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VMD觀看Amber MD模擬結(jié)果的疑問？
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大家好，又來請(qǐng)教了！ 今天用Amber對(duì)一蛋白質(zhì)做了一下限制距離的MD模擬（時(shí)間只有20ps），用最后生成的rst文件和prmtop文件生成了一個(gè)pdb文件。 用VMD觀看這個(gè)pdb文件的時(shí)候看到有兩個(gè)beat sheet 結(jié)構(gòu)出現(xiàn)，同樣的pdb文件，用Pymol看的時(shí)候就看不到sheet結(jié)構(gòu)。 但是用VMD觀看這個(gè)模擬得到的trajectory文件的時(shí)候，從始至終都沒有看到有Beat sheet出現(xiàn)。 請(qǐng)問蟲友們誰(shuí)能給解釋一下是為什么？ 另外，再問一個(gè)VMD軟件的問題： 我用Windows版VMD的時(shí)候（版本1.9），鼠標(biāo)左鍵拖動(dòng)分子旋轉(zhuǎn)的時(shí)候，放開左鍵移動(dòng)鼠標(biāo)，分子還會(huì)轉(zhuǎn)動(dòng)，必須再點(diǎn)一下左鍵，才能被釋放。這樣很不方便，同樣1.9的蘋果機(jī)版本用的時(shí)候就不是這樣的，按住左鍵才能旋轉(zhuǎn)，松開后鼠標(biāo)就會(huì)被釋放。 請(qǐng)問，是否要做什么設(shè)置么?還是Windows版本就這樣。 [ 來自科研家族 海外留學(xué) ] |
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沒有人遇到類似問題么? 
2樓2011-12-15 13:05:50
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