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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 第一性原理 » MS » 關于建模結構優(yōu)化的一些問題
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yaoo_1木蟲 (小有名氣)
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[求助]
關于建模結構優(yōu)化的一些問題
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新手發(fā)問 請問一下我想做有特定形狀的缺陷的2x2x2的 周期性 的結構，材料是使用硅，要計算態(tài)密度，聲子譜，能帶結構 有試著先做一個的3x3x3超晶胞10顆缺陷的結構，在CPU i5- 2400 內存為8G的電腦上面跑不過跑了一天的工作就失敗了，看來電腦不夠力 結構優(yōu)化第一次點選ultralfine，180 eV的k點4x4x4所做出來的晶格常數為5.39 更改不同的截止能量后要看能量收斂的程度 看到文獻都會用 截止能量 跟 能量 的關系 那么是要看 final energy 嗎還是迭代之后的 total energy 呢 有試著用硅晶胞邊常設為5.4309然后用原始晶胞去最佳化分別選用LDA跟GGA- PBE的截止能量各從100～1000 k點的1x1x1 贗勢為ultrasoft 其他都是預設值，晶體越大所需k點數越少 看到一些教學提到硅材料截止能量不需要太高大概在200 eV的的截止能量就能得到準確的數值？ 而得出的總能量我是看最后一次出現的final energy 而總能量LDA的大約都在-102.xx eV的左右GGA大約在-102.90xx LDA的會低估晶格常數GGA會高估晶格常數 回歸正題想問一下必須先用優(yōu)化過后的結構去建立的2x2x2的超晶胞 再刪除我想要的原子數，(還是說必須要有真空層嗎，看到教學文件指出非周期性的的分子或晶體才需要使用真空層預防波函數重疊)，再進行一次結構最佳化計算我要的物性，選用的截止能量跟k-point都是沿用這樣對嗎？ 題外話，另外想問一下因為大概是一百顆原子，以現在的Core i7 3.4 GHz的四核8線的電腦大概需要多少時間有哪位高手知道嗎 希望大家一起交流指教，謝謝 [ Last edited by yaoo_1 on 2011-9-9 at 01:01 ] |
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yaoo_1(金幣+1): 感謝版主的指導 2011-09-09 11:45:01
gzqdyouxia(金幣+2): 謝謝指教 2011-09-09 16:12:30
yaoo_1(金幣+1): 感謝版主的指導 2011-09-09 11:45:01
gzqdyouxia(金幣+2): 謝謝指教 2011-09-09 16:12:30
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說一下你的設置：ultralfine，180 eV的k點4x4x4所做出來的晶格常數為5.39 這里很不和諧！ultralfine，180 eV這兩個更是了，180太低了 你的總能與計算的這個截斷能不一樣，注意概念，這兩個沒啥大直接的關系。 一般優(yōu)化分幾步進行， 首先進行一次粗糙的優(yōu)化，用mid就行，大概300ev，k點可以少一點 然后進行第二步，選擇fine 450eV 4x4x4,也就差不多了 一步優(yōu)化對于粗糙的結構很難收斂 |
2樓2011-09-09 10:09:15
yaoo_1
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3樓2011-09-09 11:13:53
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4樓2011-09-09 11:34:44
5樓2011-09-09 16:44:04
yaoo_1
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謝謝斑竹了， 我還是有一點點沒有理解  ，我的理解能力跟表達能力有待加強， 斑竹的意思是說 我用樓上那張圖的模型去跑那些態(tài)密度那些物性是沒問題的? 還是要用下面的圖這種 抱歉 & 謝謝了 這兩段話讓我有點搞混了 {還是說必須要有真空層嗎， 看到教學文件指出非周期性的的分子或晶體才需要使用真空層} 昨天有看到一些討論串說 {超晶胞是對原胞的擴展，比如3*3，2*2等，擴展而成新的重復單元。超晶胞一般用于研究缺陷，比如空位濃度，或者摻雜原子等。 例如：如果你的晶胞有100個原子，空位濃度為0.01，那么就要把晶胞擴展10倍，然后，從supercell里面去除一個原子。這樣的空位濃度才等于0.01} |
6樓2011-09-09 18:35:11
7樓2011-09-10 10:16:29
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uuv2010(金幣+1): 歡迎參加交流 2011-09-11 10:21:11
uuv2010(金幣+1): 歡迎參加交流 2011-09-11 10:21:11
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看了帖子，進來學習，按照樓主說的： “超晶胞是對原胞的擴展，比如3*3，2*2等，擴展而成新的重復單元。超晶胞一般用于研究缺陷，比如空位濃度，或者摻雜原子等。 例如：如果你的晶胞有100個原子，空位濃度為0.01，那么就要把晶胞擴展10倍，然后，從supercell里面去除一個原子。這樣的空位濃度才等于0.01” 我覺得按上面的做法來處理樓主的問題是行得通的。 另外，樓主要計算的體系包含100個左右的原子，8G的內存是必須的，可以看看下面這個帖子： http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2481753&fpage=1 帖子的作者測試了castep計算所需內存量與計算體系的關系，沒有給出計算時間和體系的關系。我估計樓主的Core i7 3.4 GHz的四核8線電腦算包含100個左右原子、而且?guī)毕莸捏w系時間上會化的比較久。 |
8樓2011-09-10 20:12:26
yaoo_1
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лл???????????Щ????????????????? ???????????????????????????????????????????????? ??????????????ε????е???? http://dl.dbank.com/c02mrce2g2 ?????λ?? ???????? ????????????? |
9樓2011-09-12 11:16:56
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謝謝交流，還有一些新手問題想要請教一下 在計算聲子譜時，已經失敗兩次有試著去調整返回他提到的參數 不過又失敗了，這次的訊息有點不太懂 http://dl.dbank.com/c02mrce2g2 想請各位前輩幫忙看一下 祝大家中秋佳節(jié)愉快 |
10樓2011-09-12 11:18:43
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