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jianqin金蟲 (正式寫手)
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Gaussian幾何優(yōu)化后的鍵長不合理
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用Gaussian 09做分子幾何優(yōu)化。分子的部分結(jié)構(gòu)見圖1，具有兩個手性中心（C3和C6）。幾何優(yōu)化分步過程如下：先用chem3D MM2做初步優(yōu)化，再用PM3優(yōu)化（包括頻率分析），接下來用RHF 6-31G做優(yōu)化（包括頻率分析），計算均成功完成。但是分子中的碳硫鍵C3-S1（圖1），經(jīng)PM3優(yōu)化后，鍵長1.882埃，基本合理，經(jīng)RHF 6-31G優(yōu)化后竟然變成3.172埃，顯然是不合理的。我的疑問如下： 我的這種分步優(yōu)化應該是合理的吧？ 鍵長不合理的情況是否與分子中包含手性中心有關(guān)？因為C3是手性的，導致gaussian對碳硫鍵的處理不合理？（另一個手性中心C6周圍的鍵長均在合理范圍內(nèi)） gaussian中對手性分子的幾何優(yōu)化有什么需要特別注意的嗎？ 6-31G的基組對于處理硫這樣的原子足夠嗎？ 補充：剛看到其他的帖子，認為初始分子的構(gòu)型是否合理，對找到正確的優(yōu)化結(jié)構(gòu)很關(guān)鍵？那么我的分步優(yōu)化產(chǎn)生的構(gòu)型是否是比較合理的構(gòu)型呢？ [ Last edited by jianqin on 2011-7-15 at 09:40 ] |
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zhou2009(金幣+2): 2011-08-06 15:19:21
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這個E(UHF)是指electronic energy，每優(yōu)化一步，就會給出一個E(UHF)。對大部分尋找minimum的優(yōu)化來說，每一步的E(UHF)總體趨勢上是一個降低的過程， 在你的單重態(tài)輸出中，electronic energy應該是 =-1288.405788-0.358864 =-1288.385237-0.379415 =... =... =-1288.764652 你可以再搜一下三重態(tài)的輸出文件的其他E(UHF)，如果都在-1289.08035487的附近，都比單重態(tài)能量低的話，那么基本可以斷定，它的ground state是三重態(tài)(也可以試試五重，我想機會不大)。然后，你現(xiàn)在做的單重態(tài)的這些東西就沒有太大意義了... |
jianqin38樓2011-07-25 13:15:03
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