阿三阿里寶寶

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[交流] 【求助】LAMMPS運行錯誤：Out of range atoms - cannot compute PPPM

運行LAMMPS出現(xiàn)以下內(nèi)容：
LAMMPS (23 Aug 2010)
> Scanning data file ...
> 4 = max bonds/atom
> 6 = max angles/atom
> Reading data file ...
> orthogonal box = (-3.3562 -3.181 -3.2099) to (26.4202 26.9708 26.1994)
> 1 by 1 by 1 processor grid
> 1388 atoms
> 960 bonds
> 688 angles
> Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
> 4 = max # of 1-2 neighbors
> 3 = max # of 1-3 neighbors
> 3 = max # of 1-4 neighbors
> 4 = max # of special neighbors
> 1388 atoms in group all
> 1128 atoms in group water
> 260 atoms in group methane
> Finding SHAKE clusters ...
> 0 = # of size 2 clusters
> 0 = # of size 3 clusters
> 0 = # of size 4 clusters
> 376 = # of frozen angles
> PPPM initialization ...
> G vector = 0.30131
> grid = 25 25 24
> stencil order = 5
> RMS precision = 7.38705e-06
> brick FFT buffer size/proc = 38148 15000 17340
> Setting up run ...
> Memory usage per processor = 14.4062 Mbytes
> Step Temp Press Volume TotEng
> 0 356.69634 -nan 26404.024 6.5705214e+53
> ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM
鏈接是data文件http://www.rayfile.com/files/3cd ... -8eca-0015c55db73d/
和in文件 http://www.rayfile.com/files/4ef ... -bc0d-0015c55db73d/

手冊上說是初始結(jié)構的問題導致了原子重疊。我做的是NPT模擬，請問有誰知道這個問題應該怎樣糾正��？謝謝了，各位！！

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1樓 2011-01-04 09:49:09

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gmchenwei

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★
阿三阿里寶寶(金幣+2): 謝謝參與

請問，您當時這個問題是怎么解決的，遇到相同的問題，萬分的糾結(jié)中。。。

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2樓2012-09-15 10:31:54

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jiaoyixiong

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★ ★ ★ ★ ★ ★
阿三阿里寶寶(金幣+2): 謝謝參與
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-09-17 09:21:16

This error occus because atoms are moving too far

解決辦法：調(diào)小時間步長，

先運行一個 energy minimization 命令

一般運行一段時間之后，如果溫度比較高，再出現(xiàn)這樣的報錯信息，就是because atoms are moving too far
但是在第一步就出現(xiàn)這樣“Out of range atoms - cannot compute PPPM”，那么就是模型建立的有問題，檢查模型建立的過程，或者重新建模！

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3樓2012-09-15 17:08:00

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匿名

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★
阿三阿里寶寶(金幣+2): 謝謝參與

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4樓2013-01-30 21:46:37

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qphll

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★
阿三阿里寶寶(金幣+2): 謝謝參與

很多時候，需要修改一下
neighbor ， neigh_modify

將delay數(shù)字減小

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5樓2013-02-08 13:04:59

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wup123

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阿三阿里寶寶(金幣+2): 謝謝參與
chaizhm: 金幣+2, 謝謝~ 2013-02-19 19:59:06

1是結(jié)構有問題
2 參數(shù)由于粗心寫錯了
3 timestep太大，做npt時，不要先用1.0，先用0.1跑個幾萬步，在調(diào)大就可。

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6樓2013-02-15 10:50:31

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nmgxulingchi

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阿三阿里寶寶(金幣+2): 謝謝參與

引用回帖:

6樓: Originally posted by wup123 at 2013-02-15 10:50:31
1是結(jié)構有問題
2 參數(shù)由于粗心寫錯了
3 timestep太大，做npt時，不要先用1.0，先用0.1跑個幾萬步，在調(diào)大就可。

你好，能具體說說2中的參數(shù)寫錯了指的是什么？怎么改啊？謝謝！

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8樓2013-11-07 17:06:03

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簡單回復

jane85567樓

2013-08-20 16:29 回復

阿三阿里寶寶(金幣+2): 謝謝參與

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