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[交流]
【求助/交流】RT-PCR ,內(nèi)參在哪個步驟添加以及marker何時使用及確定?謝謝
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大家好, 準備做RT-PCR,看了一些資料,但是有些問題還不明; 1. 內(nèi)參一定要用,但是要何時添加,在哪個步驟添加。 看到論壇上有說單獨p,也有說和目的基因一起p,不是很清楚。 得到c DNA后PCR,這個體系要加入上游引物和下游引物,是不是內(nèi)參就作為對照,直接P? 內(nèi)參本身是為了消除差異性,如果單獨p,是如何消除的呢?如果一起P,結(jié)果出現(xiàn)的條帶又是怎樣的呢? 2. marker 何時用,如何選擇? 提取出RNA后,要電泳鑒定其質(zhì)量,此時要用marker嘛? 最終的pcr產(chǎn)物,電泳也要用到marker是嘛?那內(nèi)參怎么用的? marker是否單獨一個孔跑還是要和目的產(chǎn)物混合來跑? marker是根據(jù)引物的產(chǎn)物長度來確定的還是目的基因的大小確定? 3. 別人文獻上有已知引物序列,想要使用它的序列,但是反應(yīng)條件沒有給出,自己要怎么確定條件呢? 就是在找公司做引物的時候,需要注意些什么呢?他合成出的引物會有什么信息不? 初學(xué),也沒有師兄師姐帶,要直接學(xué)習(xí),問的問題可能很幼稚,但希望高手能夠指點。 下面來說下我看到的PCR的過程: 先提取出RNA (注意不要降解),然后分裝,一部分用于電泳等檢測RNA質(zhì)量,其他4攝氏度保存,保存時間較短。 RT:按試劑盒操作。 得到的c DNA 4℃保存,保存較久。 PCR:設(shè)置反應(yīng)參數(shù)等。 這個過程有用到上游引物和下游引物,是不是內(nèi)參如參照一樣,單獨p? 最后就是pcr產(chǎn)物的電泳測定,用到上樣緩沖體系,怎樣確定用?*的上樣緩沖體系呢? 希望大家給小的一些指點 大恩大德 感激不盡 |
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2. marker 何時用,如何選擇? 提取出RNA后,要電泳鑒定其質(zhì)量,此時要用marker嘛? 最終的pcr產(chǎn)物,電泳也要用到marker是嘛?那內(nèi)參怎么用的? marker是否單獨一個孔跑還是要和目的產(chǎn)物混合來跑? 答:原則上講RNA檢測質(zhì)量需要用變性膠來跑才行,但大家都懶,就普通的瓊脂糖膠跑一下看看就好了,至于怎么用普通膠跑RNA檢測竅門說過很多次了,不說了。后面你又說PCR產(chǎn)物跑電泳的問題,既然用了內(nèi)參是做定量PCR為啥還跑電泳檢測啊,那這里我當你是跑普通PCR來回答問題吧,每一個PCR管跑完了之后當一個樣本,點在一個孔麗,通常講一張膠如果不是特別的多樣本的話就點一個Marker就好,用Marker已知大小的條帶來粗略判斷你的目標片段對不對。Marker的大小需要根據(jù)你目標序列的大小來購買不同的產(chǎn)品的,因為各個廠家賣的Marker大小不一樣,每種Marker還有很多個條帶 |
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內(nèi)參基因最好和目的基因一起擴,但并不是說放在一個管里面擴,而是分開。內(nèi)參基因一定要有。如果分開擴的話,就要在兩次不同的PCR里加量化因子,消除由不同pcr反應(yīng)引起的誤差!定的引物會有信息的,特別是退火溫度,但是自己最好跑一次常規(guī)的pcr來確定。另外看了你下面的rna的問題,RNA提出出來后應(yīng)該立刻保存在-80度,而不是4度,以及cDNA也應(yīng)該是在-20度! 祝好運 |
| 量化因子,你就用你的一個cdna樣品就可以的,但是必須要包含你所有的基因(內(nèi)參和目的基因),相當于對照,每個pcr盤里面都需要,從而計算出盤與盤之間的誤差并消除他。你看看這篇文章吧,說的很清楚的:qBase relative quantification framework and software for management and automated analysis of real-time quantitative PCR data. Genome biology,2007! |
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