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yoghurt117木蟲 (正式寫手)
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最近看cpmd官網(wǎng)的教程，其中一個(gè)bulk系統(tǒng)的動(dòng)力學(xué)計(jì)算，其輸入文件是： &INFO md at T=300K with thermostats &END &CPMD MOLECULAR DYNAMICS RESTART WAVEFUNCTIONS COORDINATES VELOCITIES LATEST TRAJECTORY SAMPLE XYZ 10 RESCALE OLD VELOCITIES NOSE IONS 400.0d0 3000.0d0 NOSE ELECTRONS 0.0080d0 10000.0d0 MAXSTEP 5000 TIMESTEP 4.0 EMASS 400.0 MEMORY BIG &END &SYSTEM SYMMETRY 1 ANGSTROM CELL 9.95991 1.0 1.0 0.0 0.0 0.0 DUAL 5.0 CUTOFF 25.0 CHARGE 1 &END &DFT FUNCTIONAL BLYP GC-CUTOFF 5.0d-6 &END &ATOMS ISOTOPES 16.00 2.016 *O_VDB_BLYP.psp FORMATTED LMAX=P 33 0.7327 -4.2440 2.1886 -0.8347 -4.7227 4.3691 2.6518 -1.5714 -0.1309 3.2623 -4.4641 2.6462 -4.7361 4.8510 -2.0459 -2.3920 0.3963 3.9231 -0.5493 -4.5740 -2.0499 2.2782 -3.3931 -4.3667 -3.5142 -4.3400 2.4342 -3.8442 0.5428 -2.4979 2.6625 2.2735 2.5634 4.0301 2.4810 -3.1204 -1.3385 -0.8110 -0.2060 3.3646 -4.3723 -0.2574 0.7415 -0.6233 -1.8793 4.5585 3.6260 4.3279 1.4453 3.8230 -1.3437 0.7650 1.2950 4.2396 -2.5713 3.1043 -4.8839 -4.1207 3.2564 1.0086 0.4496 3.1128 1.4121 4.0998 0.0228 4.2341 -0.5407 -2.4217 -3.9645 -4.5374 -1.1430 -0.2440 -1.6032 1.7664 0.5732 -3.1993 -1.5826 -4.4357 0.5592 -1.4779 1.7951 -1.8413 2.8694 -2.0738 0.9314 1.6635 -3.0237 4.8851 0.6455 1.8791 -4.7775 -3.9950 -4.5931 -2.9360 -3.2201 -0.0728 1.8651 -1.3161 4.1881 *H_VDB_BLYP.psp FORMATTED LMAX=P 67 0.1804 -4.3091 3.0196 0.4583 -3.4352 1.6684 -0.8907 -3.8505 4.8551 -1.4470 -5.3849 4.8012 2.6813 -2.5699 -0.0836 3.5705 -1.2189 -0.3089 2.2641 -4.5114 2.6070 3.6143 -5.2567 3.1440 -5.2043 3.9908 -2.2480 -5.2257 5.3344 -1.3202 -2.8338 0.3816 3.0261 -2.6987 -0.3905 4.4587 0.2035 -5.0868 -1.6374 -1.2460 -5.2114 -2.3791 3.1464 -3.8096 -4.0969 1.5234 -3.8864 -3.9344 -4.2719 -3.7659 2.7445 -2.7608 -4.2804 3.0891 -3.5930 -0.0389 -3.2716 -3.0803 1.1482 -2.2743 3.3247 1.5747 2.2926 3.0265 2.7969 3.3338 4.7065 1.8430 -2.7522 3.1319 2.0416 -3.1370 -1.9556 -1.5794 -0.0367 -1.7355 0.0251 0.1726 3.1616 -4.3000 0.7191 2.7360 -5.0244 -0.6811 1.5443 -1.0463 -1.4591 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4.8510 -2.0459 O -2.3920 0.3963 3.9231 O -0.5493 -4.5740 -2.0499 O 2.2782 -3.3931 -4.3667 O -3.5142 -4.3400 2.4342 O -3.8442 0.5428 -2.4979 O 2.6625 2.2735 2.5634 O 4.0301 2.4810 -3.1204 O -1.3385 -0.8110 -0.2060 O 3.3646 -4.3723 -0.2574 O 0.7415 -0.6233 -1.8793 O 4.5585 3.6260 4.3279 O 1.4453 3.8230 -1.3437 O 0.7650 1.2950 4.2396 O -2.5713 3.1043 -4.8839 O -4.1207 3.2564 1.0086 O 0.4496 3.1128 1.4121 O 4.0998 0.0228 4.2341 O -0.5407 -2.4217 -3.9645 O -4.5374 -1.1430 -0.2440 O -1.6032 1.7664 0.5732 O -3.1993 -1.5826 -4.4357 O 0.5592 -1.4779 1.7951 O -1.8413 2.8694 -2.0738 O 0.9314 1.6635 -3.0237 O 4.8851 0.6455 1.8791 O -4.7775 -3.9950 -4.5931 O -2.9360 -3.2201 -0.0728 O 1.8651 -1.3161 4.1881 H 0.1804 -4.3091 3.0196 H 0.4583 -3.4352 1.6684 H -0.8907 -3.8505 4.8551 H -1.4470 -5.3849 4.8012 H 2.6813 -2.5699 -0.0836 H 3.5705 -1.2189 -0.3089 H 2.2641 -4.5114 2.6070 H 3.6143 -5.2567 3.1440 H -5.2043 3.9908 -2.2480 H -5.2257 5.3344 -1.3202 H -2.8338 0.3816 3.0261 H -2.6987 -0.3905 4.4587 H 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1.2443 H -0.2523 -1.2143 1.2736 H -1.1466 2.2371 -2.4168 H -2.0815 2.6232 -1.1348 H 1.0048 0.8099 -2.5081 H 0.8075 1.4570 -3.9943 H 5.3467 1.4906 1.6095 H 4.9527 -0.0223 1.1379 H -4.4389 -4.2859 -3.6983 H -5.0180 -4.7996 -5.1361 H -2.9873 -3.6787 0.8143 H -2.9264 -3.9045 -0.8018 H 1.8677 -2.1810 4.7284 H 2.7693 -0.8629 4.0578 H 1.2248 -1.2816 3.3950 然后轉(zhuǎn)化成mol用gaussview量了一下，這個(gè)系統(tǒng)各個(gè)方向上平均10個(gè)多埃，最大的有16埃，不知道symmetry部分的 CELL 9.95991 1.0 1.0 0.0 0.0 0.0 里面的9.995991×9.995991×9.995991埃這樣的格子怎么放下的，初學(xué)不太明白，請(qǐng)教一下，謝謝。 |
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