zhang668

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[交流] 【求助】請問侯博士，

計(jì)算E-V曲線時(shí)候遇到這個(gè)問題。我的EtVo.dat文件里每個(gè)V，E結(jié)果出現(xiàn)的次數(shù)和并行節(jié)點(diǎn)數(shù)一樣，不是只出現(xiàn)一次。不知道問題出現(xiàn)在哪里？下面是我的程序：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 3.37 3.42 3.47 3.52 3.57 3.62 3.67 3.72 3.77 3.82 3.87 3.92 3.97 4.02 4.07 4.12 4.17 4.22
do
cat > POSCAR < BiFeO3
$i
1 0 0
0 1 0
0 0 1
3 1 1
Direct
0.5 0.5 0
0.5 0 0.5
0 0.5 0.5
0.5 0.5 0.5
0 0 0
!
~/vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5}'`

還有得到E，V數(shù)值后，寫個(gè)inp.m，用murn.x out.m 命令時(shí)一直沒成功，提示：no star: incomprehensible list input
apparent state: unit 5 (unnamed)
last format: list io
lately reading sequential formatted external IO
Aborted
然后也沒生成fout.dat文件.
請問這個(gè)怎么回事？

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1樓 2010-10-12 22:29:27

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★
zzy870720z(金幣+1):謝謝提示 2010-10-13 13:10:31

此腳本不能用于并行計(jì)算。只適合串行的計(jì)算。

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liutaifeng

2樓2010-10-13 09:29:11

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哦，多謝！請問后面擬合狀態(tài)方程時(shí)出現(xiàn)的錯(cuò)誤大概是什么問題？就是no star: incomprehensible list input
apparent state: unit 5 (unnamed)
last format: list io
lately reading sequential formatted external IO
Aborted
然后也沒生成fout.dat文件.

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3樓2010-10-13 11:13:13

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★ ★ ★
zxzj05(金幣+1):謝謝回帖交流 2010-10-13 15:33:44
ym23(金幣+2):歡迎常來交流 2010-10-13 18:48:41

很久就不此工具，發(fā)現(xiàn)不好用了了。錯(cuò)誤的信息可能是輸入文件沒有準(zhǔn)備好。推薦用此貼提到的工具：
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2056902%A1%A3

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4樓2010-10-13 14:55:38

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guogencai

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★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

樓主請問下你最后怎么處理的啊，我現(xiàn)在初學(xué)，也遇到這個(gè)問題，我用ulimit -s unlimited 命令也沒有用，我已經(jīng)糾結(jié)幾天了，望解答，謝謝。。。

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嗨，，everyone

5樓2013-11-24 13:15:23

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franch: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流。 2013-11-26 00:54:04

引用回帖:

5樓: Originally posted by guogencai at 2013-11-24 13:15:23
樓主請問下你最后怎么處理的啊，我現(xiàn)在初學(xué)，也遇到這個(gè)問題，我用ulimit -s unlimited 命令也沒有用，我已經(jīng)糾結(jié)幾天了，望解答，謝謝。。。

這個(gè)是并行計(jì)算就會(huì)出現(xiàn)的，出現(xiàn)次數(shù)跟節(jié)點(diǎn)數(shù)一樣。

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6樓2013-11-25 09:57:59

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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

引用回帖:

6樓: Originally posted by zhang668 at 2013-11-25 09:57:59
這個(gè)是并行計(jì)算就會(huì)出現(xiàn)的，出現(xiàn)次數(shù)跟節(jié)點(diǎn)數(shù)一樣。...

我指的是哪個(gè)狀態(tài)擬合方程的時(shí)候，murn.x 運(yùn)行之后會(huì)出現(xiàn)
[guogencai3@guogencai3 522]$ murn.x <inp.m >out.m
list in: end of file
apparent state: unit 5 named in.m
last format: list io
lately reading sequential formatted external IO
Aborted (core dumped)
不知道為什么，我查了好久也沒有找到答案..請教下，謝謝

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嗨，，everyone

7樓2013-11-25 15:53:34

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引用回帖:

2樓: Originally posted by valenhou001 at 2010-10-13 09:29:11
此腳本不能用于并行計(jì)算。只適合串行的計(jì)算。

請問您一下，我在做測試晶格常數(shù)時(shí)，將POSCAR循環(huán)和我提交作業(yè)的腳本寫在一起，為什么得的的EtVo.dat是空的，麻煩您幫我看看。
#!/bin/sh

#PBS -l nodes=1:n08:ppn=08
#PBS -j oe
#PBS -N  pt

cd $PBS_O_WORKDIR
WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR

source /share/apps/intel/ictce/4.0.0.020/ictvars.sh
export PATH=/share/apps/vasp/intel11_impi:$PATH

#mkdir -p /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID
# I will copy all the files in $PBS_O_WORKDIR to tmp dir
#\cp -rf $PBS_O_WORKDIR/* /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID
#cd /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID

NODES=`cat $PBS_NODEFILE | uniq`
echo "--------------------------------------------------------"
echo "  JOBID: $PBS_JOBID"
echo "  The job was started at `date`"
echo "  The job was running at $NODES."

# Start mpd
uniq $PBS_NODEFILE > .mpd.hosts
mpdboot -r ssh -f .mpd.hosts
rm WAVECAR
for i in 3.8 3.85 3.9 3.95 4.0 4.05 4.1 4.15 4.2 4.25 4.3
do
cat >POSCAR <<!
AL-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
1
D
0.0 0.0 0.0
!
echo "a=$i"
# Run intelmpi Job in local tmp dir
NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
mpirun -n $NP vasp

# Exit mpd
mpdallexit
mpdcleanup

echo "  The job was finished at `date`"
echo "--------------------------------------------------------"

# Now copy the results to WORKDIR
#\cp -rf /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID/* $WORKDIR
E='grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1 |aw  '{printf "%12.4f\n", $5}' '
V='grep "volum" OUTCAR |tail -1 |awk '{printf "%12.4f\n", $5}' '
echo $V $E >>EtVo.dat
done
# Delete the tmp File
#rm -rf /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID
#

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8樓2013-11-25 16:31:10

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