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1樓 2011-04-13 18:26:27

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youzhizhe

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2樓2011-04-13 18:28:16

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guohuazhong

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

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看看這里，
一）如果你堅(jiān)持要用intel ifort 11來進(jìn)行編譯。可以采取如下方式（siesta網(wǎng)站主頁上的方法，見http://www.icmab.es/siesta/）
在生成的arch.make文件中新加入
DUMMY_FOX= --enable-dummy
FFLAGS_DEBUG= -g -O2
而后在Obj文件夾中的makefile文件修改第148-153行，將這幾行寫成如下形式
$(FoX_configured):
(cd FoX; touch arch.make ; \
      CONFIGURE="$(VPATH)/FoX/configure"; \
      $$CONFIGURE VPATH="$(VPATH)/FoX" \
      FC="$(FC_SERIAL)" FCFLAGS="$(FFLAGS_DEBUG)" \
      --enable-wcml $(DUMMY_FOX) || false )
注意(cd FoX; touch arch.make ; \這一行前是一個(gè)Tab空格，而不是一個(gè)space空格
將這兩個(gè)地方修改好后，
make clen
make
之后生成的siesta可執(zhí)行文件并行計(jì)算不會(huì)出現(xiàn)問題。但要注意的是，arch.make文件中的優(yōu)化級(jí)別是FFLAGS=-g -O2或FFLAGS=-g -O1或FFLAGS=-g -O0，不能是FFLAGS=-g -O3，我試了一下FFLAGS=-g -O3，發(fā)現(xiàn)計(jì)算過程中出現(xiàn)下面的錯(cuò)誤
SPLIT: Orbitals with angular momentum L= 0

SPLIT: Basis orbitals for state 4s

izeta = 1
               lambda = 1.000000
                  rc = 6.000769
               energy = -0.359899
            kinetic = 0.368794
potential(screened) = -0.728693
   potential(ionic) = -6.200046
WARNING: Minimum split_norm parameter:  0.52689. Will not be able to generate orbital with split_norm =  0.15000
See manual for new split options
ERROR STOP from Node: 0
當(dāng)改用FFLAGS=-g -O2和FFLAGS=-g -O0或FFLAGS=-g -O1之后則沒用出現(xiàn)類似的錯(cuò)誤提示，具體原因我就沒去深究了。當(dāng)然不同的優(yōu)化級(jí)別在計(jì)算時(shí)間上會(huì)有一些差異。
比如用FFLAGS=-g -O2時(shí)，運(yùn)行時(shí)間如下（用的Fe.fdf例子）
* Running on 8 nodes in parallel
>> Start of run: 6-DEC-2010  17:19:33
>> End of run: 6-DEC-2010  17:27:54
當(dāng)改用FFLAGS=-g -O0時(shí)，運(yùn)行時(shí)間如下（用的Fe.fdf例子）
* Running on 8 nodes in parallel
>> Start of run: 6-DEC-2010  16:48:25
>> End of run: 6-DEC-2010  16:58:58

（二）如果你不使用ifort11編譯器，而是使用ifort10或以下的版本，建議配合使用openmpi來進(jìn)行并行計(jì)算。
1）安裝openmpi，詳細(xì)步驟不說了，只是在configure的時(shí)候我使用的是如下的命令：
./configure --prefix=要安裝的目錄 F77=ifort FC=ifort FCFLAGS=-em64t FFLAGS=-em64t
FCFLAGS和FFLAGS是告訴編譯器用的是64位的編譯器，如果機(jī)器不是64位的就不用了。
make
make install
安裝完成后還得添加環(huán)境變量，至于怎么添加，網(wǎng)上很多，搜索一下就知道了。
2）編譯siesta
步驟就寫了，大家都知道。下面是我的arch.make文件
#
# This file is part of the SIESTA package.
#
# Copyright (c) Fundacion General Universidad Autonoma de Madrid:
# E.Artacho, J.Gale, A.Garcia, J.Junquera, P.Ordejon, D.Sanchez-Portal
# and J.M.Soler, 1996- .
#
# Use of this software constitutes agreement with the full conditions
# given in the SIESTA license, as signed by all legitimate users.
#
.SUFFIXES:
.SUFFIXES: .f .F .o .a .f90 .F90

SIESTA_ARCH=x86_64-unknown-linux-gnu--unknown

FPP=
FPP_OUTPUT=
FC=mpif90
RANLIB=ranlib

SYS=nag

SP_KIND=4
DP_KIND=8
KINDS=$(SP_KIND) $(DP_KIND)

FFLAGS=-g -O2  #-i-static
FPPFLAGS= -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DMPI
LDFLAGS=
FFLAGS_DEBUG= -g -O2 # whatever options you might need,guohuazhong
DUMMY_FOX= --enable-dummy # whatever options you might need,guohuazhong

ARFLAGS_EXTRA=

FCFLAGS_fixed_f=
FCFLAGS_free_f90=
FPPFLAGS_fixed_F=
FPPFLAGS_free_F90=

BLAS_LIBS=-L/public/software/intel/Compiler/11.1/059/mkl/lib/em64t -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_lapack -lmkl_core -lguide -pthread
LAPACK_LIBS=-L/public/software/intel/Compiler/11.1/059/mkl/lib/em64t -lmkl_sequential -lmkl_core -pthread
BLACS_LIBS=-L/public/software/intel/Compiler/11.1/059/mkl/lib/em64t -lmkl_blacs_openmpi_lp64 -pthread
SCALAPACK_LIBS=-L/public/software/intel/Compiler/11.1/059/mkl/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64 -pthread

COMP_LIBS=
COMP_LIBS=dc_lapack.a liblapack.a libblas.a ######guohuazhong screened

NETCDF_LIBS=
NETCDF_INTERFACE=

LIBS=$(SCALAPACK_LIBS) $(BLACS_LIBS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(NETCDF_LIBS)

#SIESTA needs an F90 interface to MPI
#This will give you SIESTA's own implementation
#If your compiler vendor offers an alternative, you may change
#to it here.
MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a
MPI_INCLUDE=/public/software/mpi/openmpi1.4.2-intel/include

#Dependency rules are created by autoconf according to whether
#discrete preprocessing is necessary or not.
.F.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_fixed_F)  $<
.F90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FPPFLAGS) $(FPPFLAGS_free_F90) $<
.f.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_fixed_f)  $<
.f90.o:
$(FC) -c $(FFLAGS) $(INCFLAGS) $(FCFLAGS_free_f90)  $<

編譯成功，祝好運(yùn)！

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3樓2011-04-14 18:48:40

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