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yaoo_1木蟲 (小有名氣)
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[求助]
關(guān)于建模結(jié)構(gòu)優(yōu)化的一些問題
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新手發(fā)問 請問一下我想做有特定形狀的缺陷的2x2x2的 周期性 的結(jié)構(gòu)，材料是使用硅，要計算態(tài)密度，聲子譜，能帶結(jié)構(gòu) 有試著先做一個的3x3x3超晶胞10顆缺陷的結(jié)構(gòu)，在CPU i5- 2400 內(nèi)存為8G的電腦上面跑不過跑了一天的工作就失敗了，看來電腦不夠力 結(jié)構(gòu)優(yōu)化第一次點選ultralfine，180 eV的k點4x4x4所做出來的晶格常數(shù)為5.39 更改不同的截止能量后要看能量收斂的程度 看到文獻(xiàn)都會用 截止能量 跟 能量 的關(guān)系 那么是要看 final energy 嗎還是迭代之后的 total energy 呢 有試著用硅晶胞邊常設(shè)為5.4309然后用原始晶胞去最佳化分別選用LDA跟GGA- PBE的截止能量各從100～1000 k點的1x1x1 贗勢為ultrasoft 其他都是預(yù)設(shè)值，晶體越大所需k點數(shù)越少 看到一些教學(xué)提到硅材料截止能量不需要太高大概在200 eV的的截止能量就能得到準(zhǔn)確的數(shù)值？ 而得出的總能量我是看最后一次出現(xiàn)的final energy 而總能量LDA的大約都在-102.xx eV的左右GGA大約在-102.90xx LDA的會低估晶格常數(shù)GGA會高估晶格常數(shù) 回歸正題想問一下必須先用優(yōu)化過后的結(jié)構(gòu)去建立的2x2x2的超晶胞 再刪除我想要的原子數(shù)，(還是說必須要有真空層嗎，看到教學(xué)文件指出非周期性的的分子或晶體才需要使用真空層預(yù)防波函數(shù)重疊)，再進(jìn)行一次結(jié)構(gòu)最佳化計算我要的物性，選用的截止能量跟k-point都是沿用這樣對嗎？ 題外話，另外想問一下因為大概是一百顆原子，以現(xiàn)在的Core i7 3.4 GHz的四核8線的電腦大概需要多少時間有哪位高手知道嗎 希望大家一起交流指教，謝謝 [ Last edited by yaoo_1 on 2011-9-9 at 01:01 ] |
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★
yaoo_1(金幣+1): 感謝版主的指導(dǎo) 2011-09-09 11:45:01
gzqdyouxia(金幣+2): 謝謝指教 2011-09-09 16:12:30
yaoo_1(金幣+1): 感謝版主的指導(dǎo) 2011-09-09 11:45:01
gzqdyouxia(金幣+2): 謝謝指教 2011-09-09 16:12:30
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說一下你的設(shè)置：ultralfine，180 eV的k點4x4x4所做出來的晶格常數(shù)為5.39 這里很不和諧！ultralfine，180 eV這兩個更是了，180太低了 你的總能與計算的這個截斷能不一樣，注意概念，這兩個沒啥大直接的關(guān)系。 一般優(yōu)化分幾步進(jìn)行， 首先進(jìn)行一次粗糙的優(yōu)化，用mid就行，大概300ev，k點可以少一點 然后進(jìn)行第二步，選擇fine 450eV 4x4x4,也就差不多了 一步優(yōu)化對于粗糙的結(jié)構(gòu)很難收斂 |
2樓2011-09-09 10:09:15
yaoo_1
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3樓2011-09-09 11:13:53
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漏掉一些訊息 有看一些文獻(xiàn)寫說截止能量在多少時總能跟晶格常數(shù)會有最佳收斂的效果 類似像這樣 我要做的模型是中心去掉一顆及五顆原子的模型 昨天有看到一些討論串說 超晶胞是對原胞的擴(kuò)展，比如3*3，2*2等，擴(kuò)展而成新的重復(fù)單元。超晶胞一般用于研究缺陷，比如空位濃度，或者摻雜原子等。 例如：如果你的晶胞有100個原子，空位濃度為0.01，那么就要把晶胞擴(kuò)展10倍，然后，從supercell里面去除一個原子。這樣的空位濃度才等于0.01 那我一開始模型就建錯了嗎  學(xué)習(xí)了看了一些教學(xué)好像沒提到版主說的要兩次優(yōu)化 |
4樓2011-09-09 11:34:44
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5樓2011-09-09 16:44:04
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謝謝斑竹了， 我還是有一點點沒有理解  ，我的理解能力跟表達(dá)能力有待加強(qiáng)， 斑竹的意思是說 我用樓上那張圖的模型去跑那些態(tài)密度那些物性是沒問題的? 還是要用下面的圖這種 抱歉 & 謝謝了 這兩段話讓我有點搞混了 {還是說必須要有真空層嗎， 看到教學(xué)文件指出非周期性的的分子或晶體才需要使用真空層} 昨天有看到一些討論串說 {超晶胞是對原胞的擴(kuò)展，比如3*3，2*2等，擴(kuò)展而成新的重復(fù)單元。超晶胞一般用于研究缺陷，比如空位濃度，或者摻雜原子等。 例如：如果你的晶胞有100個原子，空位濃度為0.01，那么就要把晶胞擴(kuò)展10倍，然后，從supercell里面去除一個原子。這樣的空位濃度才等于0.01} |
6樓2011-09-09 18:35:11
賀儀
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7樓2011-09-10 10:16:29
★
uuv2010(金幣+1): 歡迎參加交流 2011-09-11 10:21:11
uuv2010(金幣+1): 歡迎參加交流 2011-09-11 10:21:11
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看了帖子，進(jìn)來學(xué)習(xí)，按照樓主說的： “超晶胞是對原胞的擴(kuò)展，比如3*3，2*2等，擴(kuò)展而成新的重復(fù)單元。超晶胞一般用于研究缺陷，比如空位濃度，或者摻雜原子等。 例如：如果你的晶胞有100個原子，空位濃度為0.01，那么就要把晶胞擴(kuò)展10倍，然后，從supercell里面去除一個原子。這樣的空位濃度才等于0.01” 我覺得按上面的做法來處理樓主的問題是行得通的。 另外，樓主要計算的體系包含100個左右的原子，8G的內(nèi)存是必須的，可以看看下面這個帖子： http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2481753&fpage=1 帖子的作者測試了castep計算所需內(nèi)存量與計算體系的關(guān)系，沒有給出計算時間和體系的關(guān)系。我估計樓主的Core i7 3.4 GHz的四核8線電腦算包含100個左右原子、而且?guī)毕莸捏w系時間上會化的比較久。 |
8樓2011-09-10 20:12:26
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лл???????????Щ????????????????? ???????????????????????????????????????????????? ??????????????ε????е???? http://dl.dbank.com/c02mrce2g2 ?????λ?? ???????? ????????????? |
9樓2011-09-12 11:16:56
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謝謝交流，還有一些新手問題想要請教一下 在計算聲子譜時，已經(jīng)失敗兩次有試著去調(diào)整返回他提到的參數(shù) 不過又失敗了，這次的訊息有點不太懂 http://dl.dbank.com/c02mrce2g2 想請各位前輩幫忙看一下 祝大家中秋佳節(jié)愉快 |
10樓2011-09-12 11:18:43
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