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[交流]
求助：根據(jù)已知配體如何設(shè)計(jì)小分子配體 已有3人參與
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本人正在做一個(gè)配體的類似物的設(shè)計(jì)與合成，已經(jīng)有報(bào)道蛋白質(zhì)和配體的三維結(jié)構(gòu)圖，我也已經(jīng)分析出兩者可能的作用位點(diǎn)。該蛋白的天然配體是一個(gè)三塘，合成比較困難，本人想根據(jù)天然配體與蛋白的結(jié)合位點(diǎn)和空間位置，設(shè)計(jì)配體的類似物，使其也能與蛋白結(jié)合，并且結(jié)構(gòu)相對(duì)簡(jiǎn)單，最終想找到一個(gè)小分子化合物，能夠有利于合成。 在這種情況下，我想到的是用計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)的方法，但由于以前沒有接觸過類似的工作，不知道應(yīng)該用什么軟件來進(jìn)行模擬？有沒有軟件能把我設(shè)計(jì)的化合物轉(zhuǎn)變成三維結(jié)構(gòu)，然后導(dǎo)入到PYMOL等軟件中，可以分析它可能與蛋白的結(jié)合情況？或者與天然配體進(jìn)行結(jié)構(gòu)對(duì)照？ 或者有沒有其它更好的方法？請(qǐng)大家多多指點(diǎn)，謝謝！ [ Last edited by bolix on 2011-1-13 at 21:53 ] |
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4樓2011-01-13 21:54:24
houxuben
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小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2011-01-14 15:19:50
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖交流
zh1987hs(金幣+3):謝謝 2011-01-14 15:19:50
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這個(gè)應(yīng)該算【求助】吧。。。 直接轉(zhuǎn)化2D到3D誰知道構(gòu)象是不是真的構(gòu)象，對(duì)接也沒有什么意義。 簡(jiǎn)單點(diǎn)可以用AUTODOCK做，用遺傳算法去搜你的最佳構(gòu)象，把步數(shù)設(shè)置的高一些，比如100 再精確點(diǎn)就可以跑一下動(dòng)力學(xué)，看看在溶液狀態(tài)下是怎么樣的。具體軟件在論壇里找找吧，學(xué)術(shù)的免費(fèi)，要是有sybyl、DS等更好 |
2樓2011-01-13 21:31:00
tjegg
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3樓2011-01-13 21:39:34
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