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[交流] 【求助】Siesta安裝報錯

朋友要我在server上安裝Siesta，要求是2.0版本的，可是我安裝好多次，運算時還是會出錯的。
我的機器是HP：
CPU X5650  2個
內(nèi)存 24G
編譯器是MPICH2,ifort,icc
安裝后，我運行自帶的例子，第一個錯誤如下：
Kgrid cutoff input: 28.34590
forrtl: severe (71): integer divide by zero
Image             PC             Routine          Line       Source
siesta          0000000000A18C38  Unknown             Unknown  Unknown
siesta          0000000000A494CA  Unknown             Unknown  Unknown
不知道為什么，網(wǎng)上查了也不知道為什么，后在在編譯時加了Siesta的關(guān)于ifort11的提示，好像沒拉。
第二個錯誤是：
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred

ERROR - number of fine mesh points per Node must be greater than finite difference order
這個好像我減少并行的cpu數(shù)量，會解決，但我不知道這是不是我編譯的問題，還是軟件本身的問題

第三個錯誤一直沒法解決，在跑MgO,或者有時在運行Fe時，會出現(xiàn)
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
。。。。。。。。。。。。。。。。
然后所有cpu都退出拉。
那位高手可以幫忙解答下嗎？萬分感謝。。。。

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1樓 2011-02-18 19:24:08

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

bingmou

金蟲 (著名寫手)

★
zzy870720z(金幣+1): 謝謝提示 2011-02-19 08:55:19
enola(金幣+5): 2011-02-19 10:06:33

雖然我不太清楚原因，但是可以肯定的是這個程序是不能做任何計算的。
似乎你的編譯結(jié)果出現(xiàn)的段錯誤，這種情況可能是原來程序有錯。最有可能是你編譯的時候出錯了，你應(yīng)該把編譯的流程和結(jié)果貼出來

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2樓2011-02-18 22:29:08

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

enola

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Siesta安裝報錯

引用回帖:

Originally posted by bingmou at 2011-02-18 14:29:08:
雖然我不太清楚原因，但是可以肯定的是這個程序是不能做任何計算的。
似乎你的編譯結(jié)果出現(xiàn)的段錯誤，這種情況可能是原來程序有錯。最有可能是你編譯的時候出錯了，你應(yīng)該把編譯的流程和結(jié)果貼出來

恩，謝謝阿。但是程序有時不會報錯，比如我運行H2O的例子，它是好的，但是要是去運行Fe就會出錯。要是程序沒有報錯，是可以計算的，計算的結(jié)果似乎也是正確的，由于我安裝的是2.0.2,我嘗試3.0時，不會有問題，但我朋友一定要2.0。我的編譯文件如下阿：由于當時MKL弄不清怎么安裝，我也沒有Intel的MPI，所以選了BLAS，LAPACK和BLACS。版主要是不建議，可以把你的編譯文件給我參考下麻？我主要在做了下面的修改：

a. edit the optimization level
FFLAGS=-g -O2
******************************************************************
b.give the right path of all the necessary libs
BLAS_LIBS=/home/enola/Siesta/BLAS/blas_LINUX.a
LAPACK_LIBS=/home/enola/Siesta/lapack-3.2.1/lapack_LINUX.a
BLACS_LIBS=/home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacsCinit_MPI-LINUX-0.a\
         /home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a\
         /home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a
SCALAPACK_LIBS=/home/enola/lib/scalapack/libscalapack.a
******************************************************************
c.especially for this
MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a# do not need to change or else error happen
MPI_INCLUDE=/home/enola/lib/mpi/include# change to the right path
******************************************************************

以下是我的整個arch.make,謝謝。。
#
# This file is part of the SIESTA package.
#
# Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid:
# E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal
# and J.M.Soler, 1996-2006.
#
# Use of this software constitutes agreement with the full conditions
# given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users.
#
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--Intel

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS=-g -O2
FPPFLAGS= -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT
LDFLAGS=

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

BLAS_LIBS=/home/enola/Siesta/BLAS/blas_LINUX.a
LAPACK_LIBS=/home/enola/Siesta/lapack-3.2.1/lapack_LINUX.a
BLACS_LIBS=/home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacsCinit_MPI-LINUX-0.a\
         /home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a\
         /home/enola/Siesta/BLACS/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a
SCALAPACK_LIBS=/home/enola/lib/scalapack/libscalapack.a

COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS)

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.
MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a #
#MPI_INTERFACE=/home/enola/lib/mpi/lib/libmpichf90.a
MPI_INCLUDE=/home/enola/lib/mpi/include

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<

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3樓2011-02-19 10:16:35

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bingmou

金蟲 (著名寫手)

★
zzy870720z(金幣+1): 謝謝提示 2011-02-19 11:05:05

試試把優(yōu)化級別調(diào)低一點，看看是不是優(yōu)化的問題

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4樓2011-02-19 10:29:09

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