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wanghd2826鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
自設(shè)簡并引物幾對，請高手幫檢查下~~~
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剛開始學(xué)習(xí)簡并引物的設(shè)計，看了幾篇經(jīng)典的帖子，受益匪淺，按照步驟嘗試設(shè)計了幾對，但是對于簡并引物的檢測還不是很有信心，比如退火溫度、錯配率等等如何協(xié)調(diào)到最優(yōu)，希望各路蟲友幫忙看下這幾對合適不。 上5’-GCYGGITTYGARACITCITCNAC-3’ 下5’-CCRAAICGCATNCCDATRCA-3’ 上5’-GARACICTICGNAARTAYCCNC-3’ 下5’-CCRAAICGIAGNCCDATRCA-3’ 上5’-GCYGGITTYGARACITCITCNAC-3’ 下5’-CGIGGNCCYTCNCCIAAIGG-3’ 上5’-GARACICTICGNAARTAYCCNC-3’ 下5’-CCRAAICGCATNCCDATRCA-3’ |
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jinkui960
至尊木蟲 (知名作家)
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金幣+3): good 2011-08-10 12:13:44
西瓜(金幣+5): 學(xué)習(xí)了！很有經(jīng)驗(yàn)?zāi)兀?2011-08-10 17:56:19
wanghd2826(金幣+15): 多謝指點(diǎn)，以后有不懂的地方再請教前輩！ 2011-08-11 23:16:14
西瓜: 漏了EPI，現(xiàn)在補(bǔ)上，抱歉哦！ 2011-08-12 00:15:54
西瓜(MolEPI+1): 2011-08-12 09:06:50
dhd997(金幣+3): good 2011-08-10 12:13:44
西瓜(金幣+5): 學(xué)習(xí)了！很有經(jīng)驗(yàn)?zāi)兀?2011-08-10 17:56:19
wanghd2826(金幣+15): 多謝指點(diǎn)，以后有不懂的地方再請教前輩！ 2011-08-11 23:16:14
西瓜: 漏了EPI，現(xiàn)在補(bǔ)上，抱歉哦！ 2011-08-12 00:15:54
西瓜(MolEPI+1): 2011-08-12 09:06:50
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既然是簡并引物，目的引物的序列是不確定的，你用軟件檢測是沒有辦法計算得到簡并引物的TM值的，推薦使用Touch-down PCR程序，引物之間的TM差別大一點(diǎn)沒有關(guān)系的，我們以前曾經(jīng)計算過，利用簡并引物擴(kuò)增得到目的序列，測序以后發(fā)現(xiàn)兩條引物之間的TM值差別達(dá)到15-20度，所以不要太糾結(jié)于簡并引物的TM，只要注意引物的GC值不要太高和太低就可以了。 祝順利！ |
7樓2011-08-10 10:08:12
2樓2011-08-09 10:02:13
第五平原
木蟲 (正式寫手)
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3樓2011-08-09 12:33:51
wanghd2826
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4樓2011-08-10 09:53:09
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