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piaoyuaaa金蟲 (小有名氣)
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[求助]
克隆測序的問題
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| DGGE回收膠測序，我送公司的三個樣品，編號分別為5，6，8，是跑膠中最亮的三條帶，割膠回收后用不帶夾子的引物做了PCR，瓊脂糖電泳檢測出來了兩條帶（理論上應(yīng)該是一條特異性條帶），位置分別約為250bp和230bp，當(dāng)時覺得是樣品不純，V3區(qū)引物擴(kuò)出來大約在230bp,所以讓公司割膠回收純化了230bp的條帶進(jìn)行克隆測序，測序結(jié)果5-230bp的是無色桿菌屬，6-230bp的是紫色桿菌屬，8-230bp的是假單胞菌屬，因為測序結(jié)果出來后看到序列長度僅為197bp，所以就想看看250bp的那條帶到底是什么東西，之后就測了5號樣品的250bp的那條帶，今天出來結(jié)果序列長度仍舊為197bp，BLAST后5-250bp的是希瓦氏菌屬，所以現(xiàn)在不知道該怎么辦，實驗室還有8個樣品沒有送公司去測，每個樣品都有兩條帶，是測230bp那條還是測250bp那條？請問蟲友有沒有遇到過這樣的問題，到底怎么回事？謝謝！ |
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piaoyuaaa(金幣+5): 2011-10-13 09:58:10
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2樓2011-08-09 10:14:54
piaoyuaaa
金蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 984.8
- 散金: 9
- 帖子: 210
- 在線: 90.4小時
- 蟲號: 868546
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- 性別: MM
- 專業(yè): 食品加工技術(shù)
3樓2011-08-09 10:19:56
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4樓2011-08-09 20:21:43
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