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[交流] 【求助】在編譯時(shí)出錯(cuò) 已有5人參與

when i execute the program, the following error appear:

At line 111 of file readmd.f90 (unit = 20, file = 'TRAJ1')
Fortran runtime error: I/O past end of record on unformatted file

How can solve this, please help me, thanks.

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1樓 2010-11-15 19:23:32

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zyj8119

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引用回帖:

Originally posted by astringent at 2010-11-15 19:23:32:
when i execute the program, the following error appear:

At line 111 of file readmd.f90 (unit = 20, file = 'TRAJ1')
Fortran runtime error: I/O past end of record on unformatted file

How can s ...

無源代碼無真相。。

回復(fù)此樓

好好學(xué)習(xí)，天天向上。

2樓2010-11-15 22:02:38

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這個(gè)是源文件
open(nin,file='TRAJ1',status='old',form &
            ='unformatted')
   open(nout,file='csbw.out')
      do istep=1, nstep
            call readmdinit (mdtype,nin)
            call readmd  &
               (mdtype,nattot,nin,atomname,xxx,yyy,zzz,cell)

! loop over all waters

      do i=1, nattot
            if (('atomname'.eq.'O').and.('resname'.eq.'WAT')) then
                  io = i
                  ih1 = io+1
                  ih2 = io+2
            call test &
            (io,ih1,ia1,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,atomname,resname,ihbnum)
               if (ihbnum.eq.1) then
                     acc(j)=ia1
                     call test  &
                  (io,ih2,ia2,xxx,yyy,zzz,nattot,cell, &
                  atomname,resname,ihbnum)
                     if (ihbnum.eq.1) then
                           if (resindex(ia1).eq.resindex(ia2)+1 &
                           .or. resindex(ia1).eq. resindex(ia2)-1) then
                        write(*,*) 'not find a cswb'
                        else
                        write(*,*) 'find a cswb'
                        nhb=nhb+1
                        endif
                     endif
               endif
               endif
            enddo
         sum=sum+nhb
      do j=1,nattot
      write (nout,"('acceptor is',i2)"

acc(j)
      enddo
         enddo
      avgnhb=sum/nstep
      write (nout,"('avergaed number is',i2)"

avgnhb
close(nout)
end

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3樓2010-11-16 03:01:44

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下面是各個(gè)子程序
subroutine findhbond &
      (io,ih,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,ihbnum)

   implicit none
   include 'constants.h'

   integer io,ih,iat,nattot,ihbnum
   double precision xxx(nattot),yyy(nattot),zzz(nattot)
   double precision cell(3)
   double precision theta,thetamax,roamax,rhamax
   double precision dx0,dy0,dz0,r0
   double precision dx1,dy1,dz1,r1
   double precision dx2,dy2,dz2,r2

   thetamax = 30.d0
   roamax = 3.5d0
   rhamax = 2.45d0
   ihbnum = 0

   call bondcalculation(io,ih,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,dx0,dy0,dz0,r0)
   call bondcalculation(io,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,dx1,dy1,dz1,r1)
         if (r1.lt.roamax) then
            theta = dacos(dx0*dx1+dy0*dy1+dz0*dz1)
               if(theta.lt.thetamax) then
                  call bondcalculation &
                     (ih,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,dx2,dy2,dz2,r2)
                     if (r2.lt.rhamax) then
                           ihbnum = 1
                     endif
               endif
         endif

   return
   end
subroutine test &
      (io,ih,ia,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,atomname,resname,ihbnum)

   implicit none
   include 'constants.h'

   integer io,ih,ia,nattot,ihbnum
   double precision xxx(nattot),yyy(nattot),zzz(nattot)
   double precision cell(*)
   character*4 atomname(nattot),resname(nattot)

   integer iat

   ia = 0
   ihbnum = 0

   do iat=1, nattot
      if((('resname'.eq.'DC5').or.('resname'.eq.'DC')).and.&
      ('atomname'.eq.'N1'.or.'atomname'.eq.'N4'.or.'atomname'.eq.'N3'&
            &.or.'atomname'.eq.'O2')) then
               call findhbond &
               (io,ih,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,ihbnum)

      elseif (('resname'.eq.'DG3'.or.'resname'.eq.'DG').and.&
            &('atomname'.eq.'N9'.or.'atomname'.eq.'N7'.or.'atomname'.eq.&
               &'O6'.or.'atomname'.eq.'N1'.or.'atomname'.eq.'N2'&
            &.or.'atomname'.eq.'N3')) then
            call findhbond &
               (io,ih,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,ihbnum)

      elseif (('resname'.eq.'DA').and.('atomname'.eq.'N9'.or.&
            'atomname'.eq.'N7'.or.'atomname'.eq.  &
            'N6'.or.'atomname'.eq.'N1'&
            &.or.'atomname'.eq.'N3')) then
            call findhbond  &
               (io,ih,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,ihbnum)

      elseif (('resname'.eq.'DT').and.('atomname'.eq.'N1'.or. &
            'atomname'.eq.'O4'.or.'atomname' &
            .eq.'N3'.or.'atomname'.eq.'O2')) then
            call findhbond &
               (io,ih,iat,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,ihbnum)
      endif
      if (ihbnum.eq.1) then
         ia=iat
      endif
      enddo

   return
   end
  subroutine bondcalculation &
      (i1,i2,xxx,yyy,zzz,nattot,cell,dx,dy,dz,roh)

   implicit none
   integer i1,i2,nattot
   double precision xxx(nattot),yyy(nattot),zzz(nattot)
   double precision cell(3),dx,dy,dz
   double precision xo,yo,zo,xh,yh,zh,roh

   xo = xxx(i1)
   yo = yyy(i1)
   zo = zzz(i1)
   xh = xxx(i2)
   yh = yyy(i2)
   zh = zzz(i2)
   dx = xh - xo
   dy = yh - yo
   dz = zh - zo
   dx = dx - anint(dx/cell(1))*cell(1)
   dy = dy - anint(dy/cell(2))*cell(2)
   dz = dz - anint(dz/cell(3))*cell(3)
   roh = dsqrt(dx**2+dy**2+dz**2)
   dx = dx / roh
   dy = dy / roh
   dz = dz / roh
   return
   end

subroutine readmd  &
      (mdtype,nattot,nin,atomname,xxx,yyy,zzz,cell)

   implicit none
   integer mdtype,nattot,nin
   double precision :: xxx(nattot),yyy(nattot),zzz(nattot)
   real*4 :: x_dcd(nattot),y_dcd(nattot),z_dcd(nattot)
   double precision cell(3)
   character*4 atomname(nattot)

   integer iatm,i
   double precision xtable(6)

   integer                            ::npdb=70

   if (mdtype.eq.0) then       ! original TINKER
      read(nin,*)
      do iatm=1, nattot
         read(nin,'(i6,2x,a2,x,3f12.6)')i,atomname(iatm),xxx(iatm),&
            yyy(iatm),zzz(iatm)
      enddo
   elseif (mdtype.eq.1) then    ! modified TINKER
      read(nin,*)
      read(nin,*)
      do iatm=1, nattot
         read(nin,'(a2,9x,6f12.4)')atomname(iatm),xxx(iatm), &
               yyy(iatm), zzz(iatm)
      enddo
   elseif ((mdtype.eq.2).or.(mdtype.eq.3)) then
   !  DLPOLY
      read(nin,*)
      read(nin,*)
      read(nin,*)
      read(nin,*)
      do iatm=1, nattot
         read(nin,'(a2,x,6f10.5)')atomname(iatm),xxx(iatm), &
            yyy(iatm), zzz(iatm)
      enddo
   elseif (mdtype.eq.4) then
   ! Orsay - FX COUDERT
      read(nin,*)
      read(nin,*)
      do iatm=1, nattot
         read(nin,'(2x,a2,6x,3f14.5)')atomname(iatm),xxx(iatm),&
            yyy(iatm),zzz(iatm)
      enddo
   elseif (mdtype.eq.5) then
   !  xyz
      read(nin,*)
      read(nin,*)
      do iatm=1, nattot
         read(nin,'(a2,8x,3f12.4)')atomname(iatm),xxx(iatm),&
   yyy(iatm),zzz(iatm)
      enddo

   elseif (mdtype.eq.6) then
  ! dcd binary
         read(nin) (xtable(i),i=1,6)
         read(nin) (x_dcd(i),i=1,nattot)
         read(nin) (y_dcd(i),i=1,nattot)
         read(nin) (z_dcd(i),i=1,nattot)


         cell(1)=xtable(1)
         cell(2)=xtable(3)
         cell(3)=xtable(6)

         OPEN(npdb,file='system.pdb',status='old')
         call read_pdb(atomname,npdb,nattot)

         CLOSE(npdb)

! send from single precision to double

         do i=1,nattot
            xxx(i)=x_dcd(i)
            yyy(i)=y_dcd(i)
            zzz(i)=z_dcd(i)
         enddo


   endif

   return
   end

   subroutine readmdinit(mdtype,nin)

   implicit none
   integer mdtype,nin

! local variables --------------

   integer    ntitle,nset,istart,icntrl(6),jcntrl(9)
   character*80 title(10)
   character*4 hdr
   double precision    delta
   integer    i,nfr,dfr,natms

   if (mdtype.eq.3) then
      read(nin,*)
      read(nin,*)
   elseif(mdtype.eq.6) then
      read(nin) hdr,nfr,istart,dfr,(icntrl(i),i=1,6),delta,(jcntrl(i) &
         ,i=1,9)
      read(nin) ntitle,(title(i),i=1,ntitle)
      read(nin) natms
   endif

   return
   end

   subroutine read_pdb(atomname,n,nattot)

   integer                                           ::n,nattot
   character(len=4),dimension(nattot),intent(inout) ::atomname
   character(len=4),dimension(nattot)                ::resname
   character(len=4),dimension(nattot)                ::itmp
   integer,dimension(nattot)                         ::resindex,label


!--- local variables -------------------

   integer :: i

   do i=1,nattot

      read(n,1000,err=20,end=20) itmp,label(i),atomname(i),resname(i),&
   resindex(i)

   enddo


20 CONTINUE

1000 format(3x,a4,6x,i5,a4,x,a4,3x,i5)

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4樓2010-11-16 03:22:17

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gd88

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★ ★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
nono2009(金幣+2):鼓勵(lì)應(yīng)助 2010-11-17 10:14:06

LZ，今天Fortran的問題小爆發(fā)哦。

從錯(cuò)誤信息來看，TRAJ1這個(gè)文件，格式錯(cuò)誤。

另，你讀取數(shù)據(jù)的程序，用F90的嗎？
那么，open(nin,file='TRAJ1',status='old'
里面的 old
Fortran的標(biāo)準(zhǔn)這么多年可以是變化的，
你先了解一下 f90 和 f77 的不同把，格式方面。

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回復(fù)此樓

5樓2010-11-17 02:03:42

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cean

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★ ★
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nono2009(金幣+1):鼓勵(lì)參與 2010-11-21 07:15:28

“Fortran runtime error: I/O past end of record on unformatted file”

There is not enough data to be read.

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To do great work, you have to have a pure mind.

6樓2010-11-20 20:39:35

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yangdafaok

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[考研] 294求調(diào)劑材料與化工專碩 +13	陌の森林 2026-03-18	13/650	2026-03-19 19:41 by maocaozhuxi
[考研] 346求調(diào)劑[0856] +3	WayneLim327 2026-03-16	6/300	2026-03-19 11:21 by WayneLim327
[考研] 一志愿中海洋材料工程專碩330分求調(diào)劑 +7	小材化本科 2026-03-18	7/350	2026-03-19 10:46 by Linda Hu
[考研] 0703化學(xué) 305求調(diào)劑 +4	FY_yy 2026-03-14	4/200	2026-03-19 05:54 by anny19840123
[考研] 304求調(diào)劑 +6	司空. 2026-03-18	6/300	2026-03-18 23:03 by 星空星月
[考研] 298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑 +7	手機(jī)用戶 2026-03-17	7/350	2026-03-18 14:34 by vgtyfty
[考研] 070300化學(xué)319求調(diào)劑 +6	錦鯉0909 2026-03-17	6/300	2026-03-18 13:22 by Iveryant
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[考研] 考研化學(xué)學(xué)碩調(diào)劑，一志愿985 +4	張vvvv 2026-03-15	6/300	2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
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