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dadado87新蟲 (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于用morphology模塊進(jìn)行晶體形態(tài)模擬的問題
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| 最近用morphology中的Growth Morphology方法對(duì)某晶胞進(jìn)行晶體形態(tài)的模擬,結(jié)果與文獻(xiàn)上的數(shù)據(jù)有很大出入,但幾篇文獻(xiàn)上的數(shù)據(jù)是一致的。使用MS4.4以及MS5.0兩個(gè)版本模擬過,而且在不同的電腦上運(yùn)行過,結(jié)果都是一樣的。檢查過晶胞參數(shù),準(zhǔn)確無誤,對(duì)比建立起的晶胞與文獻(xiàn)中的圖片,從外觀上看應(yīng)該是一樣的,實(shí)在不知道問題出在哪里,焦頭爛額,煩請(qǐng)各問老師指教。 |

新蟲 (初入文壇)
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我就是不知道為什么模擬結(jié)果有偏差才來請(qǐng)教的…… 用過Growyh Morphology方法模擬的就會(huì)知道,結(jié)果會(huì)有一個(gè)表格文件,里面會(huì)列出所有穩(wěn)定的面,以及相應(yīng)面的dhkl、Eatt和占晶體總表面積的百分比,我得出6個(gè)穩(wěn)定的面,文獻(xiàn)也給出6個(gè)穩(wěn)定的面,其中只有5個(gè)相同,但各個(gè)面的dhkl、Eatt和占晶體總表面積的百分比則完全不同,大小順序排列也不一致,模擬出的晶體形狀自然相去甚遠(yuǎn)。 morphology模擬前我用discovery進(jìn)行晶胞優(yōu)化,compass力場(chǎng),電荷是Forcefield assigned,Electrostatic和vdW的加和方法都是Ewald。用morphology模擬的時(shí)候其他的條件都一樣,只是vdW的加和方法換成了Atom Based,因?yàn)樗南吕x項(xiàng)沒有Ewald,只有Atom Based和Group Based,這點(diǎn)我也不太明白。 |
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