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thestormcong銀蟲(chóng) (小有名氣)
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求助16sv3區(qū)結(jié)果分析 已有8人參與
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這是本人的16sv3區(qū)擴(kuò)增產(chǎn)物，模板為16spcr全序列，引物為v3區(qū)通用引物，結(jié)果顯示該區(qū)很寬，是不是有非特異性擴(kuò)增，能否直接進(jìn)行下一步的DGGE，請(qǐng)教各位能夠指點(diǎn)，非常感謝！ |
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紅多多
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小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
1949stone(MolEPI+1): 鼓勵(lì) 2011-10-07 23:27:25
小木蟲(chóng)(金幣+0.5):給個(gè)紅包，謝謝回帖
1949stone(MolEPI+1): 鼓勵(lì) 2011-10-07 23:27:25
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建議你用QIAGEN的盒子，這個(gè)貴點(diǎn)，但是考慮到你對(duì)細(xì)菌定量的準(zhǔn)確性這個(gè)絕對(duì)物有所值！另外你如果16s出來(lái)的結(jié)果是單一條帶，那理論上出來(lái)的出來(lái)的應(yīng)該是單一條帶。但是也不排除多種條帶的可能。你這個(gè)多做幾遍試試把。不行的話就整個(gè)上膠。不過(guò)這個(gè)和DGGE的功能優(yōu)勢(shì)貌似有點(diǎn)不符~~ 另外說(shuō)點(diǎn)個(gè)人的看法啊，你用基因組擴(kuò)增16S全長(zhǎng)，在這個(gè)過(guò)程中其實(shí)原始細(xì)菌的量反應(yīng)在你PCR結(jié)果上應(yīng)該就不準(zhǔn)了，因?yàn)橥ㄓ靡飳?duì)每種細(xì)菌16S的擴(kuò)增效率是不一樣的，這樣出來(lái)的結(jié)果本來(lái)就不準(zhǔn)確了，然后你在用這個(gè)不準(zhǔn)的結(jié)果再次用DGGE引物擴(kuò)增，這個(gè)貌似就更不靠譜了。所以我個(gè)人認(rèn)為這樣做欠妥。個(gè)人看法，僅供參考哈。 |
6樓2011-10-07 23:13:17
紅多多
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13樓2011-10-09 10:22:29
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3樓2011-10-07 22:41:14
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