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奔鯊

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現(xiàn)在的密度泛函方法忒多了，尤其是Truhlar大人，發(fā)明和創(chuàng)造了忒多的泛函

根據(jù)最近的文獻(xiàn)閱讀，發(fā)現(xiàn)BHandHLYP和BMK, KMLYP, M05-2X, M06-2X, MPWB1K等等比較受歡迎。
但是這些泛函在優(yōu)化基態(tài)分子幾何構(gòu)型時(shí)卻不太令人滿意。
對(duì)過渡態(tài)優(yōu)化，當(dāng)然是利用各種不同的泛函。
對(duì)基態(tài)優(yōu)化的話，是利用實(shí)驗(yàn)構(gòu)型呢，還是利用泛函，就算泛函的結(jié)果很差

當(dāng)然，一般反應(yīng)要經(jīng)歷R-->IM1-->TS-->IM2-->P
R=Reactants
IM1=Pre-reactive complex
TS=transition state
IM2=Post-reactive complex
P=Products

最近用B3LYP，對(duì)某反應(yīng)的IM1和TS比較，未經(jīng)ZPE校正時(shí)，IM1能量尚低于TS，經(jīng)過ZPE校正后，IM1則高于TS，B3LYP優(yōu)化幾何構(gòu)型還行，算勢(shì)壘一般都低估

[ Last edited by 奔鯊 on 2010-10-31 at 15:31 ]

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1樓 2010-10-31 14:58:42

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盡管沒有一種泛函是萬能的，但對(duì)基態(tài)幾何和反應(yīng)勢(shì)壘分別用不同的泛函計(jì)算是不可接受的，因?yàn)槟鞘窃凇皵M合”實(shí)驗(yàn)而不是“預(yù)測(cè)”反應(yīng)路徑！可接受的泛函
應(yīng)該兩者兼顧，不能只照顧一方。

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Nothing_Is_Impossible!

3樓2010-10-31 15:48:35

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還有，如果泛函算分子構(gòu)型都不準(zhǔn)確，那是否說明，其算能量不準(zhǔn)確？
而B3LYP算勢(shì)壘也不準(zhǔn)，但是算分子構(gòu)型參數(shù)就是準(zhǔn)，真實(shí)神奇啊
從頭算QCISD(T)、CCSD(T)，俺的機(jī)器不行啊

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2樓2010-10-31 15:05:11

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用自由能表示呢？

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4樓2010-11-01 08:40:17

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Originally posted by manson1998 at 2010-11-01 08:40:17:
用自由能表示呢？

謝謝提示。
剛才認(rèn)真比較了一下過渡態(tài)和pre-reactive complex的自由能，發(fā)現(xiàn)后者比前者確實(shí)要高一些。
不過好像沒見過比較自由能的文獻(xiàn)呢。。
一般都是比較電子能量+ZPE或者焓，

而且，對(duì)絡(luò)合物還沒有做BSSE校正，
過渡態(tài)的BSSE校正好像更少有做的。。

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5樓2010-11-01 13:59:20

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引用回帖:

Originally posted by 奔鯊 at 2010-11-01 13:59:20:

謝謝提示。
剛才認(rèn)真比較了一下過渡態(tài)和pre-reactive complex的自由能，發(fā)現(xiàn)后者比前者確實(shí)要高一些。
不過好像沒見過比較自由能的文獻(xiàn)呢。。
一般都是比較電子能量+ZPE或者焓，

而且，對(duì)絡(luò)合物還沒有做 ...

這個(gè)不對(duì)吧研究機(jī)理的話現(xiàn)在都用自由能啊，反倒是用電子能的越來越被鄙視了

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6樓2010-11-01 14:48:42

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Originally posted by manson1998 at 2010-11-01 14:48:42:

這個(gè)不對(duì)吧研究機(jī)理的話現(xiàn)在都用自由能啊，反倒是用電子能的越來越被鄙視了

嚴(yán)重同意

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7樓2010-11-01 15:00:40

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Originally posted by manson1998 at 2010-11-01 14:48:42:

這個(gè)不對(duì)吧研究機(jī)理的話現(xiàn)在都用自由能啊，反倒是用電子能的越來越被鄙視了

用焓值Enthalpy的居多，幾乎沒見過用自由能的，
B3LYP確實(shí)算能壘不準(zhǔn)，算焓變還湊合，

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8樓2010-11-01 16:26:51

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Originally posted by 奔鯊 at 2010-11-01 16:26:51:

用焓值Enthalpy的居多，幾乎沒見過用自由能的，
B3LYP確實(shí)算能壘不準(zhǔn)，算焓變還湊合，

但是目前確實(shí)都要求用自由能來表示機(jī)理，尤其是不同路徑優(yōu)劣的比較。這個(gè)也可以從動(dòng)力學(xué)上來解釋。單純的焓變或者電子能只能說明這個(gè)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定與否，無法表述它在反應(yīng)中的過程。
可能你看的是比較早的文獻(xiàn)。起碼到06年以后，涉及機(jī)理的計(jì)算，自由能被越來越重視了。

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9樓2010-11-01 16:57:30

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Originally posted by manson1998 at 2010-11-01 16:57:30:

但是目前確實(shí)都要求用自由能來表示機(jī)理，尤其是不同路徑優(yōu)劣的比較。這個(gè)也可以從動(dòng)力學(xué)上來解釋。單純的焓變或者電子能只能說明這個(gè)結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定與否，無法表述它在反應(yīng)中的過程。
可能你看的是比較早的文獻(xiàn)。起 ...

我都是大規(guī)模下文獻(xiàn)，應(yīng)該不是年代的問題。
專家能否給我看兩篇自由能的文獻(xiàn)，我好像都沒遇到過，幾率

另外，我看了另外一條反應(yīng)路徑，發(fā)現(xiàn)即使比較自由能，TS依然低于絡(luò)合物，
奇怪的是，IRC是可行的，因?yàn)檫@種差異是由于ZPE校正帶來的。。

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ludeng8710

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10樓2010-11-01 17:21:41

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