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mjjwhs新蟲 (小有名氣)
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[求助]
Gaussian09 能做 把單獨一個分子放在盒子中的PBC計算嗎
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請教大家一個問題,就是使用Gaussian能不能這樣的計算呢,把一個分子放在一個立方盒子里,使用周期性邊界來計算其能量?為了消除分子分子間的作用力,我把盒子取得足夠大。通常,我們做的計算都是在真空或溶液中優(yōu)化或計算單點的。 如果可以的話,怎么構(gòu)建計算文件呢?我看Gview中只給出了真正晶體的構(gòu)建文件過程,而沒有我上面所說的。 謝謝! |
銅蟲 (小有名氣)
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你可以設(shè)置4個虛原子(View元素周期表最上邊那個Bq),分別相當(dāng)于晶體的(0,0,0)(1,0,0)(0,1,0)(0,0,1),其邊長和晶胞參數(shù)你可任意改變,然后把你的分子放在中間,按照View的說明設(shè)置PBC,把(0,0,0)(1,0,0)(0,1,0)(0,0,1)放置在虛原子上就可以了,覺得虛原子礙眼也可以做完了刪掉。 不過~~僅從我這個量化新手的理解上,這么做是沒有意義的,因為你只畫一個分子的時候Gaussian就是按照理想氣體模型來考慮的,本來就沒有考慮分子間作用力(不信你可以算一算HF和(HF)2比較一下)Gaussian沒有那么聰明 |
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