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xiaoyang123金蟲 (小有名氣)
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[求助]
PCR后測序，blast最高匹配度只有32%
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PCR后電泳跑出了特異性的單帶，PCR產(chǎn)物再次用原引物PCR，提高產(chǎn)物濃度，測序。 以下是測序公司返回的結(jié)果： 引物 現(xiàn)象判別 可能原因 建議方案 引物1： 測序無信號 重新提供樣品 引物2： 測序結(jié)果出現(xiàn)套峰 樣品存在片段大小相近的非特異性擴增，而瓊脂糖回收無法分離這樣的片段所致 優(yōu)化反應(yīng)條件重新提供樣品測序 根據(jù)測序公司給出的測序結(jié)果，在NCBI上比對，只有后200bp左右有匹配（產(chǎn)物840bp），且匹配度只有76%左右。 疑問1：常見菌的基因全序列在Genebank上是否都有登錄呢，如果是這樣的話，擴增出得任意一段序列，在測序結(jié)果沒有問題的情況下，是否都能夠比對出結(jié)果呀？ 疑問2：測序無信號，通常是什么原因?qū)е碌哪兀?br /> 疑問3：電泳顯示出特異性的單帶，而且用的是HS Taq，高特異性聚合酶，測序結(jié)果為何出現(xiàn)嚴重套峰？是否應(yīng)解釋為有兩條長度相同，引物相同的片段呢？這個可能幾率有多大呢？ 新手上路，總是遇到各種各樣詭異的結(jié)果，還望各位不吝賜教。  |
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blackrose8089
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3樓2011-11-24 19:22:56
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4樓2012-03-27 21:56:02
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