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pinwei2014銅蟲 (初入文壇)
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[交流]
Vasp相比經(jīng)典分子動力學的優(yōu)缺點 已有4人參與
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| 剛接觸分子動力學，一直有個疑惑，既然Vasp是基于量子力學的分子動力學模擬，那它是不是完勝了經(jīng)典的分子動力學？ |
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經(jīng)典動力學根本不涉及電子，只是分子骨架的運動。原子間的作用分為兩種，鍵力和非鍵力。前者根據(jù)胡克定律（目前可能不少力場也考慮非簡諧項，比如x^3項）定義，把分子拆分成鍵長振動、鍵角振動、二面角變化導致的能量變化，不同力場中的不同類型的鍵、不同原子間的鍵他們的勁度系數(shù)都不同，通過一組經(jīng)驗化的值來描述；后者則是擬合LJ曲線，來描述vdW和靜電力。所以絕大多數(shù)情況不適合描述成鍵、斷鍵的過程（反應力場除外），嚴重牽涉到電子效應的時候肯定解決不了問題。 從頭算動力學就要分為CP、BO以及其他的動力學，BOMD和上述經(jīng)典力學大致操作差不多，但是在計算分子的能量時（此時分子內(nèi)、分子間的作用都是計算的），每一步產(chǎn)生的構(gòu)型不是通過力場，而是嚴格的求解K-S方程，每一步都類似計算單點能那樣需要進行scf。計算量可想而知，這樣成鍵、斷鍵就可以描述。但是由于DFT的一些特性，弱作用處理起來不是那么好，好的方法代價又太大，對于那些弱作用主導的大體系（蛋白、胰島素），經(jīng)典動力學還是很有必要的。 所以，除了計算每個構(gòu)形的能量處理可能不一樣，對于原子核的處理沒什么太大不同，所以那些MSD等性質(zhì)仍然可以計算，然而一些和電子尺度相關(guān)的性質(zhì)，經(jīng)典動力學就無能為力了。BOMD建議先做單點能測試看看每個構(gòu)形計算的時間大概多少，MD準備做多少個step（還需檢驗平衡），大致乘一下就可以估計計算時間及可行性了。 一點個人觀點，望其他老前輩批評指正了。。。 |
7樓2014-04-03 09:36:29
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