 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1929 | 回復(fù): 8 | |||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
[交流]
【討論】水分子的兩個(gè)HT原子之間不應(yīng)該成鍵 已有5人參與
|
|||
我知道產(chǎn)生問(wèn)題的原因是和壇子里的一個(gè)同學(xué)一樣：水分子的兩個(gè)HT原子之間不應(yīng)該成鍵。在產(chǎn)生psf是出現(xiàn)的問(wèn)題，可我不會(huì)解決，望大家?guī)兔?br />
在運(yùn)行后出現(xiàn)這個(gè)問(wèn)題：UNABLE TO FIND ANGLE PARAMETERS FOR HT HT OT（如圖） 這是我的命令： 去掉硫酸根： mol load pdb 1KIM.pdb set sel [atomselect top "not resname SO4"] $sel writepdb 1kims.pdb $sel writepsf 1kims.psf exit 去掉THM： mol load pdb 1kims.pdb set sel [atomselect top "not resname THM"] $sel writepdb 1kimst.pdb exit 分鏈： mol load pdb 1kimst.pdb set a {atomselect top "protein and chain A"] set b {atomselect top "protein and chain B"] $a writepdb 1kimstA.pdb $b writepdb 1kimstB.pdb exit mol load pdb 1kimst.pdb set a {atomselect top "water and chain A"] set b {atomselect top "water and chain B"] $a writepdb crystwatA.pdb $b writepdb crystwatB.pdb exit 產(chǎn)生psf： package require psfgen topology top_all27_prot_lipid.inp pdbalias residue HIS HSE pdbalias atom ILE CD1 CD pdbalias atom HOH O OH2 pdbalias residue HOH TIP3 foreach S { A B } { segment $S { pdb 1kimst$S.pdb } coordpdb 1kimst$S.pdb $S regenerate angles dihedrals segment WC$S { auto none pdb crystwat$S.pdb } coordpdb crystwat$S.pdb WC$S } guesscoord writepdb 1kim.pdb writepsf 1kim.psf 加水： set all [atomselect top all] measure minmax $all package require solvate solvate 1kim.psf 1kim.pdb -o 1kim_wb -b 1.5 -minmax {{-10 48 8} {70 120 80}} 平衡動(dòng)力學(xué)： |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
食品工程專碩一志愿中海洋309求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
311（085601）求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
305求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿北化085600材料專碩275|有文章專利｜求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿華理，數(shù)一英一285求A區(qū)調(diào)劑
已經(jīng)有12人回復(fù)
-
289求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
生物學(xué)學(xué)碩，一志愿湖南大學(xué)，初試成績(jī)338
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
343求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 【轉(zhuǎn)載】石大畢業(yè)生近三年心得！
已經(jīng)有23人回復(fù)
- 【討論】“米飯實(shí)驗(yàn)”的啟示
已經(jīng)有32人回復(fù)
- 【原創(chuàng)】?jī)煞N熱虹吸塔在HYSYS中的動(dòng)態(tài)實(shí)現(xiàn)及分析
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【討論】請(qǐng)大家分析這三個(gè)化合物的水溶性
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【原創(chuàng)】非變性凝膠電泳原理及應(yīng)用實(shí)例
已經(jīng)有48人回復(fù)
- 【求助】我是做水分子模擬的這下子無(wú)語(yǔ)了
已經(jīng)有14人回復(fù)
- 【資源】催化劑制備中浸漬（等體積浸漬）不斷改進(jìn)
已經(jīng)有151人回復(fù)
- 【討論】全釩液流電池中的水遷移問(wèn)題
已經(jīng)有1人回復(fù)
- 【討論】gaussian優(yōu)化中對(duì)游離小分子的處理
已經(jīng)有0人回復(fù)
- 【轉(zhuǎn)帖】極化連續(xù)介質(zhì)模型（PCM）
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【專題】PCR實(shí)驗(yàn)技術(shù)指南
已經(jīng)有535人回復(fù)
- 【分享】過(guò)柱子總結(jié)（吸附劑與洗脫劑）
已經(jīng)有224人回復(fù)
- 【討論】如何計(jì)算兩分子間的有效相互作用力
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 催化版上2008-04-25前 沸石分子篩，ZSM-系、SAPO-系 共466個(gè)話題集錦
已經(jīng)有110人回復(fù)
fanhuifang
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 7.5
- 紅花: 1
- 帖子: 11
- 在線: 2.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 4185555
- 注冊(cè): 2015-10-30
- 專業(yè): 蛋白質(zhì)組學(xué)
9樓2016-11-10 11:09:19
|
幫頂一下。。。 |
3樓2010-12-17 15:10:18
4樓2010-12-17 15:40:16
coolrainbow
木蟲 (著名寫手)
未來(lái)國(guó)家凍涼
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 貴賓: 0.1
- 金幣: 3979.5
- 散金: 10
- 紅花: 50
- 帖子: 1137
- 在線: 272.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 239560
- 注冊(cè): 2006-04-07
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
5樓2010-12-17 16:43:00
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +3 | @MZB382400 2026-03-28 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿華北電力大學(xué)能動(dòng)專碩，293，求調(diào)劑 +3 | 15537177284 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | QiMing7 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 317分 一志愿南理工材料工程 本科湖工大 求調(diào)劑 +6 | 芋泥小鈴鐺 2026-03-28 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703本科鄭州大學(xué)求調(diào)劑 +3 | nhj_ 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料277求調(diào)劑 +7 | min3 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑 一志愿哈工大總分298分，前三科223分 +5 | dongfang59 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑推薦 材料 304 +15 | 荷包蛋hyj 2026-03-26 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑，各位老師看看我！��！ +5 | 祁祺祺 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +17 | 顧九笙要謙虛 2026-03-24 | 23/1150 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 李嘉圖·S·路 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +9 | 小蠟新筆 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +7 | 蛋黃咸肉粽 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 341求調(diào)劑 +7 | 青檸檬1 2026-03-26 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料考研求調(diào)劑 +3 | Dendel 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 機(jī)械學(xué)碩310分，數(shù)一英一，一志愿211本科雙非找調(diào)劑信息 +3 | @357 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +6 | 來(lái)好運(yùn)來(lái)來(lái)來(lái) 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 機(jī)械學(xué)碩總分317求調(diào)劑！�。。� +4 | Acaciad 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 網(wǎng)絡(luò)空間安全0839招調(diào)劑 +4 | w320357296 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 277分求調(diào)劑，跨調(diào)材料 +3 | 考研調(diào)劑lxh 2026-03-24 | 3/150 |
|