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cenwanglai榮譽(yù)版主 (知名作家)
老和山猥瑣派九段
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[交流]
【任務(wù)征集】VASP跑分子動(dòng)力學(xué)數(shù)據(jù)處理方法 已有16人參與
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VASP可以做： 結(jié)構(gòu)馳豫、總能計(jì)算，電子結(jié)構(gòu)（ 態(tài)密度和能帶結(jié)構(gòu)），電荷密度，bader布局分析，模量和應(yīng)變，磁性，聲子譜等的計(jì)算。 這些方面的數(shù)據(jù)分析讀初學(xué)者來說，估計(jì)有一定難度，希望可以通過舉辦系列【任務(wù)征集】活動(dòng),以一個(gè)簡單的算例來說明演示計(jì)算過程和結(jié)果分析。 這些內(nèi)容可以是自己完成的計(jì)算，也可以是收集整理已有的例子。 作為開始，希望征集VASP跑分析動(dòng)力學(xué)的數(shù)據(jù)處理方法。比如均方位移（mean-square displacement, MSD）,若干局部能量極小點(diǎn)篩選（這一點(diǎn)對(duì)于固體表面小分子的化學(xué)吸附點(diǎn)位初始猜測很重要）。 可以提供線索，思路，原理，或者程序代碼，一個(gè)或者多個(gè)方面都?xì)g迎。 希望廣大蟲子積極分享，集結(jié)整理后作為精華資源通過木蟲出版rcs發(fā)布。獎(jiǎng)勵(lì)方法另行發(fā)布，受獎(jiǎng)蟲子可以參與協(xié)商。 小木蟲對(duì)于原創(chuàng)和分享的獎(jiǎng)勵(lì)，一貫是慷慨的。 [ Last edited by cenwanglai on 2011-4-13 at 14:07 ] |
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vasp分子動(dòng)力學(xué)的原子軌跡（動(dòng)畫）可以用VMD來看，而且VMD里面也可以用相應(yīng)的命令提取原子坐標(biāo)、鍵長變化等等信息。 VMD： File->New Molecule->打開OUTCAR/POSCAR/CHGCAR/XDATACAR/PARCHG文件，選擇對(duì)應(yīng)的文件格式，點(diǎn)擊Load就搞定了。 其他數(shù)據(jù)在對(duì)應(yīng)的文件里用腳本命令提取出來就行了。 |
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blueybz13樓2012-03-07 17:13:08
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cenwanglai(金幣+4): 謝謝分享~ 2011-12-18 17:10:43
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mean-square displacement, MSD： 有幾個(gè)現(xiàn)成的軟件： ring code http://rings-code.sourceforge.ne ... id=23&Itemid=34 |
9樓2011-12-18 17:06:09
lastfreedom
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