 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 3526 | 回復: 10 | ||||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||||
[交流]
模擬鍵的斷裂是不是不需要做過渡態(tài)的計算？
|
||||
|
本人在算單鍵斷裂形成兩個自由基的反應能壘的計算，本來是想像算化學反應一樣算過渡態(tài)與原料的能量差來得到，但是看到有人這樣說： “對于沒有過渡態(tài)的反應，一是從化學背景上可以判斷是沒有過渡態(tài)的，二是計算中確實找不到，若滿足這兩個條件，則可以肯定其是沒有過渡態(tài)了。這時就不用作 IRC 了！用 SCAN 直接對斷裂的鍵（比如穩(wěn)定分子分解為兩個自由基的反應）進行掃描�！蹦窃阪I斷裂的過程中是不是壓根就沒有過渡態(tài)的存在？而我在實際計算中用TS計算（把鍵拉長20%）是可以得到一個虛頻的過渡態(tài)，還請大家給指條路。 [ Last edited by invincibly on 2011-5-18 at 16:40 ] |
回復此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 Gaussian |
» 猜你喜歡
研究發(fā)現(xiàn)一個新的臨界系數(shù)，獨立于臨界壓縮因子
已經(jīng)有7人回復
-
200年來人們一直無法破解的難題： 氣液臨界點狀態(tài)方程
已經(jīng)有7人回復
-
物理化學論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有160人回復
-
細胞培養(yǎng)，這22個細節(jié)一定要注意！（一）
已經(jīng)有0人回復
-
關于引力延遲下雙星系統(tǒng)角動量不守恒的疑惑---求高手解答！
已經(jīng)有10人回復
-
CSC訪學博后項目獲批，外方學校暫停合作該怎么辦？
已經(jīng)有51人回復
-
分子動力學模擬合作需求
已經(jīng)有2人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 高斯過渡態(tài)的尋找
已經(jīng)有4人回復
- 有關鍵能計算的幾個問題
已經(jīng)有9人回復
- 求助——如何用Chem3D/ChemBio3D計算過渡態(tài)的能量？
已經(jīng)有15人回復
- 關于自由基反應過渡態(tài)問題。
已經(jīng)有7人回復
- Dmol3 鍵沒有斷裂
已經(jīng)有15人回復
- 化學反應中的形成能（formation energy）應該怎樣計算
已經(jīng)有6人回復
- 計算反應路徑應該猜測出過渡態(tài)然后用IRC么
已經(jīng)有8人回復
- 怎么得到反應物的能量
已經(jīng)有8人回復
- 求一個過渡態(tài)算例
已經(jīng)有9人回復
- 過渡態(tài)、預解離態(tài)與化學鍵斷裂順序如何？
已經(jīng)有4人回復
- 高斯計算過渡態(tài)時的能壘總是負值
已經(jīng)有13人回復
- 兩個反應物 生成兩個產(chǎn)物 如何進行過渡態(tài)搜索
已經(jīng)有10人回復
- 拉伸斷裂 化學鍵
已經(jīng)有11人回復
- 關于過渡態(tài)與過渡結(jié)構(gòu)
已經(jīng)有3人回復
- 【求助】自由基的能量計算
已經(jīng)有13人回復
- 【討論】關于Gaussian ]計算反應能壘
已經(jīng)有13人回復
- 【求助】請教CASTEP過渡態(tài)搜索和頻率計算如何弄？
已經(jīng)有3人回復
- 【求助】化學反應的能壘問題
已經(jīng)有6人回復
- 【求助】irc曲線問題
已經(jīng)有3人回復
- 【求助】為什么用IRC分析到不了產(chǎn)物？
已經(jīng)有11人回復
- 【討論】NEB尋找過渡態(tài)專題討論
已經(jīng)有49人回復
» 搶金幣啦！回帖就可以得到:
-
人生已過半程，不惑之年漸近，回望來時路，滿心皆是感恩。
+5/1790
-
溫柔善良，01年重慶人女孩，找個男友。。。。。。
+2/446
-
中國科學院杭州醫(yī)學研究-常皓研究員課題組博士后招聘
+1/281
-
福建師范大學葉應祥課題組招收2026級博士研究生
+2/160
-
河南大學-天然藥物創(chuàng)新與轉(zhuǎn)化重點實驗室有機化學/藥物化學博士招生
+5/80
-
中國藥科大學211-課題組招收2026博士/碩士-有機化學
+1/49
-
0854電子信息調(diào)劑，閩南師大光電芯片研發(fā)實驗室，柯少穎教授課題組，集成電路
+1/35
-
招聘科研助理——儲能方向（儲能、流體傳熱、CFD模擬）
+1/17
-
招收專業(yè)代碼08的學碩！
+1/15
-
【深圳理工大學】院士工作站招聘博士后-電催化和有機電化學
+1/15
-
【2026博士招生/博后招聘】北京航空航天大學潘彪課題組——AI芯片設計方向
+1/11
-
湖北大學材料學招26級碩士研究生若干名
+1/9
-
調(diào)劑 22408 340分
+1/7
-
香港大學David Srolovitz教授課題組招聘「香江學者」博士后
+1/6
-
新加坡國立大學藥學系化學生物學課題組招PhD
+1/6
-
26年申博自薦-計算機視覺
+1/5
-
北京高校副校長團隊招收機械類，環(huán)境類學碩和專碩
+1/4
-
西安交通大學生命學院智能化診療裝備研究中心2026年博士生招生
+1/1
-
【2026年春季補錄】廈門大學田中群院士/易駿教授納米光子學團隊招收2026年入學博士生
+1/1
-
“機械、材料”招生
+1/1
★
invincibly(金幣+1):謝謝參與
invincibly(金幣+1):謝謝參與
|
到底在找TS前，要不要分別優(yōu)化反應物和產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)呢？ 壇子里的GaussianFAQ實踐版（V27.01）中(http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=1566146&fpage=0&view=&highlight=&page=1)，強調(diào)必須優(yōu)化(該匯總精華貼中第二章第19小節(jié))。 另外，樓主使用的方法(把類似產(chǎn)物的結(jié)構(gòu)要斷裂的那個鍵手工拉長)是不是拉的還不夠長，才導致優(yōu)化后又還原而不是預期的得到兩個獨立的自由基呢？ |
8樓2011-07-02 20:02:24
★ ★
invincibly(金幣+1):謝謝參與
gmy1990(金幣+1): 非常感謝你對論壇的貢獻，獎勵一下！ 2011-05-18 21:38:47
invincibly(金幣+15): 謝謝你的回復，這對我的幫助很大，我覺得也應該做一下IRC。我也是才做過渡態(tài)，很多事情不清楚，希望有經(jīng)驗的蟲子們能解答你的疑惑。總之非常感謝你！ 2011-05-18 22:03:05
invincibly(金幣+1):謝謝參與
gmy1990(金幣+1): 非常感謝你對論壇的貢獻，獎勵一下！ 2011-05-18 21:38:47
invincibly(金幣+15): 謝謝你的回復，這對我的幫助很大，我覺得也應該做一下IRC。我也是才做過渡態(tài)，很多事情不清楚，希望有經(jīng)驗的蟲子們能解答你的疑惑。總之非常感謝你！ 2011-05-18 22:03:05
|
個人認為這個過程簡單來看無非是3種情況。 第一，無過渡態(tài)且體系的能量在鍵的斷裂過程中是不斷下降的。一般要這個鍵非常不穩(wěn)定才可能出現(xiàn)這種情況。不過我猜樓主想模擬的鍵應該不是這種情況。 第二，無過渡態(tài)且體系能量在鍵的斷裂過程中是不斷上升的，直到生成的兩個自由基被分離到無窮遠。一般這就是鍵能ＢＤＥ的計算，用斷裂之后形成的兩個獨立的自由基分子碎片的能量減去反應物的能量。 第三，有過渡態(tài)存在，體系能量隨著鍵的斷裂先升后降低。樓主既然找到了一個過渡態(tài)，那么可以看看虛頻的震動模式是否正確，如果正確可以做個IRC分析看看是否此過渡態(tài)真的連接你的反應物和產(chǎn)物。 在做iRC分析的時候我有點疑惑，對于IRC分析所找到的過渡態(tài)之后的類產(chǎn)物分子可能需要指定自旋多重度為3才對。至于勢能面掃描為什么沒有過渡態(tài)我就不太清楚了，是否勢能曲線屬于直升或直降，沒有一點幅度？還是說掃描的間距太寬，漏過了過渡態(tài)？ 我屬菜鳥，如果有錯誤歡迎高手指明，以免誤人子弟 |
3樓2011-05-18 20:26:53
4樓2011-05-23 09:58:38
|
樓主要找的是一個鍵斷裂的過渡態(tài)，一般虛頻不會這么小。但是要看振動的方向是否正確，如果振動模式的確為鍵的斷裂，接下來可以做一下IRC分析，看看是否確為聯(lián)系你反應物和產(chǎn)物。如果是，那么我個人覺得這個可以作為你的過渡態(tài)的。 另外找過渡態(tài)樓主可以根據(jù)你的直覺來判斷這個過渡態(tài)到底是更接近于反應物還是產(chǎn)物。假設更接近于產(chǎn)物，那么你可以把產(chǎn)物中形成的那個鍵拉長（多少說不定）。然后直接按關鍵詞opt=(ts,calcfc,noeigentest)進行計算，而不要再按穩(wěn)態(tài)進行優(yōu)化了，否則你就回到某一穩(wěn)定結(jié)構(gòu)了，及背道而馳。 |
5樓2011-05-23 10:05:23
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +4 | shxchem 2026-03-20 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 268求調(diào)劑 +7 | 簡單點0 2026-03-17 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 306求調(diào)劑 +4 | chuanzhu川燭 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 南昌大學材料專碩311分求調(diào)劑 +6 | 77chaselx 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 310求調(diào)劑 +3 | baibai1314 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +3 | Jack?k?y 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +6 | △小透明* 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
[考研] 化學求調(diào)劑 +4 | 臨澤境llllll 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 南京大學化學376求調(diào)劑 +3 | hisfailed 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +9 | 何潤采123 2026-03-18 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +5 | 申子申申 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料學碩297已過四六級求調(diào)劑推薦 +11 | adaie 2026-03-19 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 261求B區(qū)調(diào)劑，科研經(jīng)歷豐富 +3 | 牛奶很忙 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 266求調(diào)劑 +5 | 陽陽哇塞 2026-03-14 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +6 | 緒幸與子 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩調(diào)劑 +5 | 204818@lcx 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 0703化學336分求調(diào)劑 +6 | zbzihdhd 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 283求調(diào)劑 +3 | 聽風就是雨； 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +3 | Yanyali 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 復試調(diào)劑 +3 | 呼呼？~+123456 2026-03-14 | 3/150 |
|