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vs570588木蟲 (正式寫手)
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[求助]
怎樣建立基因文庫，以及用它建立生物發(fā)育樹
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| 我的問題，用污泥馴化富集可以降解某種特定污染物的混合菌，現(xiàn)在要分析微生物菌落結(jié)構(gòu)。想通過建立基因文庫。來建立系統(tǒng)發(fā)育樹。原來的方法是做DGGE,再進行克隆，測序。發(fā)現(xiàn)大量外文文獻里，很少做DGGE,普遍方法是，做完P(guān)CR后，就純化，克隆，測序，不過測序量十分大。我是個初學(xué)者，希望大家能提供詳細的過程。另外大家能評價下，DGGE后的克隆測序做系統(tǒng)發(fā)育樹和直接PCR后克隆測序用啥區(qū)別？當然引物用一樣的。 |
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vs570588
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2樓2011-06-11 13:39:55
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【答案】應(yīng)助回帖
vs570588(金幣+2): 好的謝謝 2011-06-13 10:03:39
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如果做文庫，強烈建議用F27和R1492引物直接擴展克隆后測序，一般來說要送樣100個，當然用SHANNON指數(shù)等軟件可以計算出最低送樣量，考慮到現(xiàn)在測序費用降低，從我們發(fā)表了16S全長的文庫來看，送樣120-150個就OK，根據(jù)OTU在做樹，具體方法的優(yōu)缺點可以參考我的一篇綜述： Mol Biol Rep. 2008 Jun;35(2):265-74. Epub 2007 May 5. The use of molecular techniques based on ribosomal RNA and DNA for rumen microbial ecosystem studies: a review. （它引10次） 盡管是做瘤胃微生物，套路一樣，只是樣品來源不同而已。 DGGE適合于在做完文庫后篩選優(yōu)勢菌，可以用這個方法， |
6樓2011-06-12 19:25:17
vs570588
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7樓2011-06-13 10:16:02
vs570588
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8樓2011-06-13 10:21:46
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9樓2011-06-14 13:12:44
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10樓2011-06-15 19:13:26
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