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西門(mén)炊餅鐵蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于篩選和鑒定細(xì)菌(16S rRNA)
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目前我的實(shí)驗(yàn)需要將樣品中細(xì)菌分離出來(lái)并鑒定，希望能分離出我感興趣的菌，如果能發(fā)現(xiàn)新細(xì)菌就更好了，對(duì)于如何篩選和鑒定，我有這樣的難題： 感覺(jué)用Vitek-2自動(dòng)分析儀鑒定菌工作量太大，而且費(fèi)時(shí)間，首先得將樣品用幾種增菌液增菌，然后增菌液又劃到幾種篩選平板上，平板上挑單菌落劃線，接種3代以上純化，然后革蘭氏染色（這步工作量大），最后拿去全自動(dòng)微生物分析儀上去分析，鑒定卡貴，還不一定能全給鑒定出來(lái)，忒麻煩。往往一天要?jiǎng)澤习賶K平板，如果做得多，更恐怖。 我的目的是篩菌，理想結(jié)果是篩到我感興趣的菌，或者是新細(xì)菌�，F(xiàn)在琢磨著用擴(kuò)增16S rRNA，然后去測(cè)序的方法來(lái)篩菌，最后再拿去微生物自動(dòng)分析，這樣篩到新細(xì)菌的可能性大。我準(zhǔn)備這么做，開(kāi)始的步驟一樣，首先得將樣品用幾種增菌液增菌，然后增菌液又劃到幾種篩選平板上，這時(shí)不挑單菌落純化了，直接將篩選平板上的有代表性的單菌落（初步定為一塊板10個(gè)左右，用以前的辦法只能挑1-3個(gè)，不然工作量會(huì)嚇?biāo)廊耍┨舻绞⒂袪I(yíng)養(yǎng)肉湯的EP管里去搖，搖好了后直接拿去菌液PCR，引物用16S rRNA的通用引物，擴(kuò)增好了就送去測(cè)序。 不知道這樣的方法是否可行，敬請(qǐng)高人指點(diǎn)，懇請(qǐng)大家暢所欲言。我知道這個(gè)方法存在的一個(gè)問(wèn)題：首先，我挑到的單菌落有可能不是單種細(xì)菌，可能是兩種甚至多種細(xì)菌，這樣菌液PCR擴(kuò)增出來(lái)的就不是一種片段，而是幾種片段，由于我不太清楚測(cè)序的過(guò)程，這種情況下測(cè)序會(huì)測(cè)出什么結(jié)果我也無(wú)法預(yù)計(jì)。強(qiáng)調(diào)一點(diǎn)：我的目的是篩菌，不是一定要把每個(gè)都準(zhǔn)確的測(cè)出來(lái)。 [ Last edited by 西門(mén)炊餅 on 2011-8-29 at 13:54 ] |
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| 你好，微生物分離鑒定可分為可培養(yǎng)微生物鑒定和不可培養(yǎng)微生物鑒定。可培養(yǎng)法是需要必須經(jīng)過(guò)細(xì)心培養(yǎng)和純化。而不可培養(yǎng)法不需要分離，只是把總DNA提取進(jìn)行PAGE電泳即可得到樣品中的細(xì)菌類(lèi)型。但不能獲得菌落的信息。從你的描述來(lái)看你是想做可培養(yǎng)細(xì)菌的鑒定，那么必須經(jīng)過(guò)細(xì)心培養(yǎng)，純化和鑒定。如果你的目的是分離有意義的細(xì)菌那么要用兩種以上的培養(yǎng)基，覺(jué)得工作量多可選擇一種培養(yǎng)基（注意不要用LB和TSA培養(yǎng)基），最好是適合你的樣品生長(zhǎng)的培養(yǎng)基（需自己查資料）。另外我建議你你所說(shuō)的VITEK2，COMPAT等儀器是人體微生物檢驗(yàn)專(zhuān)用，含有少數(shù)工業(yè)微生物，不適合土壤微生物。所以你要考慮你的樣品和你想獲得什么類(lèi)型的微生物。 |
16樓2011-09-02 01:47:15
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12樓2011-08-31 10:38:35
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9樓2011-08-31 08:53:32
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10樓2011-08-31 08:54:18
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