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Gromacs做steep之后做cg出錯(cuò)
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我在做最陡下降法優(yōu)化mdrun之后想進(jìn)行一次共軛梯度優(yōu)化，出現(xiàn)了下面錯(cuò)誤： ERROR: can not do Conjugate Gradients with constraints (14556) 而我的em_cg.mdp中寫了constrains = none，請問高手們這個(gè)錯(cuò)誤時(shí)怎么回事呀？ ps：我的輸入命令如下： grompp -f em.mdp -c 1omb_b4em.gro -p 1omb.top -o 1omb_em.tpr nohup mdrun -s 1omb_em.tpr -o 1omb_em.trr -c 1omb_b4pr.gro -g em.log -e em.edr & grompp -f em_cg.mdp -c 1omb_b4em.gro -p 1omb.top -o 1omb_em.tpr nohup mdrun -s 1omb_em.tpr -o 1omb_em.trr -c 1omb_b4pr.gro -g em.log -e em.edr & 我的em.mdp em_cg.mdp分別如下： em.mdp: title = fws cpp = /usr/bin/cpp define = -DFLEXIBLE constraints = none integrator = steep dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 500 nstlist = 10 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes emtol = 1000.0 emstep = 0.01 em_cg.mdp: title = fws cpp = /usr/bin/cpp define = -DFLEXIBLE constraints = none integrator = cg dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 3000 nstlist = 10 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes emtol = 1000.0 emstep = 0.01 |
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5樓2011-05-21 11:48:42
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4樓2011-05-18 19:21:39
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