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zhjzhou木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
克隆大片段的序列如何設(shè)計(jì)引物
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| 大家好，我現(xiàn)在要克隆幾個(gè)3000bp左右的基因，現(xiàn)在設(shè)計(jì)引物，用cDNA序列和CDS序列比對(duì)后，有的前面對(duì)上，后面不匹配；有的前面不匹配，后面匹配。而且用ATG前面的序列設(shè)計(jì)引物，沒(méi)有特異性，這樣該怎么設(shè)計(jì)引物��？請(qǐng)大蝦指點(diǎn)下，謝謝！ |
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yunzhifei
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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amisking(金幣+2): 鼓勵(lì)發(fā)帖交流！ 2011-10-31 20:20:59
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zhjzhou(金幣+4): 謝謝！ 2011-10-31 21:06:15
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zhjzhou(金幣+4): 謝謝！ 2011-10-31 21:06:15
| cDNA是mRNA反轉(zhuǎn)錄過(guò)來(lái)的，而CDS序列只是mRNA的一部分，兩個(gè)肯定對(duì)不上啊。你可以將3000bp分成幾個(gè)片段用匹配的部分多設(shè)計(jì)幾對(duì)引物啊，或者花點(diǎn)錢讓測(cè)序公司幫你做克隆吧，就是貴點(diǎn)，呵呵 |
2樓2011-10-31 19:21:36
zhjzhou
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【答案】應(yīng)助回帖
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西瓜(金幣+5, MolEPI+1): Good！流程說(shuō)得很清楚了！ 2011-11-02 21:44:35
zhjzhou(金幣+3): 謝謝！ 2011-11-03 10:11:28
西瓜(金幣+5, MolEPI+1): Good！流程說(shuō)得很清楚了！ 2011-11-02 21:44:35
zhjzhou(金幣+3): 謝謝！ 2011-11-03 10:11:28
| 你是要想得到3KB的cDNA 片段嗎？如果是，簡(jiǎn)單的方法是用RACE的方法，先得到一個(gè)小片段，然后利用加頭加尾的特殊引物把5‘和3’端的序列拿到后，在根據(jù)3‘和5’的序列設(shè)計(jì)特異性引物把全長(zhǎng)的cDNA擴(kuò)增出來(lái)。具體你可以查RACE方法。至于先得到小片段，要根據(jù)你已有的信息去設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物什么的。祝好運(yùn)！另外，3KB不大，引物我都克隆過(guò)超過(guò)8KB的基因。 |
5樓2011-11-02 09:13:06
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