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dadado87新蟲 (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于用morphology模塊進行晶體形態(tài)模擬的問題
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| 最近用morphology中的Growth Morphology方法對某晶胞進行晶體形態(tài)的模擬,結(jié)果與文獻上的數(shù)據(jù)有很大出入,但幾篇文獻上的數(shù)據(jù)是一致的。使用MS4.4以及MS5.0兩個版本模擬過,而且在不同的電腦上運行過,結(jié)果都是一樣的。檢查過晶胞參數(shù),準(zhǔn)確無誤,對比建立起的晶胞與文獻中的圖片,從外觀上看應(yīng)該是一樣的,實在不知道問題出在哪里,焦頭爛額,煩請各問老師指教。 |
新蟲 (初入文壇)
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我就是不知道為什么模擬結(jié)果有偏差才來請教的…… 用過Growyh Morphology方法模擬的就會知道,結(jié)果會有一個表格文件,里面會列出所有穩(wěn)定的面,以及相應(yīng)面的dhkl、Eatt和占晶體總表面積的百分比,我得出6個穩(wěn)定的面,文獻也給出6個穩(wěn)定的面,其中只有5個相同,但各個面的dhkl、Eatt和占晶體總表面積的百分比則完全不同,大小順序排列也不一致,模擬出的晶體形狀自然相去甚遠。 morphology模擬前我用discovery進行晶胞優(yōu)化,compass力場,電荷是Forcefield assigned,Electrostatic和vdW的加和方法都是Ewald。用morphology模擬的時候其他的條件都一樣,只是vdW的加和方法換成了Atom Based,因為它的下拉選項沒有Ewald,只有Atom Based和Group Based,這點我也不太明白。 |

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