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[交流]
【求助】Molekel查看分子時如何獲得三維尺寸
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最近需要知道一個配合物分子的三維尺寸 看到有文章用了Molekel這個軟件，將分子框在一個長方體中， 給出了長方體的長、寬、高 自己弄了下，現(xiàn)在把分子導(dǎo)入了軟件，可以看，但不知道這三個尺寸如何獲得， 還望高人指點，先謝謝了！ 附上分子結(jié)構(gòu)和圖  |
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mland(金幣+15):多謝高手，開始找了個4.3打不開，所以去了官網(wǎng)，哪知還這樣�。〔恢煞癜l(fā)一份給我 2010-11-16 18:58:12
mland(金幣+5):再次感謝 2010-11-16 19:11:45
mland(金幣+5):再次感謝 2010-11-16 19:11:45
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看來你用的是Molekel5.4（這個版本很不好），所以無法顯示BOX的尺寸了。如果你用的是Molekel4.3，可點鼠標(biāo)右鍵，在彈出菜單中選Compute→Adjust Box，就會顯示BOX的尺度了（在必要時還允許調(diào)整）。如果沒有Molekel4.3，可用下述方法獲得BOX的尺寸： 1. 將分子轉(zhuǎn)到慣性主軸坐標(biāo)系中。如果不知道怎么轉(zhuǎn)，可用Gaussian03/09隨便做個單點計算，輸出文件中查找“Standard Orientations”，其下的直角坐標(biāo)就是慣性主軸坐標(biāo)系中的分子坐標(biāo)。 2. 分別在±X、±Y和±Z 六個方向上查找最邊上的原子，設(shè)其坐標(biāo)和van der Waals半徑如下表第一、二列所示，則BOX的尺度如下表第三列所示： 坐標(biāo) vdW BOX的尺度（單位是Angstroms） -X1 R1 X2 R2 ==》 X方向的長度為 Lx = X2+X1+R1+R2+1.0 -Y1 R3 Y2 R4 ==》 Y方向的長度為 Ly = Y2+Y1+R3+R4+1.0 -Z1 R5 Z2 R6 ==》 Z方向的長度為 Lz = Z2+Z1+R5+R6+1.0 注意，BOX的尺度計算中額外多加了1.0埃（即每邊多加0.5埃），這是慣例。Molekel遵守這一慣例。 [ Last edited by ykwang on 2010-11-16 at 18:52 ] |
2樓2010-11-16 18:50:37
3樓2010-11-16 18:59:15
4樓2010-11-16 19:32:18
5樓2010-11-16 20:49:06
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11樓2010-11-26 15:20:01
12樓2010-11-26 18:07:55
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小木蟲(金幣+0.5):給個紅包，謝謝回帖交流
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很簡單，只需把log文件中以下信息里的 ****************************************** Gaussian 03: EM64T-G03RevD.02 1-Mar-2006 29-May-2008 ****************************************** Gaussian 03改為Gaussian 98即可，因為Molekel是根據(jù)這個信息來定位分子坐標(biāo)的（當(dāng)時Gaussian03還沒出來呢）。 [ Last edited by ykwang on 2010-11-26 at 20:34 ] |
13樓2010-11-26 20:32:28
14樓2010-11-26 21:04:36
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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您好，之前看到您對于在“Molekel查看分子時如何獲得三維尺寸”的問題中的詳細(xì)解答，學(xué)到不少東西，我也安裝了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三圍尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP進(jìn)行了幾何優(yōu)化，并把結(jié)果文件輸出了pdb格式的，并導(dǎo)入到Molekel4.3中： （1）為啥盒子的顏色是藍(lán)色的，可以只是在外圍的幾條白線圍城的盒子么？ （2）按您說的，我用計算打開的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即為a值，Y的差值為b，Z的差值為c？我減了一下和資料上的差別有點大，不知道為什么。 （3）我在MS中優(yōu)化好了之后，導(dǎo)入進(jìn)Molekel4.3中，僅只有一個雙鍵了，不知道為何？ 謝謝了~ |
15樓2013-04-30 17:18:33
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您好，之前看到您對于在“Molekel查看分子時如何獲得三維尺寸”的問題中的詳細(xì)解答，學(xué)到不少東西，我也安裝了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三圍尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP進(jìn)行了幾何優(yōu)化，并把結(jié)果文件輸出了pdb格式的，并導(dǎo)入到Molekel4.3中： （1）為啥盒子的顏色是藍(lán)色的，可以只是在外圍的幾條白線圍城的盒子么？ （2）按您說的，我用計算打開的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即為a值，Y的差值為b，Z的差值為c？我減了一下和資料上的差別有點大，不知道為什么。 （3）我在MS中優(yōu)化好了之后，導(dǎo)入進(jìn)Molekel4.3中，僅只有一個雙鍵了，不知道為何？ 謝謝了~ |
16樓2013-04-30 17:19:00
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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您好，之前看到您對于在“Molekel查看分子時如何獲得三維尺寸”的問題中的詳細(xì)解答，學(xué)到不少東西，我也安裝了Molekel4.3，想算一下苯分子和其他的分子的三圍尺寸，我把苯分子在MS5.5里面用GGA的BLYP進(jìn)行了幾何優(yōu)化，并把結(jié)果文件輸出了pdb格式的，并導(dǎo)入到Molekel4.3中： （1）為啥盒子的顏色是藍(lán)色的，可以只是在外圍的幾條白線圍城的盒子么？ （2）按您說的，我用計算打開的"compute的adjust box“，是不是利用Xmin和Xmax的差值即為a值，Y的差值為b，Z的差值為c？我減了一下和資料上的差別有點大，不知道為什么。 （3）我在MS中優(yōu)化好了之后，導(dǎo)入進(jìn)Molekel4.3中，僅只有一個雙鍵了，不知道為何？ 謝謝了~ QQ截圖20130430171021.png QQ截圖20130430172038.png |
17樓2013-04-30 17:21:01
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