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zhymhbu木蟲 (正式寫手)
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[求助]
請問構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹 比對菌株的選擇原則
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分離得到的菌16S測序后，用NCBI的blast比對。99%相似度的就有幾十個。而且都是同一個種的菌株。請問兩個問題： 1 如果構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，如何選擇具體菌株進行建樹。有人說過查LPSN。用模式株比對。是這樣嗎。我看國內(nèi)微生物學報和通報上也不都是這樣。有什么原則嗎 2 發(fā)育樹的各個分支，如何選擇。比如我的菌應該是地衣芽孢桿菌，那么我建樹是選擇芽孢桿菌屬的相似度高的菌株嗎，還需要選擇其他屬的細菌建樹嗎 困惑了很久的問題，請高手賜教呀 |
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zhen_fang
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3樓2011-10-18 18:29:37
zhymhbu
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4樓2011-10-20 09:48:26
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