版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號(hào)能夠正常使用，請(qǐng)盡快對(duì)帳號(hào)進(jìn)行手機(jī)號(hào)驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時(shí)熱門版塊排行榜

返回列表

wzgynkmlhf

金蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 3 (幼兒園)
金幣: 1009.6
帖子: 1263
在線: 507.2小時(shí)
蟲號(hào): 352471

[交流] B類錯(cuò)誤420及游離水加氫問(wèn)題

問(wèn)題；
1、我如何用.lst中的信息重新?lián)Q坐標(biāo)精修呢？
Alternative approximate positions for H attached to O1:
0.5175  0.1270  0.3770  O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   0.4948  0.1716  0.2908  O..O1 [ -x+1, y, -z+1/2 ]  3.038   這個(gè)如何換，具體點(diǎn)吧。謝謝。

2、420的B類錯(cuò)誤如何解決呢？我搞了快兩天了，很糾結(jié)。我用的是wingx-maps-calcu-OH計(jì)算加游離水的氫的，最好的結(jié)果，就是檢查后，只有4個(gè)420B類錯(cuò)誤。請(qǐng)高手指點(diǎn)。投非晶體學(xué)報(bào)是否可以不管了呢？謝謝。

３、精修加氫是以.lst中的為第一解決，還是用wingx的計(jì)算為第一呢？即，哪個(gè)優(yōu)先呢？謝謝。

4、如果實(shí)在加不了，如果上面兩種辦法都不行，也可以不加氫，在文章中給以適當(dāng)?shù)恼f(shuō)明即可；此外，用Platon中的Squeeze功能去掉溶劑水對(duì)整個(gè)結(jié)構(gòu)精修的貢獻(xiàn)。最后再根據(jù)計(jì)算結(jié)果把所缺少的電子個(gè)數(shù)加入到cif文件中(Fooo)，相應(yīng)把分子式、分子量都要做相應(yīng)的改變, 文章中精修部分也要給以適當(dāng)?shù)恼f(shuō)明。
這個(gè)具體如何做呢？謝謝。

請(qǐng)具體指點(diǎn)，不要說(shuō)什么發(fā)您郵箱里看看的話，我是來(lái)學(xué)習(xí)的。
授人與魚，不若授人與漁。

這是精修后.lst文件中的信息
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H       H...A       D...A       <(DHA)

  0.85       2.37       2.706(6)    104.3       O1-H1B...O3_$1
  0.85       2.23       2.739(6)    118.4       O1-H1A...O4
  0.85       2.26       2.914(8)    134.1       O2-H2B...N4
** No suitable H-bond found for O2...N5_$2 = 2.981(8) A **
  0.85       2.14       2.873(7)    144.0       O3-H3B...O4
  0.85       2.12       2.754(8)    130.9       O4-H4B...O5
  0.85       2.24       2.758(7)    119.0       O4-H4A...O2
** No suitable H-bond found for O5...O4 = 2.754(8) A **
  0.85       2.73       2.953(8)    96.8       O5-H5A...N4_$3

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H          d(D-H) d(H..A)
O1-H1A       0.850 2.231 118.39 2.739 O4

O1-H1B       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O1:
0.5175  0.1270  0.3770  O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   0.4948  0.1716  0.2908  O..O1 [ -x+1, y, -z+1/2 ]  3.038   ------------------------------------------------------------------------------

O2-H2A       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2:
0.3266  0.1252  0.3759  O..O4 2.758   ------------------------------------------------------------------------------

O2-H2B       0.850 2.258 134.07 2.914 N4

O3-H3A       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O3:
0.4479 -0.0741  0.5823  O..O1 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   ------------------------------------------------------------------------------

O3-H3B       0.850 2.141 144.00 2.873 O4

O4-H4A       0.850 2.244 118.95 2.758 O2

O4-H4B       0.850 2.121 130.88 2.754 O5

O5-H5A       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O5:
0.3537 -0.0560  0.2584  O..O4 2.754   ------------------------------------------------------------------------------

O5-H5B       0.850 2.351 130.02 2.970 N5

[ Last edited by wzgynkmlhf on 2011-8-22 at 08:48 ]

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

求助已經(jīng)有1人回復(fù)
0703化學(xué)26考研調(diào)劑，一志愿南昌大學(xué) 已經(jīng)有2人回復(fù)
無(wú)機(jī)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)? 已經(jīng)有85人回復(fù)
有沒(méi)有化學(xué)、材料專業(yè)的同學(xué)需要調(diào)劑考慮天津高效的可以郵件或者私信已經(jīng)有1人回復(fù)
26年博士招生已經(jīng)有16人回復(fù)
江西理工大學(xué)功能晶態(tài)材料方向劉遂軍課題組招收2026年秋季入學(xué)博士研究生已經(jīng)有11人回復(fù)
寧夏大學(xué)團(tuán)簇新材料團(tuán)隊(duì)招收材料/化學(xué)/化工專業(yè)博士生已經(jīng)有0人回復(fù)
MIL-101有單晶樣品嗎已經(jīng)有1人回復(fù)
已刪除已經(jīng)有3人回復(fù)
收調(diào)劑研究生已經(jīng)有2人回復(fù)
【2026 考研調(diào)劑】哈爾濱工程大學(xué)核科學(xué)與技術(shù)學(xué)院核化工系招收調(diào)劑生已經(jīng)有2人回復(fù)

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

關(guān)于基因構(gòu)建中開放閱讀框架的若干問(wèn)題已經(jīng)有7人回復(fù)
枯草芽孢桿菌表達(dá)的問(wèn)題已經(jīng)有8人回復(fù)
100金幣請(qǐng)高手把H加上，不是游離水的，是普通的H，理論加氫就OK 已經(jīng)有7人回復(fù)
求解DNA濃度測(cè)量中的一些問(wèn)題已經(jīng)有3人回復(fù)
求大俠幫忙解決一個(gè)B類錯(cuò)誤�。≈x謝已經(jīng)有5人回復(fù)
配位水游離水加氫問(wèn)題精修問(wèn)題已經(jīng)有13人回復(fù)
石墨烯納米帶 vasp建模邊緣如何加氫已經(jīng)有28人回復(fù)
游離水加氫問(wèn)題已經(jīng)有5人回復(fù)
重金求助解決checkcif錯(cuò)誤，主要是晶格水的加氫已經(jīng)有10人回復(fù)
幾個(gè)A類錯(cuò)誤及游離水加氫問(wèn)題處理已經(jīng)有5人回復(fù)
【求助】游離水分子理論加氫的命令已經(jīng)有4人回復(fù)
【討論】晶體解析過(guò)程中有關(guān)游離水的理論加氫已經(jīng)有8人回復(fù)
【求助】游離水加不上氫要在文章的什么位置說(shuō)明或者有什么加氫的方法介紹一下已經(jīng)有6人回復(fù)
【求助/交流】重疊PCR相關(guān)問(wèn)題。已經(jīng)有8人回復(fù)
【求助】如何解決高壓釜水相加氫反應(yīng)中金屬催化劑的流失問(wèn)題已經(jīng)有41人回復(fù)

» 搶金幣啦！回帖就可以得到:

查看全部散金貼

1樓 2011-08-22 08:29:32

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

ljmmarise

至尊木蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 78 (初中生)
金幣: 13369
帖子: 1650
在線: 576.3小時(shí)
蟲號(hào): 177785

★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
lichun1210(金幣+1): 歡迎常來(lái)晶體版交流 2011-08-22 09:17:04

游離水能否用傅里葉加氫，萬(wàn)一加不了就用理論加氫

贊一下(2人)

回復(fù)此樓

3樓2011-08-22 09:02:40

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

454106649

木蟲 (著名寫手)

CMEI: 1
應(yīng)助: 28 (小學(xué)生)
金幣: 2278
帖子: 1514
在線: 729.4小時(shí)
蟲號(hào): 1017764

★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖

游離水的氫實(shí)在加不上就不加了！
O2 O5 氫鍵做的也不對(duì)

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

5樓2011-08-22 09:41:08

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

wzgynkmlhf

金蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 3 (幼兒園)
金幣: 1009.6
帖子: 1263
在線: 507.2小時(shí)
蟲號(hào): 352471

希望來(lái)點(diǎn)具體的有效的回復(fù)

贊一下

回復(fù)此樓

6樓2011-08-22 09:59:34

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

yzgdwjh

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 1667.6
帖子: 465
在線: 49.7小時(shí)
蟲號(hào): 590229

★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
wzgynkmlhf(金幣+30): 晶體學(xué)雜志，指的是晶體學(xué)聯(lián)合會(huì)的那些雜志嗎？如acta a_F 系列？ 2011-08-22 13:48:29
lichun1210(金幣+1): 歡迎常來(lái)晶體版交流 2011-08-22 14:30:43

這種問(wèn)題很難說(shuō)得清楚，只能給個(gè)大致的方向：一般我是用xp加氫的，加氫更多的主觀因素（單晶衍射一般很難確定溶劑氫的位置，提高信噪比也無(wú)濟(jì)于事），兩個(gè)原子距離合適就可以加氫，然后再整體權(quán)衡哪個(gè)是給體受體，都找完了再加restraints一起精修氫原子的位置，這樣一般都可以自圓其說(shuō)，但如果有無(wú)序情況存在，420錯(cuò)誤一般很難避免，如果不是發(fā)晶體學(xué)雜志，應(yīng)該不是什么大問(wèn)題。

贊一下(2人)

回復(fù)此樓

7樓2011-08-22 13:43:04

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

文言文

鐵桿木蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 134 (高中生)
金幣: 3746.1
帖子: 1429
在線: 572.2小時(shí)
蟲號(hào): 652093

★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖

你把你的數(shù)據(jù)發(fā)到danwenyan_2005@163.com,我?guī)湍憧纯词欠窨梢越鉀Q。

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

8樓2011-08-22 14:03:01

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

454106649

木蟲 (著名寫手)

CMEI: 1
應(yīng)助: 28 (小學(xué)生)
金幣: 2278
帖子: 1514
在線: 729.4小時(shí)
蟲號(hào): 1017764

★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
wzgynkmlhf(金幣+50): 發(fā)你QQ ，幫我解決一下。SOS。 2011-08-22 15:04:47

引用回帖:

7樓: Originally posted by yzgdwjh at 2011-08-22 13:43:04:
這種問(wèn)題很難說(shuō)得清楚，只能給個(gè)大致的方向：一般我是用xp加氫的，加氫更多的主觀因素（單晶衍射一般很難確定溶劑氫的位置，提高信噪比也無(wú)濟(jì)于事），兩個(gè)原子距離合適就可以加氫，然后再整體權(quán)衡哪個(gè)是給體受體， ...

同意你的說(shuō)法，
XP加氫，然后再去描述氫鍵。。。。。。

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

9樓2011-08-22 14:08:12

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

wzgynkmlhf

金蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 3 (幼兒園)
金幣: 1009.6
帖子: 1263
在線: 507.2小時(shí)
蟲號(hào): 352471

引用回帖:

8樓: Originally posted by 文言文 at 2011-08-22 14:03:01:
你把你的數(shù)據(jù)發(fā)到danwenyan_2005@163.com,我?guī)湍憧纯词欠窨梢越鉀Q。

謝謝，已經(jīng)說(shuō)了不留郵箱的。

贊一下

回復(fù)此樓

10樓2011-08-22 14:56:28

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

wzgynkmlhf

金蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 3 (幼兒園)
金幣: 1009.6
帖子: 1263
在線: 507.2小時(shí)
蟲號(hào): 352471

引用回帖:

9樓: Originally posted by 454106649 at 2011-08-22 14:08:12:
同意你的說(shuō)法，
XP加氫，然后再去描述氫鍵。。。。。。

感覺真的無(wú)奈。這個(gè)我難道米有做？

贊一下

回復(fù)此樓

11樓2011-08-22 14:56:55

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

sunjing120

鐵桿木蟲 (小有名氣)

應(yīng)助: 22 (小學(xué)生)
金幣: 7482.2
帖子: 260
在線: 153.5小時(shí)
蟲號(hào): 465780

★ ★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
lichun1210(金幣+1): 歡迎常來(lái)晶體版交流! 2011-08-22 15:20:08
wzgynkmlhf(金幣+1): 是用spueeze命令嗎？詳細(xì)點(diǎn)行不？ 2011-08-22 20:33:01

如果你不是投晶體學(xué)報(bào)，不要過(guò)多地討論晶體的結(jié)構(gòu)，可以PWT用軟件把溶劑分子去掉

贊一下(2人)

回復(fù)此樓

12樓2011-08-22 15:14:44

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

yytsnake

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

應(yīng)助: 357 (碩士)
貴賓: 0.01
金幣: 18204.3
帖子: 3189
在線: 444.6小時(shí)
蟲號(hào): 92066

★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
wzgynkmlhf(金幣+16): 謝謝您。我試試看。問(wèn)題越辯越明�？倳�(huì)有個(gè)解決的時(shí)候。謝謝。 2011-08-22 20:33:51

加H，特別是游離水、NH3等存在時(shí)是個(gè)費(fèi)心費(fèi)力的事，氫鍵多了，對(duì)我們這學(xué)解晶體的菜鳥的確是頭痛的活。

Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H       H...A       D...A       <(DHA)

  0.85       2.19       2.946(8)    148.0       O24-H24A...O1_$6
  0.86       2.42       2.712(4)    100.6       N2-H2...O6
  0.85       1.91       2.724(4)    161.8       O17-H17A...O21_$1
  0.89       1.84       2.716(4)    166.2       O17-H17B...O3_$1
  0.85       2.11       2.863(6)    146.9       O19-H19A...O22
  0.86       2.01       2.811(4)    155.1       O19-H19B...O4
  0.84       2.04       2.771(5)    145.9       O21-H21A...O12_$2
  0.85       1.95       2.660(4)    140.8       O21-H21B...O5
  0.86       2.20       3.043(5)    166.4       N5-H5...O15
  0.86       2.42       3.261(5)    167.9       N1-H1...O12_$2
  0.86       2.02       2.842(5)    160.0       N4-H4...O26_$3
  0.86       2.18       2.969(4)    152.0       N3-H3...O21_$1
  0.85       2.02       2.874(4)    179.6       O26-H26A...O11_$4
  0.85       2.36       3.078(5)    142.3       O26-H26B...O15_$1
  0.85       2.54       2.985(5)    113.8       O26-H26B...O9_$4
  0.85       2.16       3.002(13) 172.0       O22-H22A...O25
  0.85       2.16       2.902(10) 146.3       O22-H22B...O23_$5
  0.85       1.70       2.547(12) 176.9       O24-H24B...O25
  0.85       1.87       2.676(10) 156.8       O23-H23D...O24
  0.85       2.48       2.895(8)    111.1       O23-H23E...O1
  0.85       2.46       2.866(8)    110.4       O25-H25A...O6

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

13樓2011-08-22 16:08:39

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

文言文

鐵桿木蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 134 (高中生)
金幣: 3746.1
帖子: 1429
在線: 572.2小時(shí)
蟲號(hào): 652093

★
小木蟲(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
wzgynkmlhf(金幣+1): 謝謝回復(fù)。人氣在。 2011-08-22 20:29:52

你說(shuō)的很對(duì)，可是問(wèn)題給你解決了才能知道問(wèn)題出在哪里！我不是高手，呵呵！祝你好運(yùn)！

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

14樓2011-08-22 17:41:22

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

簡(jiǎn)單回復(fù)

chenwen3052樓

2011-08-22 08:42 回復(fù)

wzgynkmlhf(金幣+1): 謝謝幫頂。 2011-08-23 17:44:48

yaozhu4樓

2011-08-22 09:11 回復(fù)

wzgynkmlhf(金幣+1): 謝謝參與。 2011-08-23 17:44:21

祝福！

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主 wzgynkmlhf 的主題更新

返回列表

普通表情龍兔虎貓高級(jí)回復(fù) (可上傳附件)

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 292求調(diào)劑 +4	鵝鵝鵝額額額額?/a> 2026-03-24	4/200	2026-03-24 16:41 by peike
[考研] 085602 289分求調(diào)劑 +4	WWW西西弗斯 2026-03-24	4/200	2026-03-24 16:13 by 星空星月
[考研] 293求調(diào)劑 +6	加一一九 2026-03-24	6/300	2026-03-24 14:29 by JourneyLucky
[考研] 344求調(diào)劑 +3	desto 2026-03-24	3/150	2026-03-24 10:09 by 搏擊518
[考研] 085600材料與化工調(diào)劑 +7	A-哆啦Z夢(mèng) 2026-03-23	12/600	2026-03-23 23:16 by 星空星月
[考研] 一志愿國(guó)科過(guò)程所081700，274求調(diào)劑 +3	三水研0水立方 2026-03-23	3/150	2026-03-23 23:11 by MajorWen
[考研] 328求調(diào)劑，英語(yǔ)六級(jí)551，有科研經(jīng)歷 +7	生物工程調(diào)劑 2026-03-17	12/600	2026-03-23 18:18 by YMU施老師
[論文投稿] 急發(fā)核心期刊論文 +3	賢達(dá)問(wèn)津 2026-03-23	5/250	2026-03-23 17:13 by 妹子不好惹
[考研] 一志愿西安交通大學(xué)材料工程專業(yè) 282分求調(diào)劑 +11	楓橋ZL 2026-03-18	13/650	2026-03-22 20:26 by edmund7
[考研] 311求調(diào)劑 +6	冬十三 2026-03-18	6/300	2026-03-22 20:18 by edmund7
[考研] 319求調(diào)劑 +4	小力氣珂珂 2026-03-20	4/200	2026-03-22 15:53 by ColorlessPI
[考研] 材料學(xué)碩301分求調(diào)劑 +7	Liyouyumairs 2026-03-21	7/350	2026-03-21 22:31 by peike
[考研] 278求調(diào)劑 +9	煙火先于春 2026-03-17	9/450	2026-03-21 17:47 by 學(xué)員8dgXkO
[考研] 296求調(diào)劑 +4	www_q 2026-03-20	4/200	2026-03-21 17:26 by 學(xué)員8dgXkO
[考研] 求調(diào)劑 +3	白QF 2026-03-21	3/150	2026-03-21 13:12 by zhukairuo
[考研] 材料學(xué)學(xué)碩080502 337求調(diào)劑-一志愿華中科技大學(xué) +4	順順順mr 2026-03-18	5/250	2026-03-21 10:22 by luoyongfeng
[考研] 332求調(diào)劑 +4	ydfyh 2026-03-17	4/200	2026-03-21 02:20 by JourneyLucky
[考研] 一志愿武漢理工材料工程專碩調(diào)劑 +9	Doleres 2026-03-19	9/450	2026-03-20 22:36 by JourneyLucky
[考研] 085600材料與化工調(diào)劑 324分 +10	llllkkkhh 2026-03-18	12/600	2026-03-19 14:33 by llllkkkhh
[考研] 本科鄭州大學(xué)物理學(xué)院，一志愿華科070200學(xué)碩，346求調(diào)劑 +4	我不是一根蔥 2026-03-18	4/200	2026-03-19 09:11 by 浮云166

24小時(shí)熱門版塊排行榜

[交流] B類錯(cuò)誤420及游離水加氫問(wèn)題

» 猜你喜歡

» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

» 搶金幣啦！回帖就可以得到: 查看全部散金貼

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

» 搶金幣啦！回帖就可以得到:

查看全部散金貼