zhang668

木蟲 (正式寫手)

1ST強帖: 3
應(yīng)助: 11 (小學(xué)生)
貴賓: 0.061
金幣: 1735
散金: 1294
紅花: 11
帖子: 843
在線: 324.9小時
蟲號: 733242
注冊: 2009-03-28
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

[交流] 【求助】請問侯博士，

計算E-V曲線時候遇到這個問題。我的EtVo.dat文件里每個V，E結(jié)果出現(xiàn)的次數(shù)和并行節(jié)點數(shù)一樣，不是只出現(xiàn)一次。不知道問題出現(xiàn)在哪里？下面是我的程序：
#!/bin/sh
rm WAVECAR
for i in 3.37 3.42 3.47 3.52 3.57 3.62 3.67 3.72 3.77 3.82 3.87 3.92 3.97 4.02 4.07 4.12 4.17 4.22
do
cat > POSCAR < BiFeO3
$i
1 0 0
0 1 0
0 0 1
3 1 1
Direct
0.5 0.5 0
0.5 0 0.5
0 0.5 0.5
0.5 0.5 0.5
0 0 0
!
~/vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'`
V=`grep "volume" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.4f \n", $5}'`

還有得到E，V數(shù)值后，寫個inp.m，用murn.x out.m 命令時一直沒成功，提示：no star: incomprehensible list input
apparent state: unit 5 (unnamed)
last format: list io
lately reading sequential formatted external IO
Aborted
然后也沒生成fout.dat文件.
請問這個怎么回事？

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

一志愿華中科技大學(xué)071000，求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
279分求調(diào)劑一志愿211 已經(jīng)有14人回復(fù)
332求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
0856材料專碩353求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
材料學(xué)學(xué)碩080502 337求調(diào)劑-一志愿華中科技大學(xué) 已經(jīng)有5人回復(fù)
085601調(diào)劑 358分已經(jīng)有4人回復(fù)
0856 271求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
能源材料化學(xué)課題組招收碩士研究生8-10名已經(jīng)有15人回復(fù)
一志愿西安交通大學(xué)材料工程專業(yè) 282分求調(diào)劑已經(jīng)有9人回復(fù)
一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境總分308求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

高壓彈性常數(shù)計算已經(jīng)有39人回復(fù)
這個origin數(shù)據(jù)導(dǎo)入是什么問題？已經(jīng)有7人回復(fù)
vasp階段能測試求助，謝謝啊！急求。已經(jīng)有15人回復(fù)
侯博士gk.f程序增加產(chǎn)生K點的數(shù)目，怎么修改與程序？已經(jīng)有8人回復(fù)
很有意思的問題：vasp里L(fēng)SDA+U時候LMAXMIX參數(shù)設(shè)置問題已經(jīng)有10人回復(fù)
VASP 計算E-V曲線求助。。已經(jīng)有10人回復(fù)
用侯博士計算彈性常數(shù)的方法，計算NITI B2相的C11和C12出現(xiàn)了問題。求助高手！已經(jīng)有6人回復(fù)
如何判斷贗勢的好壞（已經(jīng)站內(nèi)搜索）？已經(jīng)有10人回復(fù)
求助VASP計算彈性常數(shù)的問題已經(jīng)有5人回復(fù)
一般文章中的表格式用什么軟件做的？是origin嗎？已經(jīng)有22人回復(fù)
求助如何消除origin中畫的IR圖中的直線？已經(jīng)有8人回復(fù)
用berry phase計算Born effective charge時，最后一步的正負(fù)號問題已經(jīng)有8人回復(fù)
【求助】band.dat用origin畫能帶圖已經(jīng)有5人回復(fù)
【求助】菜鳥問有關(guān)VASP作業(yè)提交的問題！已經(jīng)有21人回復(fù)
【求助】vasp靜態(tài)計算出現(xiàn)的WARNING 已經(jīng)有18人回復(fù)
【求助】VASP怎么做晶格參數(shù)的結(jié)構(gòu)優(yōu)化已經(jīng)有17人回復(fù)
【求助】請教侯博士已經(jīng)有12人回復(fù)
【求助】石磨烯平面能帶結(jié)構(gòu)及簡并度的問題已經(jīng)有3人回復(fù)
【討論】請教在origin中畫如下的圖中遇到的一些問題已經(jīng)有6人回復(fù)

1樓 2010-10-12 22:29:27

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

liutaifeng

新蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 26 (小學(xué)生)
金幣: 3279.9
散金: 53
紅花: 3
帖子: 279
在線: 381.3小時
蟲號: 1172588
注冊: 2010-12-18
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖

送紅花一朵

引用回帖:

2樓: Originally posted by valenhou001 at 2010-10-13 09:29:11
此腳本不能用于并行計算。只適合串行的計算。

請問您一下，我在做測試晶格常數(shù)時，將POSCAR循環(huán)和我提交作業(yè)的腳本寫在一起，為什么得的的EtVo.dat是空的，麻煩您幫我看看。
#!/bin/sh

#PBS -l nodes=1:n08:ppn=08
#PBS -j oe
#PBS -N  pt

cd $PBS_O_WORKDIR
WORKDIR=$PBS_O_WORKDIR

source /share/apps/intel/ictce/4.0.0.020/ictvars.sh
export PATH=/share/apps/vasp/intel11_impi:$PATH

#mkdir -p /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID
# I will copy all the files in $PBS_O_WORKDIR to tmp dir
#\cp -rf $PBS_O_WORKDIR/* /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID
#cd /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID

NODES=`cat $PBS_NODEFILE | uniq`
echo "--------------------------------------------------------"
echo "  JOBID: $PBS_JOBID"
echo "  The job was started at `date`"
echo "  The job was running at $NODES."

# Start mpd
uniq $PBS_NODEFILE > .mpd.hosts
mpdboot -r ssh -f .mpd.hosts
rm WAVECAR
for i in 3.8 3.85 3.9 3.95 4.0 4.05 4.1 4.15 4.2 4.25 4.3
do
cat >POSCAR <<!
AL-fcc
$i
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
0.5 0.5 0.0
1
D
0.0 0.0 0.0
!
echo "a=$i"
# Run intelmpi Job in local tmp dir
NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`
mpirun -n $NP vasp

# Exit mpd
mpdallexit
mpdcleanup

echo "  The job was finished at `date`"
echo "--------------------------------------------------------"

# Now copy the results to WORKDIR
#\cp -rf /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID/* $WORKDIR
E='grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1 |aw  '{printf "%12.4f\n", $5}' '
V='grep "volum" OUTCAR |tail -1 |awk '{printf "%12.4f\n", $5}' '
echo $V $E >>EtVo.dat
done
# Delete the tmp File
#rm -rf /state/partition1/tmp/$USER/$PBS_JOBID
#

贊一下

回復(fù)此樓

8樓2013-11-25 16:31:10

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

查看全部 8 個回答

valenhou001

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

1ST強帖: 13
應(yīng)助: 241 (大學(xué)生)
金幣: 25701.7
散金: 602
紅花: 166
帖子: 3782
在線: 873.8小時
蟲號: 1007127
注冊: 2010-04-27
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

★
zzy870720z(金幣+1):謝謝提示 2010-10-13 13:10:31

此腳本不能用于并行計算。只適合串行的計算。

贊一下(2人)

回復(fù)此樓

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

liutaifeng

2樓2010-10-13 09:29:11

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zhang668

木蟲 (正式寫手)

1ST強帖: 3
應(yīng)助: 11 (小學(xué)生)
貴賓: 0.061
金幣: 1735
散金: 1294
紅花: 11
帖子: 843
在線: 324.9小時
蟲號: 733242
注冊: 2009-03-28
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

哦，多謝！請問后面擬合狀態(tài)方程時出現(xiàn)的錯誤大概是什么問題？就是no star: incomprehensible list input
apparent state: unit 5 (unnamed)
last format: list io
lately reading sequential formatted external IO
Aborted
然后也沒生成fout.dat文件.

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2010-10-13 11:13:13

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

valenhou001

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

1ST強帖: 13
應(yīng)助: 241 (大學(xué)生)
金幣: 25701.7
散金: 602
紅花: 166
帖子: 3782
在線: 873.8小時
蟲號: 1007127
注冊: 2010-04-27
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

★ ★ ★
zxzj05(金幣+1):謝謝回帖交流 2010-10-13 15:33:44
ym23(金幣+2):歡迎常來交流 2010-10-13 18:48:41

很久就不此工具，發(fā)現(xiàn)不好用了了。錯誤的信息可能是輸入文件沒有準(zhǔn)備好。推薦用此貼提到的工具：
http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2056902%A1%A3

贊一下(2人)

回復(fù)此樓

4樓2010-10-13 14:55:38

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]	作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 0856 271求調(diào)劑 +3	展信悅_ 2026-03-21	3/150	2026-03-21 10:17 by 王笑宇一定是研?/a>
[考研] 070300化學(xué)319求調(diào)劑 +7	錦鯉0909 2026-03-17	7/350	2026-03-21 03:46 by JourneyLucky
[考研] 求調(diào)劑 +3	Ma_xt 2026-03-17	3/150	2026-03-21 02:05 by JourneyLucky
[考研] 280求調(diào)劑 +7	咕嚕曉曉 2026-03-18	8/400	2026-03-21 01:27 by JourneyLucky
[考研] 一志愿華中科技大學(xué)，080502，354分求調(diào)劑 +5	守候夕陽CF 2026-03-18	5/250	2026-03-21 01:06 by JourneyLucky
[考研] 329求調(diào)劑 +9	想上學(xué)吖吖 2026-03-19	9/450	2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[考研] 290求調(diào)劑 +7	^O^乜 2026-03-19	7/350	2026-03-20 21:43 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武理材料工程348求調(diào)劑 +3	￣^￣゜汗 2026-03-19	4/200	2026-03-20 21:01 by zhukairuo
[考研] 295材料求調(diào)劑，一志愿武漢理工085601專碩 +5	Charlieyq 2026-03-19	5/250	2026-03-20 20:35 by JourneyLucky
[考研] 一志愿吉林大學(xué)材料學(xué)碩321求調(diào)劑 +11	Ymlll 2026-03-18	15/750	2026-03-20 19:40 by 丁丁*
[考研] 工科材料085601 279求調(diào)劑 +7	困于星晨 2026-03-17	9/450	2026-03-20 17:38 by 無懈可擊111
[考研] 求調(diào)劑 +3	暗涌afhb 2026-03-16	3/150	2026-03-20 00:28 by 河南大學(xué)校友
[考研] 一志愿中國海洋大學(xué)，生物學(xué)，301分，求調(diào)劑 +5	1孫悟空 2026-03-17	6/300	2026-03-19 23:46 by zcl123
[考研] 考研求調(diào)劑 +3	橘頌. 2026-03-17	4/200	2026-03-17 21:43 by 有只貍奴
[考研] 268求調(diào)劑 +8	一定有學(xué)上- 2026-03-14	9/450	2026-03-17 17:47 by laoshidan
[考研] 326求調(diào)劑 +5	上岸的小葡 2026-03-15	6/300	2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6	墨煜姒莘 2026-03-15	7/350	2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 有沒有道鐵/土木的想調(diào)劑南林，給自己招師弟中～ +3	TqlXswl 2026-03-16	7/350	2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料工程（085601）專碩有科研經(jīng)歷三項國獎兩個實用型專利一項省級立項 +6	大火山小火山 2026-03-16	8/400	2026-03-17 15:05 by 無懈可擊111
[考研] 304求調(diào)劑 +3	曼殊2266 2026-03-14	3/150	2026-03-16 16:39 by houyaoxu