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VMD觀看Amber MD模擬結果的疑問？
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大家好，又來請教了！ 今天用Amber對一蛋白質做了一下限制距離的MD模擬（時間只有20ps），用最后生成的rst文件和prmtop文件生成了一個pdb文件。 用VMD觀看這個pdb文件的時候看到有兩個beat sheet 結構出現(xiàn)，同樣的pdb文件，用Pymol看的時候就看不到sheet結構。 但是用VMD觀看這個模擬得到的trajectory文件的時候，從始至終都沒有看到有Beat sheet出現(xiàn)。 請問蟲友們誰能給解釋一下是為什么？ 另外，再問一個VMD軟件的問題： 我用Windows版VMD的時候（版本1.9），鼠標左鍵拖動分子旋轉的時候，放開左鍵移動鼠標，分子還會轉動，必須再點一下左鍵，才能被釋放。這樣很不方便，同樣1.9的蘋果機版本用的時候就不是這樣的，按住左鍵才能旋轉，松開后鼠標就會被釋放。 請問，是否要做什么設置么?還是Windows版本就這樣。 [ 來自科研家族 海外留學 ] |
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2樓2011-12-15 13:05:50
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