數(shù)設(shè)置問題已經(jīng)有10人回復(fù)
VASP 計(jì)算E-V曲線求助。。已經(jīng)有10人回復(fù)
用侯博士計(jì)算彈性常數(shù)的方法，計(jì)算NITI B2相的C11和C12出現(xiàn)了問題。求助高手！已經(jīng)有6人回復(fù)
如何判斷贗勢的好壞（已經(jīng)站內(nèi)搜索）？已經(jīng)有10人回復(fù)
求助VASP計(jì)算彈性常數(shù)的問題已經(jīng)有5人回復(fù)
一般文章中的表格式用什么軟件做的？是origin嗎？已經(jīng)有22人回復(fù)
求助如何消除origin中畫的IR圖中的直線？已經(jīng)有8人回復(fù)
用berry phase計(jì)算Born effective charge時(shí)，最后一步的正負(fù)號(hào)問題已經(jīng)有8人回復(fù)
【求助】band.dat用origin畫能帶圖已經(jīng)有5人回復(fù)
【求助】菜鳥問有關(guān)VASP作業(yè)提交的問題！已經(jīng)有21人回復(fù)
【求助】vasp靜態(tài)計(jì)算出現(xiàn)的WARNING 已經(jīng)有18人回復(fù)
【求助】VASP怎么做晶格參數(shù)的結(jié)構(gòu)優(yōu)化已經(jīng)有17人回復(fù)
【求助】請教侯博士已經(jīng)有12人回復(fù)
【求助】石磨烯平面能帶結(jié)構(gòu)及簡并度的問題已經(jīng)有3人回復(fù)
【討論】請教在origin中畫如下的圖中遇到的一些問題已經(jīng)有6人回復(fù)

1樓 2010-10-12 22:29:27

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

valenhou001

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

1ST強(qiáng)帖: 13
應(yīng)助: 241 (大學(xué)生)
金幣: 25701.7
散金: 602
紅花: 166
帖子: 3782
在線: 873.8小時(shí)
蟲號(hào): 1007127
注冊: 2010-04-27
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

★
zzy870720z(金幣+1):謝謝提示 2010-10-13 13:10:31

此腳本不能用于并行計(jì)算。只適合串行的計(jì)算。

贊一下(2人)

回復(fù)此樓

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

liutaifeng

2樓2010-10-13 09:29:11

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zhang668

木蟲 (正式寫手)

1ST強(qiáng)帖: 3
應(yīng)助: 11 (小學(xué)生)
貴賓: 0.061
金幣: 1735
散金: 1294
紅花: 11
帖子: 843
在線: 324.9小時(shí)
蟲號(hào): 733242
注冊: 2009-03-28
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

哦，多謝！請問后面擬合狀態(tài)方程時(shí)出現(xiàn)的錯(cuò)誤大概是什么問題？就是no star: incomprehensible list input
apparent state: unit 5 (unnamed)
last format: list io
lately reading sequential formatted external IO
Aborted
然后也沒生成fout.dat文件.

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2010-10-13 11:13:13

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

valenhou001

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

1ST強(qiáng)帖: 13
應(yīng)助: 241 (大學(xué)生)
金幣: 25701.7
散金: 602
紅花: 166
帖子: 3782
在線: 873.8小時(shí)
蟲號(hào): 1007127
注冊: 2010-04-27
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

★ ★ ★
zxzj05(金幣+1):謝謝回帖交流 2010-10-13 15:33:44
ym23(金幣+2):歡迎常來交流 2010-10-13 18:48:41

很久就不此工具，發(fā)現(xiàn)不好用了了。錯(cuò)誤的信息可能是輸入文件沒有準(zhǔn)備好。推薦用此貼提到的工具：
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2056902%A1%A3

贊一下(2人)

回復(fù)此樓

4樓2010-10-13 14:55:38

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

guogencai

金蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 1137.2
散金: 72
紅花: 1
帖子: 35
在線: 52.6小時(shí)
蟲號(hào): 2761428
注冊: 2013-10-29
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

樓主請問下你最后怎么處理的啊，我現(xiàn)在初學(xué)，也遇到這個(gè)問題，我用ulimit -s unlimited 命令也沒有用，我已經(jīng)糾結(jié)幾天了，望解答，謝謝。。。

贊一下

回復(fù)此樓

嗨，，everyone

5樓2013-11-24 13:15:23

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zhang668

木蟲 (正式寫手)

1ST強(qiáng)帖: 3
應(yīng)助: 11 (小學(xué)生)
貴賓: 0.061
金幣: 1735
散金: 1294
紅花: 11
帖子: 843
在線: 324.9小時(shí)
蟲號(hào): 733242
注冊: 2009-03-28
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

★ ★
franch: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流。 2013-11-26 00:54:04

引用回帖:

5樓: Originally posted by guogencai at 2013-11-24 13:15:23
樓主請問下你最后怎么處理的啊，我現(xiàn)在初學(xué)，也遇到這個(gè)問題，我用ulimit -s unlimited 命令也沒有用，我已經(jīng)糾結(jié)幾天了，望解答，謝謝。。。

這個(gè)是并行計(jì)算就會(huì)出現(xiàn)的，出現(xiàn)次數(shù)跟節(jié)點(diǎn)數(shù)一樣。

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

6樓2013-11-25 09:57:59

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

guogencai

金蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 1137.2
散金: 72
紅花: 1
帖子: 35
在線: 52.6小時(shí)
蟲號(hào): 2761428
注冊: 2013-10-29
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

引用回帖:

6樓: Originally posted by zhang668 at 2013-11-25 09:57:59
這個(gè)是并行計(jì)算就會(huì)出現(xiàn)的，出現(xiàn)次數(shù)跟節(jié)點(diǎn)數(shù)一樣。...

我指的是哪個(gè)狀態(tài)擬合方程的時(shí)候，murn.x 運(yùn)行之后會(huì)出現(xiàn)
[guogencai3@guogencai3 522]$ murn.x <inp.m >out.m
list in: end of file
apparent state: unit 5 named in.m
last format: list io
lately reading sequential formatted external IO
Aborted (core dumped)
不知道為什么，我查了好久也沒有找到答案..請教下，謝謝

贊一下

回復(fù)此樓

嗨，，everyone

7樓2013-11-25 15:53:34

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

liutaifeng

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
金幣: 3279.9
散金: 53
紅花: 3
帖子: 279
在線: 381.3小時(shí)
蟲號(hào): 1172588
注冊: 2010-12-18
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

送紅花一朵

引用回帖:

2樓: Originally posted by valenhou001 at 2010-10-13 09:29:11
此腳本不能用于并行計(jì)算。只適合串行的計(jì)算。

請問您一下，我在做測試晶格常數(shù)時(shí)，將POSCAR循環(huán)和我提交作業(yè)的腳本寫在一起，為什么得的的EtVo.dat是空的，麻煩您幫我看看。
#!/bin/sh

#PBS -l nodes=1:n08:ppn=08
#PBS -j oe
#PBS -N  pt

cd $PBS_O_WORKDIR
WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR

source /share/apps/intel/ictce/4.0.0.020/ictvars.sh
export PATH=/share/apps/vasp/intel11_impi:$PATH

#mkdir -p /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID
# I will copy all the files in $PBS_O_WORKDIR to tmp dir
#\cp -rf $PBS_O_WORKDIR/* /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID
#cd /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID

NODES=`cat $PBS_NODEFILE | uniq`
echo "--------------------------------------------------------"
echo "  JOBID: $PBS_JOBID"
echo "  The job was started at `date`"
echo "  The job was running at $NODES."

# Start mpd
uniq $PBS_NODEFILE > .mpd.hosts
mpdboot -r ssh -f .mpd.hosts
rm WAVECAR
for i in 3.8 3.85 3.9 3.95 4.0 4.05 4.1 4.15 4.2 4.25 4.3
do
cat >POSCAR <<!
AL-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
1
D
0.0 0.0 0.0
!
echo "a=$i"
# Run intelmpi Job in local tmp dir
NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
mpirun -n $NP vasp

# Exit mpd
mpdallexit
mpdcleanup

echo "  The job was finished at `date`"
echo "--------------------------------------------------------"

# Now copy the results to WORKDIR
#\cp -rf /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID/* $WORKDIR
E='grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1 |aw  '{printf "%12.4f\n", $5}' '
V='grep "volum" OUTCAR |tail -1 |awk '{printf "%12.4f\n", $5}' '
echo $V $E >>EtVo.dat
done
# Delete the tmp File
#rm -rf /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID
#

贊一下

回復(fù)此樓

8樓2013-11-25 16:31:10

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主 zhang668 的主題更新

返回列表

普通表情龍兔虎貓高級回復(fù) (可上傳附件)

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 070300化學(xué)354求調(diào)劑 +7	101次希望 2026-03-28	7/350	2026-03-30 13:22 by Iveryant
[考研] 310求調(diào)劑 +9	爭取九點(diǎn)睡 2026-03-30	9/450	2026-03-30 11:44 by Wang200018
[考研] 化學(xué)工程085602 305分求調(diào)劑 +25	RichLi_ 2026-03-25	25/1250	2026-03-30 11:02 by klasasda
[考研] 290求調(diào)劑 +3	dfffsar 2026-03-29	3/150	2026-03-29 22:38 by 毛毛毛阿莫2
[考研] 356求調(diào)劑 +3	gysy?s?a 2026-03-28	3/150	2026-03-29 00:33 by 544594351
[考研] 315求調(diào)劑 +4	akie... 2026-03-28	5/250	2026-03-28 21:05 by zhq0425
[考研] 本科新能源科學(xué)與工程，一志愿華理能動(dòng)285求調(diào)劑 +3	AZMK 2026-03-27	5/250	2026-03-28 16:19 by xxxsssccc
[考研] 292求調(diào)劑 +14	鵝鵝鵝額額額額?/a> 2026-03-25	15/750	2026-03-28 08:45 by WYUMater
[考研] 340求調(diào)劑 +5	jhx777 2026-03-27	5/250	2026-03-28 04:18 by fmesaito
[考研] 331環(huán)境科學(xué)與工程求調(diào)劑 +3	熠然好運(yùn)氣 2026-03-27	3/150	2026-03-28 04:11 by fmesaito
[考研] 求調(diào)劑 +4	零八# 2026-03-27	4/200	2026-03-27 18:07 by yu221
[考研] 286求調(diào)劑 +4	lim0922 2026-03-26	4/200	2026-03-27 10:28 by guoweigw
[考研] 343求調(diào)劑 +4	贈(zèng)我一本書 2026-03-23	4/200	2026-03-27 00:40 by wxiongid
[考研] 342求調(diào)劑 +3	加油a李zs 2026-03-26	3/150	2026-03-27 00:29 by wxiongid
[考研] 327求調(diào)劑 +7	prayer13 2026-03-23	7/350	2026-03-26 20:48 by 不吃魚的貓
[考研] 290分調(diào)劑求助 +3	吉祥止止陳 2026-03-25	3/150	2026-03-25 19:58 by barlinike
[考研] 086003食品工程求調(diào)劑 +6	淼淼111 2026-03-24	6/300	2026-03-25 10:29 by 3Strings
[考研] 340求調(diào)劑 +5	話梅糖111 2026-03-24	5/250	2026-03-25 06:53 by ilovexiaobin
[考研] 求調(diào)劑 +6	研研，接電話 2026-03-24	7/350	2026-03-24 17:01 by barlinike
[考研] 一志愿山東大學(xué)藥學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +3	開開心心沒煩惱 2026-03-23	4/200	2026-03-24 00:06 by 開開心心沒煩惱

24小時(shí)熱門版塊排行榜

[交流] 【求助】請問侯博士，

» 猜你喜歡

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

[交流] 【求助】請問侯博士，

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助: