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西門炊餅鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
關(guān)于篩選和鑒定細(xì)菌(16S rRNA)
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目前我的實驗需要將樣品中細(xì)菌分離出來并鑒定，希望能分離出我感興趣的菌，如果能發(fā)現(xiàn)新細(xì)菌就更好了，對于如何篩選和鑒定，我有這樣的難題： 感覺用Vitek-2自動分析儀鑒定菌工作量太大，而且費(fèi)時間，首先得將樣品用幾種增菌液增菌，然后增菌液又劃到幾種篩選平板上，平板上挑單菌落劃線，接種3代以上純化，然后革蘭氏染色（這步工作量大），最后拿去全自動微生物分析儀上去分析，鑒定卡貴，還不一定能全給鑒定出來，忒麻煩。往往一天要劃上百塊平板，如果做得多，更恐怖。 我的目的是篩菌，理想結(jié)果是篩到我感興趣的菌，或者是新細(xì)菌�，F(xiàn)在琢磨著用擴(kuò)增16S rRNA，然后去測序的方法來篩菌，最后再拿去微生物自動分析，這樣篩到新細(xì)菌的可能性大。我準(zhǔn)備這么做，開始的步驟一樣，首先得將樣品用幾種增菌液增菌，然后增菌液又劃到幾種篩選平板上，這時不挑單菌落純化了，直接將篩選平板上的有代表性的單菌落（初步定為一塊板10個左右，用以前的辦法只能挑1-3個，不然工作量會嚇?biāo)廊耍┨舻绞⒂袪I養(yǎng)肉湯的EP管里去搖，搖好了后直接拿去菌液PCR，引物用16S rRNA的通用引物，擴(kuò)增好了就送去測序。 不知道這樣的方法是否可行，敬請高人指點(diǎn)，懇請大家暢所欲言。我知道這個方法存在的一個問題：首先，我挑到的單菌落有可能不是單種細(xì)菌，可能是兩種甚至多種細(xì)菌，這樣菌液PCR擴(kuò)增出來的就不是一種片段，而是幾種片段，由于我不太清楚測序的過程，這種情況下測序會測出什么結(jié)果我也無法預(yù)計。強(qiáng)調(diào)一點(diǎn)：我的目的是篩菌，不是一定要把每個都準(zhǔn)確的測出來。 [ Last edited by 西門炊餅 on 2011-8-29 at 13:54 ] |
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