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memgr

銅蟲 (正式寫手)

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[交流] 【討論】怎么建立聚合物鏈

我是用gromacs做聚合物的，單鏈pdb是從ms導(dǎo)入prodrg生成的，但是用prodrg的聚合物的聚合度只能小于40，但是我還想做更長的聚合物鏈，這樣應(yīng)該怎么辦呢，大家有什么好的辦法嗎，謝謝

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1樓 2011-04-12 17:01:28

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ruthxu

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★
ghcacj(金幣+1): 謝謝 2011-04-13 15:52:57

是genconf 我記錯了

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7樓2011-04-13 10:02:58

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★ ★
御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-04-13 09:16:39
memgr(金幣+19): 2011-04-13 09:26:28

丫頭，有一個(gè)單鏈的pdb文件，你可以用genbox或者packmol將原子個(gè)數(shù)堆到你需要的數(shù)目（如果計(jì)算好了數(shù)目，多的不多就手動去掉），然后將殘基號，原子名，原子序號做一下處理就行了，當(dāng)然這樣的初始態(tài)很隨機(jī)，可以通過逐步升溫的方法跑平。

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3樓2011-04-12 22:11:49

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memgr

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引用回帖:

Originally posted by ruthxu at 2011-04-12 22:11:49:
丫頭，有一個(gè)單鏈的pdb文件，你可以用genbox或者packmol將原子個(gè)數(shù)堆到你需要的數(shù)目（如果計(jì)算好了數(shù)目，多的不多就手動去掉），然后將殘基號，原子名，原子序號做一下處理就行了，當(dāng)然這樣的初始態(tài)很隨機(jī)，可以通 ...

謝謝用genbox？我以為用genconf呢，我用genconf建立后的鏈都連著，怎么用你說的逐步升溫的辦法跑平衡呢，在md.mdp中怎么設(shè)置呢？謝謝師姐。

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4樓2011-04-13 08:59:23

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御劍江湖(金幣+2): 謝謝 2011-04-13 09:16:49

也行的，在mdp文件中有
; SIMULATED ANNEALING
; Type of annealing for each temperature group (no/single/periodic)
annealing             = single single
; Number of time points to use for specifying annealing in each group
annealing_npoints       = 6 6
; List of times at the annealing points for each group
annealing_time          = 0 2000 4000 6000 8000 10000 0 2000 4000 6000 8000 10000
; Temp. at each annealing point, for each group.
annealing_temp          = 273 300 350 400 450 500 273 300 350 400 450 500

看一下手冊，上面有例子

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5樓2011-04-13 09:03:45

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