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zhang_jaj木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
vmd做pdb格式文件的動(dòng)畫(huà)求助
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| 我用towhee產(chǎn)生的是一系列pdb格式的文件，想把這些文件做成動(dòng)畫(huà)，不知道vmd有沒(méi)有可以直接做pdb格式動(dòng)畫(huà)的插件？之前自己是把每個(gè)pdb格式的導(dǎo)入然后到處圖片，最后把這許多圖片合成動(dòng)畫(huà)，感覺(jué)這個(gè)工作量太大了，方法太笨了。想知道vmd里面那個(gè)可以把我這些從pdb調(diào)整參數(shù)到輸出圖片的批處理工具該怎么用，希望那個(gè)好心人能夠指導(dǎo)一下，不甚感激！ |
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xieluxielu
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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2樓2012-09-17 03:51:31
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-09-17 07:44:10
zhang_jaj: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-09-17 08:50:36
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-09-17 07:44:10
zhang_jaj: 金幣+5, ★★★很有幫助 2012-09-17 08:50:36
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"之前自己是把每個(gè)pdb格式的導(dǎo)入然后到處圖片，最后把這許多圖片合成動(dòng)畫(huà)，感覺(jué)這個(gè)工作量太大了，方法太笨了" 這個(gè)方法很好啊，只是你對(duì)VMD 的腳本程序不懂吧，你寫(xiě)個(gè)腳本程序，讓VMD 自動(dòng)去生成一系列的圖片，然后使用把這一系列圖片導(dǎo)入的photoshop中，自動(dòng)就可以生成動(dòng)畫(huà)了啊。 附一個(gè)簡(jiǎn)單的VMD輸出一系列圖片的腳本： set num_frame 80 for {set i 1} {$i <=$num_frame } {incr i 1} { mol load pdb youfile_$i.pdb set filename frame[format "%03d" $i].bmp render snapshot $filename } 在這段腳本之前，你需要設(shè)置好你要輸出的pdb文件的角度，顏色，大小等信息即可輸出你滿(mǎn)意的圖片和做成動(dòng)畫(huà)。 [ Last edited by jiaoyixiong on 2012-9-17 at 07:34 ] |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
3樓2012-09-17 07:33:08
zhang_jaj
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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送鮮花一朵 |
非常感謝。我的是每一個(gè)pdb文件獨(dú)立是一個(gè)frame，所以每張圖片都是由一個(gè)單獨(dú)的pdb文件導(dǎo)出的。我是記得vmd好像可以自己記錄一系列操作并把它封裝成一個(gè)小的程序，然后我導(dǎo)入其他pdb文件時(shí)自動(dòng)會(huì)做同樣的操作（設(shè)置參數(shù)和輸出圖片），在這個(gè)小程序之前如果在能加個(gè)讓他到一個(gè)指定的文件夾下面，自動(dòng)加載所有下滿(mǎn)的pdb格式就好了，不知道可以實(shí)現(xiàn)嗎？關(guān)鍵是該怎么實(shí)現(xiàn)？ |
4樓2012-09-17 08:50:28
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhang_jaj: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2012-09-17 12:28:32
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-09-17 16:23:18
zhang_jaj: 金幣+5, ★★★★★最佳答案 2012-09-17 12:28:32
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2012-09-17 16:23:18
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比如你的 一系列pdb文件的名字分別是： youfile_1.pdb youfile_2.pdb youfile_3.pdb youfile_4.pdb youfile_5.pdb . . . youfile_80.pdb 就可以使用上面的簡(jiǎn)單腳本自動(dòng)載入。 設(shè)置參數(shù)和輸出圖片的設(shè)置，也在這個(gè)腳本內(nèi)設(shè)置就行了。 我給你寫(xiě)的簡(jiǎn)單腳本是個(gè)思路提示，具體的你自己去寫(xiě)具體就行了。 這個(gè)方法可以實(shí)現(xiàn)，因?yàn)槲易鲞^(guò)gromacs 輸出的一幀一幀的坐標(biāo)文件，然后使用VMD輸出高清圖片，做成動(dòng)畫(huà)。 |
5樓2012-09-17 09:21:22
zhang_jaj
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6樓2012-09-17 12:28:27
meixinqing
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7樓2012-09-17 22:19:13
xieluxielu
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