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wzgynkmlhf

金蟲 (著名寫手)

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[交流] B類錯(cuò)誤420及游離水加氫問題

問題；
1、我如何用.lst中的信息重新?lián)Q坐標(biāo)精修呢？
Alternative approximate positions for H attached to O1:
0.5175  0.1270  0.3770  O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   0.4948  0.1716  0.2908  O..O1 [ -x+1, y, -z+1/2 ]  3.038   這個(gè)如何換，具體點(diǎn)吧。謝謝。

2、420的B類錯(cuò)誤如何解決呢？我搞了快兩天了，很糾結(jié)。我用的是wingx-maps-calcu-OH計(jì)算加游離水的氫的，最好的結(jié)果，就是檢查后，只有4個(gè)420B類錯(cuò)誤。請高手指點(diǎn)。投非晶體學(xué)報(bào)是否可以不管了呢？謝謝。

３、精修加氫是以.lst中的為第一解決，還是用wingx的計(jì)算為第一呢？即，哪個(gè)優(yōu)先呢？謝謝。

4、如果實(shí)在加不了，如果上面兩種辦法都不行，也可以不加氫，在文章中給以適當(dāng)?shù)恼f明即可；此外，用Platon中的Squeeze功能去掉溶劑水對整個(gè)結(jié)構(gòu)精修的貢獻(xiàn)。最后再根據(jù)計(jì)算結(jié)果把所缺少的電子個(gè)數(shù)加入到cif文件中(Fooo)，相應(yīng)把分子式、分子量都要做相應(yīng)的改變, 文章中精修部分也要給以適當(dāng)?shù)恼f明。
這個(gè)具體如何做呢？謝謝。

請具體指點(diǎn)，不要說什么發(fā)您郵箱里看看的話，我是來學(xué)習(xí)的。
授人與魚，不若授人與漁。

這是精修后.lst文件中的信息
Specified hydrogen bonds (with esds except fixed and riding H)

  D-H       H...A       D...A       <(DHA)

  0.85       2.37       2.706(6)    104.3       O1-H1B...O3_$1
  0.85       2.23       2.739(6)    118.4       O1-H1A...O4
  0.85       2.26       2.914(8)    134.1       O2-H2B...N4
** No suitable H-bond found for O2...N5_$2 = 2.981(8) A **
  0.85       2.14       2.873(7)    144.0       O3-H3B...O4
  0.85       2.12       2.754(8)    130.9       O4-H4B...O5
  0.85       2.24       2.758(7)    119.0       O4-H4A...O2
** No suitable H-bond found for O5...O4 = 2.754(8) A **
  0.85       2.73       2.953(8)    96.8       O5-H5A...N4_$3

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.000 Angstroms  and   110 deg.

D-H          d(D-H) d(H..A)
O1-H1A       0.850 2.231 118.39 2.739 O4

O1-H1B       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O1:
0.5175  0.1270  0.3770  O..O3 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   0.4948  0.1716  0.2908  O..O1 [ -x+1, y, -z+1/2 ]  3.038   ------------------------------------------------------------------------------

O2-H2A       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O2:
0.3266  0.1252  0.3759  O..O4 2.758   ------------------------------------------------------------------------------

O2-H2B       0.850 2.258 134.07 2.914 N4

O3-H3A       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O3:
0.4479 -0.0741  0.5823  O..O1 [ -x+1, -y, -z+1 ]  2.706   ------------------------------------------------------------------------------

O3-H3B       0.850 2.141 144.00 2.873 O4

O4-H4A       0.850 2.244 118.95 2.758 O2

O4-H4B       0.850 2.121 130.88 2.754 O5

O5-H5A       0.850
------------------------------------------------------------------------------
Alternative approximate positions for H attached to O5:
0.3537 -0.0560  0.2584  O..O4 2.754   ------------------------------------------------------------------------------

O5-H5B       0.850 2.351 130.02 2.970 N5

[ Last edited by wzgynkmlhf on 2011-8-22 at 08:48 ]

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1樓 2011-08-22 08:29:32

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ljmmarise

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lichun1210(金幣+1): 歡迎常來晶體版交流 2011-08-22 09:17:04

游離水能否用傅里葉加氫，萬一加不了就用理論加氫

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3樓2011-08-22 09:02:40

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454106649

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游離水的氫實(shí)在加不上就不加了！
O2 O5 氫鍵做的也不對

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5樓2011-08-22 09:41:08

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6樓2011-08-22 09:59:34

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wzgynkmlhf(金幣+30): 晶體學(xué)雜志，指的是晶體學(xué)聯(lián)合會(huì)的那些雜志嗎？如acta a_F 系列？ 2011-08-22 13:48:29
lichun1210(金幣+1): 歡迎常來晶體版交流 2011-08-22 14:30:43

這種問題很難說得清楚，只能給個(gè)大致的方向：一般我是用xp加氫的，加氫更多的主觀因素（單晶衍射一般很難確定溶劑氫的位置，提高信噪比也無濟(jì)于事），兩個(gè)原子距離合適就可以加氫，然后再整體權(quán)衡哪個(gè)是給體受體，都找完了再加restraints一起精修氫原子的位置，這樣一般都可以自圓其說，但如果有無序情況存在，420錯(cuò)誤一般很難避免，如果不是發(fā)晶體學(xué)雜志，應(yīng)該不是什么大問題。

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7樓2011-08-22 13:43:04

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