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我是胖胖熊金蟲(chóng) (初入文壇)
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我是胖胖熊(金幣+3):在線的派生的我試過(guò)了，很麻煩而且不能高通量呀！我看看能不能把新的charmm放到gmx中，謝謝啦！ 2010-11-08 10:29:20
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-11-08 12:52:51
我是胖胖熊(金幣+3):在線的派生的我試過(guò)了，很麻煩而且不能高通量呀！我看看能不能把新的charmm放到gmx中，謝謝啦！ 2010-11-08 10:29:20
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-11-08 12:52:51
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NADPH或者NADH都是小分子，一般都是用PRODRG在線派生出top文件的，你可以再查查看，最新的charmm力場(chǎng)里有，以前用NAMD的時(shí)候接觸過(guò)，但是GMX里只有charmm27,具體的我也不是特別清楚~俺自己的酶體系既有金屬又有輔酶，是個(gè)很糾結(jié)的體系啊~哈哈 |
3樓2010-11-07 20:54:31
★ ★ ★
我是胖胖熊(金幣+3):我的輔酶是NADPH，貌似用gmx4.5中的所有力場(chǎng)都不適用，找了幾篇文獻(xiàn)，好像都沒(méi)有描述，我再看看，謝謝啦！ 2010-11-07 20:49:07
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-11-08 12:52:43
我是胖胖熊(金幣+3):我的輔酶是NADPH，貌似用gmx4.5中的所有力場(chǎng)都不適用，找了幾篇文獻(xiàn)，好像都沒(méi)有描述，我再看看，謝謝啦！ 2010-11-07 20:49:07
ghcacj(金幣+3):謝謝 2010-11-08 12:52:43
| 力場(chǎng)的加入是和你的模擬目的相關(guān)的，不同的模擬對(duì)象適用不同的力場(chǎng)，比如生物體系，主要用的是AMBER,CHARMM,GROMOS(最新的GMX4.5加入了前兩種力場(chǎng)），其他體系的可以嘗試opls-aa等力場(chǎng)，結(jié)合你看的相關(guān)文獻(xiàn)上用了什么力場(chǎng)來(lái)參考比問(wèn)其他人來(lái)的準(zhǔn)確~畢竟還是你最了解你的研究對(duì)象~ |
2樓2010-11-07 13:54:06
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