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sichuanemily木蟲 (正式寫手)
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[求助]
gromacs 中define 討論 急急急
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各位蟲友，我有兩個(gè)問題，很棘手的問題想請大家?guī)蛶兔Π?br />
問題一： 我需要做蛋白的分布能量優(yōu)化，在gromacs 中，我做em 時(shí)，想先固定主鏈，再固定a 碳，再全部放開，于是就要用到define = dposre 可我一用這個(gè)時(shí)，運(yùn)行幾步就會(huì)報(bào)錯(cuò)：錯(cuò)誤如下： Stepsize too small (9.44784e-07 nm)Converged to machine precision, but not to the requested precision (1000) You might need to increase your constraint accuracy, or turn off constraints alltogether (set constraints = none in mdp file) 可我mdp 中constraints = none 是已經(jīng)設(shè)定好的了啊 還有就是我如果不分布優(yōu)化，直接用define = dflex_spc 就沒有任何問題 不知是什么原因��？我謝謝大家啦！ 問題二： 我先用sybyl 做了一下能量優(yōu)化 ，還是先固定主鏈，再固定a 碳，再全部放開 ，可是做完后，在gromacs 中做動(dòng)力學(xué)優(yōu)化時(shí)，em 就只做了個(gè)define = dflex_spc ，沒有任何問題，可做pr 時(shí)，就報(bào)錯(cuò)終止了，內(nèi)容如下： Step 0, time 0 (ps) LINCS WARNING relative constraint deviation after LINCS: max 42183.800781 (between atoms 3429 and 3430) rms 993.794983 bonds that rotated more than 180 degrees: atom 1 atom 2 angle previous, current, constraint length Constraint error in algorithm Lincs at step 0 step 0 p0_30415: p4_error: interrupt SIGSEGV: 11 p2_29946: p4_error: interrupt SIGSEGV: 11 p2_29946: (39.158356) net_send: could not write to fd=5, errno = 32 mpiexec: Warning: main: task 0 exited with status 1. mpiexec: Warning: main: task 1 exited with status 1. 這些天文我都看不懂啊，請大家?guī)兔忉屢幌�，找找原因�。恐x謝大家了！ |
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