 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 13 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3568 | 回復(fù): 12 | |||||
| 【獎(jiǎng)勵(lì)】 本帖被評(píng)價(jià)12次，作者gene122增加金幣 8.4 個(gè) | |||||
[資源]
【分享】SNP命名[已搜索，無重復(fù)]
|
|||||
|
SNP介紹: SNP (Single Nucleotide Polymorphism 單核苷酸多態(tài))具有分布密度高、基因分型方法具有進(jìn)行大規(guī)模處理的潛力等特點(diǎn)，而成為繼微衛(wèi)星標(biāo)記后引人注目的一類遺傳多態(tài)標(biāo)記。1980年 Botstein 等就已采用RFLP (限制性酶切片段長度多態(tài))構(gòu)建DNA的物理圖譜。自從1995年以來在基因組測(cè)序的過程中，SNP被研究者重新認(rèn)識(shí)，其應(yīng)用越來越廣泛，從復(fù)雜遺傳病和腫瘤易感基因的定位，到群體和進(jìn)化遺傳學(xué)研究，SNP已成為一種重要的研究工具。NCBI的dbSNP數(shù)據(jù)庫是啟動(dòng)最早，收集數(shù)據(jù)最多的公共數(shù)據(jù)庫，盡管它無論在用戶界面設(shè)計(jì)，還是在數(shù)據(jù)內(nèi)容方面都存在相當(dāng)多的局限和問題，但它仍然是在學(xué)術(shù)界最有影響的SNP數(shù)據(jù)資源之一。該數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)一般都有兩個(gè)身份標(biāo)識(shí)(ID)：ss編號(hào)和rs編號(hào)，前者是為所有研究者提交的SNP都生成的編號(hào)，稱為NCBI分析編號(hào)(NCBI Assay ID)，而后者是在對(duì)所有已有數(shù)據(jù)比較后，為獨(dú)特SNP生成的編號(hào)，稱為參考SNP編號(hào)(reference SNP ID)。理論上一個(gè)rs SNP可能對(duì)應(yīng)多個(gè)不同的ss SNP, rsSNP應(yīng)是唯一的。但事實(shí)上不同rs編號(hào)的SNP也不一定代表不同的SNP，這是NCBI目前的數(shù)據(jù)處理流程存在的問題之一。NCBI，UCSC和Sanger中心的基因組標(biāo)釋都對(duì)rs編號(hào)的SNP進(jìn)行了基因組定位，因?yàn)镾NP數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)采集不如GenBank那樣標(biāo)準(zhǔn)嚴(yán)格，也沒有提供相應(yīng)的軟件幫助研究者制作標(biāo)準(zhǔn)的提交數(shù)據(jù)，因此也常有數(shù)據(jù)不完整，可靠性有局限等問題。所幸有其它一些數(shù)據(jù)庫提供了更為全面的相關(guān)信息，如TSC (The SNP Consortium: http://snp.cshl.org/)提供的SNP等位基因頻率數(shù)據(jù)，UCSC中可以獲得定位SNP的旁側(cè)序列。關(guān)于snp位點(diǎn)的命名其實(shí)并不統(tǒng)一，大家在文獻(xiàn)中一般用的都是習(xí)慣或者說慣用名稱。具體表現(xiàn)在以下幾種形式： 一、突變信息之間加上位置信息： 主要有三種方式：比如說突變信息之間加上cDNA的位置，如C188T；突變信息之間加上DNA的位置，如A2546G；突變氨基酸信息之間加上氨基酸位置，如Glu145Lys。 二、按發(fā)現(xiàn)順序或頻率順序擬定的慣用名稱 也有幾種形式，如CYP2D6*10,CYP2C9*3等。還有一些前面加個(gè)m，表示突變，如cyp2c19m2等，還有一些也可以在文獻(xiàn)中見到，如CYP2E1的c1>c2的突變等等�？傊问绞嵌鄻拥�，有時(shí)確實(shí)讓人感到頭暈。你可以到下面的網(wǎng)址看看，也許有啟發(fā)，這是CYP系列SNP的一個(gè)命名網(wǎng)站。http://www.cypalleles.ki.se/ 三、NCBI的rs號(hào) ncbi里對(duì)所有提交的snp進(jìn)行分類考證之后，都會(huì)給出一個(gè)rs號(hào)，也可稱作參考snp，并給出snp的具體信息，包括前后序列，位置信息，分布頻率等，應(yīng)該說用這個(gè)rs號(hào)是比較容易確定搞明白的。 四、需要注意的地方 首先，由于基因信息的不斷完善和補(bǔ)充，很多原來的snp位置信息都在發(fā)生變化，向C188T這樣的snp位置信息，你只需把它當(dāng)成一個(gè)名字而已，千萬不要真對(duì)著188這個(gè)位置去找snp。查到位置疑議，也不必驚慌，很可能就是基因信息的更迭造成的。 再次、ncbi的同一個(gè)snp可能擁有2個(gè)rs號(hào)，這也沒什么，關(guān)鍵是你要找對(duì)了。 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 分子生化實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn)積累 | 閱讀文獻(xiàn) | 分子生物學(xué)基礎(chǔ) |
» 猜你喜歡
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：實(shí)驗(yàn)器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)中的趣事：和實(shí)驗(yàn)材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
化學(xué)工程及工業(yè)化學(xué)論文潤色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有77人回復(fù)
-
蛋白質(zhì)檢測(cè)：精準(zhǔn)分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之小鼠實(shí)驗(yàn)：嚴(yán)謹(jǐn)設(shè)計(jì)，解析生命機(jī)制的重要載體
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之重金屬檢測(cè)：精準(zhǔn)篩查，守護(hù)健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“蛙測(cè)重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
不合理蛙科研實(shí)驗(yàn)之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標(biāo)南京
已經(jīng)有0人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 如何確定基因位點(diǎn)
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 求基因位點(diǎn)定點(diǎn)突變的方法
已經(jīng)有11人回復(fù)
- sanger測(cè)序原理和PCR關(guān)系
已經(jīng)有3人回復(fù)
- 反向PCR為什么需要兩套引物呀
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 關(guān)于SNP測(cè)定中位點(diǎn)的概念，新手問題
已經(jīng)有3人回復(fù)
- WB條帶周圍黑黑的一團(tuán)�。。。�！
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 基因位點(diǎn)是如何命名的？
已經(jīng)有6人回復(fù)
- ncbi nucleotide 打不開了···
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 菜鳥求助——著急求助解答：在NCBI上為什么下載不了FASTA格式的基因序列
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 求助snp？DRD1(-800 T/C)，是指哪個(gè)snp？在ncbi中的rs號(hào)是？
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 怎樣解釋SNP？
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于SNP位點(diǎn)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【討論】目前國內(nèi)調(diào)酒師行業(yè)如何?
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【問題反饋】怎么用quantity one軟件處理DGGE圖譜香農(nóng)指數(shù)和均勻度
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【分享】phylip軟件進(jìn)化樹構(gòu)建使用說明
已經(jīng)有19人回復(fù)
- 生物信息學(xué)專題－生物版，醫(yī)學(xué)版和信息科學(xué)版共同創(chuàng)建
已經(jīng)有87人回復(fù)
2樓2011-03-23 22:40:19
3樓2011-03-25 11:01:48
4樓2011-06-20 12:19:20
6樓2012-03-27 21:52:28
7樓2012-03-30 16:02:06
9樓2012-12-14 15:10:46
10樓2013-01-06 11:10:51
11樓2014-02-16 22:27:51
看了還是不太懂 怎么確定基因 怎么確定SNP位點(diǎn)都是問題 不知道怎么起步 一頭霧水12樓2014-05-03 21:39:11
13樓2017-07-11 11:55:20
簡單回復(fù)
2012-03-22 17:25
回復(fù)
三星好評(píng) 感謝分享~！
貧一個(gè)8樓
2012-08-05 15:45
回復(fù)
三星好評(píng) 謝謝分享
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 gene122 的主題更新
| 13 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章 +14 | rare12345 2026-03-18 | 14/700 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研]
 271材料工程求調(diào)劑
+6
|
.6lL 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085601材料工程專碩求調(diào)劑 +10 | 慕寒mio 2026-03-16 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 材料080500調(diào)劑求收留 +4 | 一顆meteor 2026-03-13 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +6 | 司空. 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩調(diào)劑 +5 | 204818@lcx 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085700資源與環(huán)境308求調(diào)劑 +3 | 墨墨漠 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 344求調(diào)劑 +6 | knight344 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +9 | yy要上岸呀 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +4 | 小賈同學(xué)123 2026-03-15 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑 +3 | 聽風(fēng)就是雨； 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 藥學(xué)383 求調(diào)劑 +3 | 藥學(xué)chy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | 文思客 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 326求調(diào)劑 +4 | 諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)覬?/a> 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 26考研一志愿中國石油大學(xué)(華東)305分求調(diào)劑 +3 | 嘉年新程 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +3 | 5201314Lsy！ 2026-03-13 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0856材料與化工301求調(diào)劑 +5 | 奕束光 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 26調(diào)劑/材料科學(xué)與工程/總分295/求收留 +9 | 2026調(diào)劑俠 2026-03-12 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 070303一志愿西北大學(xué)學(xué)碩310找調(diào)劑 +3 | d如愿上岸 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | 152697 2026-03-12 | 4/200 |
|