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cug_zhang

金蟲 (正式寫手)

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[求助] 關(guān)于Gaussian計(jì)算結(jié)果出現(xiàn)斷鍵與虛頻處理的問題

小弟是個(gè)Gaussian新手，正在學(xué)習(xí)中�，F(xiàn)有幾個(gè)個(gè)問題感到困惑：
舉例如下：比如我畫了一個(gè)6個(gè)原子的6邊形結(jié)構(gòu)，名字為Si6.gif，設(shè)置好Gaussian參數(shù)，其中在設(shè)置的時(shí)候Calculate->Gaussian Calculation Setup->General->Write connectivity 選中（之所以選中這一項(xiàng)，是我在論壇中看到選中該項(xiàng)則輸出結(jié)果的結(jié)構(gòu)不會(huì)出現(xiàn)斷鍵），然后submit，啟動(dòng)計(jì)算，計(jì)算無誤，但是有一個(gè)虛頻，并且出現(xiàn)斷鍵。接下來就需要處理虛頻了，我在論壇看到一個(gè)處理虛頻的方法，即用Gview打開out文件，然后點(diǎn)擊菜單Results-》Vibrations-》選中虛頻-》Manual displacement，數(shù)值我設(shè)置為0.2，點(diǎn)擊Save structure，這時(shí)候就彈出一個(gè)New ，里面的圖形結(jié)構(gòu)和OUt文件中的一模一樣，有斷鍵，再接下來就是設(shè)置計(jì)算參數(shù)，我將該文件存盤為Si6-1.gif，啟動(dòng)Gaussian計(jì)算，無誤，虛頻沒有了。
我的疑問是：
（1）為什么我按照論壇中的說明“Calculate->Gaussian Calculation Setup->General->Write connectivity 選中”，結(jié)果文件還會(huì)有斷鍵？有高手解釋說斷不斷鍵不影響，只是一個(gè)顯示問題。可我總覺得看著別扭，有什么其他辦法可以解決斷鍵？
（2）關(guān)于虛頻，“用Gview打開out文件，然后點(diǎn)擊菜單Results-》Vibrations-》選中虛頻-》Manual displacement，數(shù)值我設(shè)置為0.2，點(diǎn)擊Save structure，這時(shí)候就彈出一個(gè)New ”，我的問題是這個(gè)新文件的結(jié)構(gòu)和我原來文件的結(jié)構(gòu)是不是一樣（因?yàn)橛袛噫I，我看不出來）？最后的計(jì)算結(jié)果到底是對(duì)還是錯(cuò)？我自己的想法是點(diǎn)擊Save structure后應(yīng)該是針對(duì)原來的結(jié)果的，不應(yīng)該出現(xiàn)一個(gè)New呀？
請(qǐng)高手幫忙講解一下把，謝謝！

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1樓 2011-09-20 17:28:48

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fatpig8832

鐵桿木蟲 (著名寫手)

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gmy1990(金幣+3): 2011-09-21 14:24:33
cug_zhang(金幣+2): 謝謝指點(diǎn)！ 2011-09-21 19:16:03

(1) 斷不斷鍵確實(shí)只是Gview的顯示問題，只和Gview本身自帶的vdw radius有關(guān)，Gaussian計(jì)算時(shí)是根本不會(huì)看你的"connectivity"的；
(2) "Manual displacement"選中后旁邊有個(gè)標(biāo)尺可以用鼠標(biāo)拖動(dòng)，貌似范圍是（-1.00~+1.00），你可以試著拖動(dòng)一下就知道是不是和你原來的結(jié)構(gòu)一樣了...

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