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【求助】LAMMPS運(yùn)行錯誤：Out of range atoms - cannot compute PPPM
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運(yùn)行LAMMPS出現(xiàn)以下內(nèi)容： LAMMPS (23 Aug 2010) > Scanning data file ... > 4 = max bonds/atom > 6 = max angles/atom > Reading data file ... > orthogonal box = (-3.3562 -3.181 -3.2099) to (26.4202 26.9708 26.1994) > 1 by 1 by 1 processor grid > 1388 atoms > 960 bonds > 688 angles > Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ... > 4 = max # of 1-2 neighbors > 3 = max # of 1-3 neighbors > 3 = max # of 1-4 neighbors > 4 = max # of special neighbors > 1388 atoms in group all > 1128 atoms in group water > 260 atoms in group methane > Finding SHAKE clusters ... > 0 = # of size 2 clusters > 0 = # of size 3 clusters > 0 = # of size 4 clusters > 376 = # of frozen angles > PPPM initialization ... > G vector = 0.30131 > grid = 25 25 24 > stencil order = 5 > RMS precision = 7.38705e-06 > brick FFT buffer size/proc = 38148 15000 17340 > Setting up run ... > Memory usage per processor = 14.4062 Mbytes > Step Temp Press Volume TotEng > 0 356.69634 -nan 26404.024 6.5705214e+53 > ERROR: Out of range atoms - cannot compute PPPM 鏈接是data文件http://www.rayfile.com/files/3cd ... -8eca-0015c55db73d/ 和in文件 http://www.rayfile.com/files/4ef ... -bc0d-0015c55db73d/ 手冊上說是初始結(jié)構(gòu)的問題導(dǎo)致了原子重疊。我做的是NPT模擬，請問有誰知道這個(gè)問題應(yīng)該怎樣糾正��？謝謝了，各位�。� |
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4樓2013-01-30 21:46:37
2樓2012-09-15 10:31:54
jiaoyixiong
榮譽(yù)版主 (職業(yè)作家)
- 模擬EPI: 6
- 應(yīng)助: 487 (碩士)
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- 蟲號: 1108016
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阿三阿里寶寶(金幣+2): 謝謝參與
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-09-17 09:21:16
阿三阿里寶寶(金幣+2): 謝謝參與
chaizhm: 金幣+5, 謝謝~ 2012-09-17 09:21:16
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This error occus because atoms are moving too far 解決辦法：調(diào)小時(shí)間步長， 先運(yùn)行一個(gè) energy minimization 命令 一般運(yùn)行一段時(shí)間之后，如果溫度比較高，再出現(xiàn)這樣的報(bào)錯信息，就是because atoms are moving too far 但是在第一步就出現(xiàn)這樣“Out of range atoms - cannot compute PPPM”，那么就是模型建立的有問題，檢查模型建立的過程，或者重新建模！ |
3樓2012-09-15 17:08:00
5樓2013-02-08 13:04:59
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