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mjjwhs

新蟲 (小有名氣)

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[求助] Gaussian09 能做把單獨(dú)一個分子放在盒子中的PBC計算嗎

請教大家一個問題，就是使用Gaussian能不能這樣的計算呢，把一個分子放在一個立方盒子里，使用周期性邊界來計算其能量？為了消除分子分子間的作用力，我把盒子取得足夠大。通常，我們做的計算都是在真空或溶液中優(yōu)化或計算單點的。

如果可以的話，怎么構(gòu)建計算文件呢？我看Gview中只給出了真正晶體的構(gòu)建文件過程，而沒有我上面所說的。

謝謝！

回復(fù)此樓

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1樓 2011-05-14 12:43:07

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

liyuanhe211

銅蟲 (小有名氣)

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【答案】應(yīng)助回帖

mjjwhs(金幣+2): 謝謝 2011-05-18 11:43:41
mjjwhs(金幣+1): ** 2011-05-23 21:07:53

你可以設(shè)置4個虛原子（View元素周期表最上邊那個Bq），分別相當(dāng)于晶體的(0,0,0)(1,0,0)(0,1,0)(0,0,1),其邊長和晶胞參數(shù)你可任意改變，然后把你的分子放在中間，按照View的說明設(shè)置PBC，把(0,0,0)(1,0,0)(0,1,0)(0,0,1)放置在虛原子上就可以了，覺得虛原子礙眼也可以做完了刪掉。
不過~~僅從我這個量化新手的理解上，這么做是沒有意義的，因為你只畫一個分子的時候Gaussian就是按照理想氣體模型來考慮的，本來就沒有考慮分子間作用力（不信你可以算一算HF和(HF)2比較一下）Gaussian沒有那么聰明

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回復(fù)此樓

2樓2011-05-17 14:26:54