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spearous金蟲 (正式寫手)
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[求助]
請問是有兩種PDB格式么？
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我用chem3D把Gaussian的輸入文件轉(zhuǎn)成PDB文件，但這個文件不能被Molmol正確打開。（只能顯示其中的少部分原子，丟了某些C，O） 用記事本打開，發(fā)現(xiàn)，Chem3D的內(nèi)容是這樣： COMPND H2O_2_0126_2011.pdb HETATM 1 O -0.423 1.180 0.000 HETATM 2 H -1.357 0.954 0.000 HETATM 3 H 0.012 0.323 0.000 HETATM 4 O -1.531 -1.225 -0.002 HETATM 5 H -2.464 -1.452 -0.005 HETATM 6 H -1.084 -2.075 0.012 CONECT 1 2 3 CONECT 2 1 CONECT 3 1 CONECT 4 5 6 CONECT 5 4 CONECT 6 4 END 如果想讓Molmol正確識別，必須改成這樣： COMPND H2O_2_0126_2011.pdb HETATM 1 OA' -0.423 1.180 0.000 HETATM 2 1HA -1.357 0.954 0.000 HETATM 3 2HA 0.012 0.323 0.000 HETATM 4 OB' -1.531 -1.225 -0.002 HETATM 5 1HB -2.464 -1.452 -0.005 HETATM 6 2HB -1.084 -2.075 0.012 END 請問是有兩種不同的PDB格式么？如果我想把guassian03的輸入或者輸出改成molmol能識別，應(yīng)該用什么軟件呢？ 試用過Babel，但它從Guassian文件轉(zhuǎn)換成的PDB也是第一種。我看它有很多開關(guān)，是要選中什么才行么？ 多謝！ [ 來自科研家族 木蟲量化 ] |
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2樓2011-12-17 14:19:13
spearous
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3樓2011-12-18 03:55:56
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